genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.380.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  380  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34571777--34571829	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
34572144--34572196	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
34572646--34572698	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
34573429--34573481	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
34574652--34574704	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
34574962--34574991	15	1.9	16	93	6	53	10	26	30	33	1.89
34574997--34575049	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34575450--34575502	26	2.0	26	85	7	72	30	22	20	26	1.98
34575804--34575857	26	2.1	26	93	6	92	27	20	25	25	1.99
34575830--34576187	158	2.3	158	78	5	382	24	28	26	20	1.99
34576713--34576765	26	2.0	26	89	7	81	22	18	30	28	1.98
34576971--34577014	21	2.1	21	91	0	70	9	45	18	27	1.79
34577530--34577582	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
34577710--34578049	159	2.1	159	87	3	481	21	32	28	17	1.96
34578056--34578108	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
34578778--34578856	26	3.0	26	94	3	133	30	21	22	25	1.99
34578829--34579289	159	2.9	157	77	6	455	23	30	27	17	1.97
34579962--34580005	20	2.1	21	87	4	63	13	45	13	27	1.81
34581029--34581081	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
34582253--34582305	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
34582278--34582711	158	2.7	158	77	5	464	24	29	28	17	1.97
34582754--34582806	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34584149--34584201	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
34584405--34585094	356	1.9	356	85	2	947	23	29	27	19	1.98
34584847--34585216	184	2.0	184	85	1	499	24	28	26	20	1.99
34585031--34585942	159	5.8	159	78	5	823	22	29	29	19	1.98
34585031--34585943	316	2.9	317	83	4	1069	22	29	29	19	1.98
34585980--34586031	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
34586325--34586377	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34585784--34586642	346	2.5	345	86	2	1156	23	28	27	19	1.98
34586464--34586781	171	1.9	170	82	2	404	23	28	26	21	1.99
34586840--34586892	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
34587558--34587610	26	2.0	26	88	0	79	30	20	18	30	1.97
34587583--34588083	158	3.2	155	75	4	421	25	30	24	19	1.98
34588057--34588109	26	2.0	26	89	7	81	26	18	28	26	1.98
34588263--34588569	159	1.9	158	82	3	384	24	30	25	18	1.98
34588583--34588635	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
34589305--34589357	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34589369--34589424	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
34590414--34590465	26	2.0	26	88	7	79	25	15	28	30	1.96
34591091--34591142	25	2.0	26	85	3	70	26	17	25	30	1.97
34591117--34591618	159	3.2	157	75	9	394	24	27	25	21	1.99
34591592--34591644	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
34592315--34592367	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34592340--34592698	159	2.3	159	76	6	361	27	29	24	18	1.98
34592658--34593210	184	3.0	184	79	5	571	23	28	26	21	1.99
34593000--34593052	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
34593501--34593553	26	2.0	26	85	0	70	24	16	26	32	1.97
34594221--34594511	159	1.8	159	82	1	377	24	28	27	20	1.99
34595069--34595119	26	2.0	26	96	0	93	27	11	29	31	1.92
34594514--34595362	368	2.3	368	81	3	994	24	26	26	22	2.00
34595447--34595502	26	2.2	26	96	0	103	32	19	21	26	1.97
34595472--34595846	158	2.4	157	80	3	376	25	28	26	18	1.98
34596938--34596990	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34597636--34597688	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
34598369--34598421	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
34598729--34598781	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
34598587--34598938	183	1.9	183	84	1	463	22	28	27	21	1.99
34599771--34599823	26	2.0	26	88	0	79	26	20	28	24	1.99
34599428--34599895	184	2.5	185	85	3	586	24	29	27	19	1.98
34600405--34600429	11	2.3	11	100	0	50	8	28	40	24	1.83
34600503--34600554	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
34600529--34601030	158	3.2	157	77	5	526	23	29	26	19	1.98
34601738--34601789	26	2.0	25	92	3	86	26	21	25	26	1.99
34601921--34601973	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34608119--34608164	24	1.9	24	95	0	83	39	13	17	30	1.87
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34609861--34609913	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
34610530--34610967	196	2.2	196	81	4	508	25	28	24	21	1.99
34610896--34610949	26	2.1	26	89	6	83	29	22	24	24	1.99
34610922--34611510	159	3.7	158	73	5	481	25	30	26	17	1.98
34610923--34611595	316	2.1	317	81	4	788	25	29	25	19	1.98
34613024--34613479	157	2.9	157	76	8	451	25	31	26	16	1.97
34612735--34613551	315	2.6	314	77	5	822	24	29	26	19	1.98
34613525--34613577	26	2.0	26	85	0	70	24	15	24	35	1.94
34614257--34614309	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34614283--34614852	158	3.6	156	75	5	428	24	29	27	18	1.98
34615453--34615505	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
34615794--34615859	20	3.3	20	78	0	69	12	40	18	28	1.86
34615848--34615879	12	2.7	12	100	0	64	6	40	28	25	1.79
34616244--34616296	26	2.0	26	85	0	70	30	20	24	24	1.99
34618894--34618946	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34619395--34619446	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
34619777--34619829	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
34619803--34620305	159	3.2	157	77	5	476	22	28	28	21	1.99
34620279--34620331	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34621026--34621490	156	3.0	155	76	5	441	24	29	26	19	1.98
34622117--34622169	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34622143--34622542	158	2.5	158	76	3	367	25	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34623222--34624036	158	5.2	157	75	6	639	23	30	26	19	1.98
34623221--34624036	314	2.6	314	82	2	992	23	30	26	19	1.98
34624010--34624062	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34625245--34625296	26	2.0	26	82	10	63	30	19	21	28	1.97
34625444--34626217	342	2.3	343	83	1	942	23	29	27	19	1.98
34626091--34626143	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34627150--34627227	26	3.0	26	88	5	106	29	15	24	30	1.95
34627694--34629003	726	1.8	729	89	1	2076	28	20	23	28	1.99
34629189--34629691	158	3.2	156	75	7	485	22	30	26	19	1.98
34629665--34629717	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
34630032--34630083	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
34631248--34631300	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
34634602--34635017	158	2.6	157	76	4	410	24	29	27	18	1.98
34635982--34636034	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34636350--34636402	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
34637399--34637452	26	2.1	26	92	0	90	25	20	25	27	1.99
34638144--34638645	158	3.2	158	74	6	442	23	28	26	20	1.99
34638619--34638671	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
34638987--34639039	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
34640609--34640901	158	1.9	158	81	1	363	24	29	26	19	1.98
34641073--34641125	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
34641832--34642294	159	2.9	158	76	3	419	22	28	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34642308--34642360	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34642675--34642727	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34649803--34649855	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34650293--34650345	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34653187--34653239	26	2.0	26	85	0	70	32	16	22	28	1.96
34653028--34653400	184	2.0	184	84	3	491	24	26	26	21	2.00
34654589--34654641	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
34654614--34655114	157	3.2	156	80	6	544	23	30	26	19	1.98
34655088--34655139	26	2.0	26	85	7	70	28	17	26	26	1.97
34655456--34655508	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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