genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.246.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  246  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24413378--24413430	26	2.0	26	85	0	70	26	24	20	28	1.99
24415265--24415696	184	2.3	183	81	5	469	21	25	27	25	1.99
24415905--24416370	159	2.9	160	78	6	475	20	27	29	22	1.98
24417066--24417118	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24417437--24417486	26	1.9	26	83	0	64	26	24	22	28	1.99
24417029--24418052	367	2.8	363	82	4	1171	20	27	29	22	1.98
24417801--24417853	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
24418303--24418353	26	2.0	26	84	7	68	27	21	17	33	1.96
24420113--24420165	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24420146--24420640	158	3.1	158	76	5	419	20	26	29	24	1.99
24421338--24421388	26	2.0	26	88	0	75	29	21	21	27	1.99
24421691--24421743	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24421857--24422250	158	2.5	157	74	6	364	20	24	30	23	1.98
24422975--24423027	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
24422686--24424217	355	4.4	354	76	10	1296	20	26	29	23	1.98
24423362--24423795	159	2.8	149	72	11	365	19	28	30	22	1.98
24423362--24423838	158	3.1	157	73	7	429	19	27	30	23	1.98
24423956--24424388	183	2.4	184	84	1	539	19	27	28	24	1.98
24424223--24424717	158	3.1	157	78	6	435	18	26	30	24	1.98
24426146--24426198	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24425400--24426348	367	2.6	366	82	2	1152	20	26	29	23	1.99
24426172--24426666	160	3.1	159	76	5	507	17	28	30	23	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24427377--24427429	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
24427745--24427797	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
24427819--24428262	159	2.8	158	79	5	459	18	29	30	22	1.97
24429011--24429463	159	2.9	159	78	3	462	18	30	30	20	1.96
24430234--24430686	159	2.9	159	79	3	471	18	30	30	20	1.96
24431764--24431816	26	2.0	26	88	0	79	26	32	16	24	1.97
24431790--24432292	160	3.2	157	75	6	469	20	27	29	23	1.98
24432266--24432318	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
24433021--24433071	26	2.0	26	88	0	75	31	25	15	27	1.96
24433426--24433799	159	2.4	158	73	7	353	20	27	30	22	1.98
24433863--24433915	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00
24434585--24434637	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
24434953--24435005	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24434912--24436574	690	2.4	691	86	2	2201	21	27	27	24	1.99
24436336--24436388	26	2.0	26	85	0	70	30	24	20	24	1.99
24436702--24436754	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24437057--24437108	26	2.0	26	88	3	79	30	26	17	25	1.97
24437424--24437476	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24436080--24438135	342	5.8	343	75	10	1531	21	27	28	23	1.99
24437828--24438294	159	2.9	158	75	6	442	19	27	31	22	1.98
24437792--24438284	158	3.1	156	75	6	463	19	27	30	22	1.98
24438267--24438319	26	2.0	26	89	7	81	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24439330--24439381	26	2.0	26	88	3	79	28	26	19	25	1.98
24439696--24439748	26	2.0	26	96	0	97	26	24	22	26	2.00
24440160--24440212	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
24443223--24443274	25	2.0	26	92	3	88	28	25	21	25	1.99
24443587--24443639	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24443942--24443994	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
24443187--24444248	355	3.0	352	80	7	1126	21	27	28	23	1.99
24444096--24444472	159	2.4	160	78	4	413	19	27	28	24	1.99
24446299--24446351	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24447024--24447078	25	2.2	26	86	3	76	34	25	14	25	1.94
24447260--24447553	159	1.8	159	79	1	338	20	26	28	24	1.99
24447368--24447721	184	1.9	185	82	0	440	21	25	28	23	1.99
24448182--24448234	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24448208--24448708	159	3.2	156	76	6	517	20	27	29	22	1.98
24449415--24449467	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24449780--24449835	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
24449378--24450396	368	2.8	365	83	4	1165	20	25	28	24	1.99
24450652--24450704	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24451740--24451791	25	2.0	26	88	3	79	26	23	21	28	1.99
24451924--24451976	26	2.0	26	82	7	63	28	22	18	30	1.98
24452054--24452102	11	4.5	11	82	10	64	30	28	28	12	1.93
24453081--24453116	13	2.8	13	95	0	63	11	52	19	16	1.73
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24453082--24453121	13	3.1	13	92	0	62	12	52	17	17	1.74
24453158--24453210	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24454381--24454433	26	2.0	26	85	0	70	24	28	20	26	1.99
24454748--24454800	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
24455603--24455655	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24455971--24456023	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
24456339--24456391	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24455262--24456570	368	3.6	360	80	6	1253	20	25	29	24	1.99
24457562--24457614	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24457917--24457969	26	2.0	26	85	0	70	32	24	15	28	1.95
24457942--24458444	159	3.2	156	77	5	476	19	26	30	24	1.98
24459151--24459204	26	2.0	27	92	3	92	33	27	14	24	1.94
24459522--24459573	26	2.0	26	92	0	86	32	25	17	25	1.97
24460050--24460102	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
24460399--24460451	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
24460040--24460691	361	1.9	344	80	12	767	20	26	30	23	1.98
24460477--24460928	159	2.8	159	80	6	486	17	27	30	23	1.97
24461573--24462584	368	2.7	366	80	3	1057	19	25	29	24	1.98
24462873--24462924	26	2.0	26	88	0	77	28	28	15	26	1.96
24462068--24463110	527	2.0	525	81	4	1206	18	25	30	24	1.98
24463241--24463319	26	3.0	26	88	3	115	27	24	17	30	1.97
24463452--24463504	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24463530--24463979	158	2.8	160	81	6	506	17	26	31	24	1.97
24465419--24465471	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
24466140--24466192	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
24466090--24466639	292	1.9	292	82	1	699	18	27	27	26	1.98
24466656--24466947	158	1.8	158	80	5	347	20	25	29	25	1.99
24466933--24466985	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
24466775--24467125	184	1.9	184	81	4	422	20	26	29	23	1.99
24468532--24468584	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
24468900--24468952	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
24468978--24469354	158	2.4	158	84	2	490	17	28	33	20	1.95
24468978--24469427	158	2.8	158	82	4	408	18	27	31	22	1.97
24470094--24470144	26	2.0	26	92	7	86	27	25	19	27	1.99
24470460--24470511	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
24470485--24470856	159	2.3	158	80	5	430	18	27	31	22	1.97
24471681--24471731	26	2.0	26	92	7	86	31	27	11	29	1.92
24471894--24471946	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24472580--24473139	289	1.9	289	81	1	665	22	25	30	22	1.99
24473200--24473252	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
24472848--24474521	368	4.6	367	79	5	1542	21	25	28	23	1.99
24473175--24474524	722	1.9	721	81	4	1668	21	25	28	23	1.99
24474400--24474818	159	2.6	159	78	5	452	19	26	28	24	1.99
24475515--24475566	26	2.0	26	85	7	70	32	23	15	28	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
24475870--24475922	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
24476054--24476105	25	2.0	26	92	3	88	25	28	21	25	1.99
24475824--24476240	183	2.3	184	85	1	561	20	27	27	23	1.99
24476406--24476458	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
24475462--24476556	536	2.0	539	81	3	1276	21	26	27	23	1.99
24476850--24476902	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
24477456--24477481	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
24479618--24479950	171	1.9	171	84	3	438	21	25	29	23	1.99
24480326--24480378	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
24481026--24481083	26	2.2	26	87	3	80	29	25	18	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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