genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.371.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  371  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33804278--33804330	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33804646--33804698	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33811275--33811632	159	2.3	156	75	12	342	23	31	25	19	1.98
33811614--33811666	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
33812832--33812884	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33813200--33813252	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33814240--33814291	25	2.0	26	85	3	70	26	17	25	30	1.97
33813955--33814342	197	2.0	197	84	5	507	25	28	26	20	1.99
33815292--33815344	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33815646--33815698	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33815591--33815958	197	1.9	197	85	2	515	22	27	27	22	1.99
33815937--33815980	22	2.0	22	95	0	79	31	18	38	11	1.86
33816367--33816419	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
33817089--33817140	26	2.0	26	85	7	70	30	17	23	28	1.97
33817517--33817906	171	2.3	167	78	10	412	24	32	24	19	1.98
33818759--33818811	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
33820020--33820513	159	3.1	157	77	6	503	23	30	27	18	1.98
33820487--33820539	26	2.0	26	85	7	72	22	18	28	30	1.98
33821340--33821392	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
33822537--33822589	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
33822562--33823064	158	3.2	156	76	6	431	23	28	26	21	1.99
33823038--33823090	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33823397--33823735	184	1.8	184	82	5	434	26	26	25	21	2.00
33823944--33823996	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
33824322--33824392	26	2.7	26	93	4	117	30	15	22	30	1.95
33824112--33824651	285	1.9	284	85	0	747	22	27	26	23	1.99
33825485--33825534	26	1.9	26	91	0	82	30	20	24	26	1.98
33825825--33825877	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
33826152--33826204	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
33826652--33826703	26	2.0	26	92	0	86	26	17	28	26	1.97
33828135--33828399	132	2.0	132	95	0	476	24	22	31	21	1.98
33833415--33833467	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
33833440--33834040	159	3.8	157	80	5	550	23	30	27	18	1.97
33833440--33834029	318	1.9	318	79	2	684	23	30	27	17	1.97
33834076--33834126	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
33834970--33835019	26	1.9	26	92	8	84	30	18	24	28	1.97
33834810--33835181	184	2.0	184	82	2	451	23	26	26	23	2.00
33836536--33836588	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33836657--33836709	26	2.0	26	86	13	74	33	16	18	30	1.94
33836533--33836761	121	1.9	121	87	1	334	30	24	25	20	1.98
33836888--33837295	159	2.6	159	94	0	710	21	32	29	16	1.95
33837342--33837394	26	2.0	26	100	0	106	22	20	30	26	1.98
33838066--33838118	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
33838408--33838459	25	2.0	26	88	3	79	25	19	28	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33838603--33838655	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33838629--33839121	158	3.1	157	73	9	401	23	31	26	18	1.98
33839102--33839154	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
33839495--33839993	159	3.1	158	72	6	423	24	29	26	19	1.99
33839974--33840026	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
33840696--33840748	26	2.0	26	88	0	79	24	15	26	33	1.95
33841021--33841088	21	3.3	21	95	4	129	14	17	22	45	1.85
33847945--33848552	159	3.8	159	78	4	497	23	30	28	17	1.97
33848588--33848643	26	2.2	26	83	0	67	30	17	21	30	1.96
33849324--33849695	184	2.0	184	82	3	444	24	27	25	22	2.00
33848971--33850099	501	2.2	508	80	5	1187	25	28	25	20	1.99
33850733--33851117	158	2.4	159	79	2	416	23	30	26	19	1.98
33851115--33851140	13	2.0	13	100	0	52	15	23	53	7	1.67
33851159--33851211	26	2.0	26	89	7	81	35	16	18	28	1.93
33851147--33851480	184	1.8	184	84	2	456	25	27	25	20	1.99
33852409--33852461	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
33852751--33852802	25	2.0	26	88	3	79	23	19	28	28	1.98
33852946--33852998	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33852749--33853102	196	1.8	196	81	6	448	25	28	23	22	1.99
33853447--33853499	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33853841--33854335	158	3.1	158	73	4	408	23	29	26	20	1.99
33854316--33854368	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33855039--33855091	26	2.0	26	88	0	79	24	15	26	33	1.95
33859891--33859923	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
33860018--33860519	158	3.2	158	73	5	465	24	27	26	20	1.99
33860306--33860984	355	1.9	355	82	3	857	23	28	27	20	1.99
33860871--33861308	159	2.8	158	75	3	423	22	29	28	19	1.98
33861335--33861387	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33862057--33862109	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
33862402--33862452	26	2.0	26	88	7	77	25	17	27	29	1.98
33862059--33862845	343	2.3	343	94	0	1387	23	29	26	20	1.99
33862745--33862795	26	2.0	26	88	7	77	25	17	27	29	1.98
33862952--33863004	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
33862850--33863263	196	2.1	196	84	1	535	24	29	26	19	1.98
33863273--33863952	159	4.3	158	70	8	380	20	26	29	24	1.99
33863767--33864163	184	2.2	184	87	1	573	22	27	25	23	2.00
33864998--33865047	26	1.9	26	88	8	75	20	26	22	32	1.98
33864881--33865073	99	1.9	99	95	0	350	20	23	25	30	1.98
33866424--33866476	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33866825--33867650	171	4.8	171	71	10	453	21	27	29	22	1.99
33867269--33867321	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33866990--33867835	355	2.4	355	83	1	1059	20	27	28	22	1.99
33867624--33867676	26	2.0	26	96	0	97	28	30	18	22	1.98
33868155--33868206	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33867435--33868929	564	2.8	530	78	11	1502	20	26	28	23	1.99
33868342--33868391	26	1.9	26	92	8	84	26	22	20	32	1.98
33868719--33868770	25	2.0	26	88	3	79	26	26	19	26	1.99
33868903--33868955	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
33869359--33869411	26	2.0	26	85	7	72	30	30	16	22	1.96
33869543--33869595	26	2.0	26	85	7	72	32	20	16	30	1.95
33869919--33869974	26	2.2	26	83	6	69	28	26	21	23	1.99
33870423--33870475	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33871475--33871524	25	2.0	26	88	4	75	30	26	16	28	1.96
33872573--33872625	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33873074--33873126	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
33874712--33874764	26	2.0	26	85	0	70	26	22	20	30	1.98
33873601--33875467	894	2.1	879	86	4	2563	25	23	24	26	2.00
33875448--33875500	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33874672--33876223	721	2.1	727	86	4	2209	26	23	23	27	2.00
33876169--33876221	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33876988--33877012	13	1.9	13	100	0	50	0	44	32	24	1.54
33877550--33877600	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
33879996--33880428	159	2.7	160	81	4	455	19	28	28	23	1.98
33880400--33880452	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33881660--33881711	25	2.0	26	88	3	79	32	25	15	26	1.95
33882379--33882431	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33882564--33882614	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
33882929--33882980	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
33883257--33883309	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
33883933--33884351	159	2.6	159	81	3	459	19	28	28	23	1.98
33889755--33889807	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33890625--33890677	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33892415--33892465	26	2.0	26	88	7	77	27	25	17	29	1.98
33892749--33892801	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
33893471--33893523	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33893656--33893706	26	2.0	26	88	7	77	25	23	19	31	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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