genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.159.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  159  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17987525--17987577	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17988336--17988387	26	2.0	25	96	3	95	26	25	21	26	1.99
17988717--17988767	26	2.0	26	88	7	77	29	19	19	31	1.97
17988826--17989247	159	2.7	159	78	5	444	20	30	26	22	1.98
17989399--17989451	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17989899--17989951	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
17989197--17990832	881	1.9	878	83	3	2149	19	25	28	25	1.99
17991601--17991653	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17991588--17992276	356	1.9	363	82	4	872	20	28	29	22	1.98
17992004--17992492	158	3.1	158	75	6	477	20	26	29	23	1.99
17993666--17993718	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
17994047--17994099	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
17998232--17998264	11	2.7	13	86	13	52	51	9	0	39	1.34
17998591--17998893	159	1.9	159	81	4	369	16	28	31	24	1.97
17998591--17999038	158	2.8	159	79	3	418	19	27	29	23	1.98
17999432--18000848	159	8.9	157	75	5	1009	19	26	29	24	1.98
17999396--18000848	317	4.6	317	82	3	1624	19	26	29	24	1.99
17999396--18000848	633	2.3	630	82	4	1780	19	26	29	24	1.99
18000821--18000873	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
18002068--18002397	171	1.9	171	80	4	389	21	25	30	22	1.99
18002584--18002636	21	2.5	21	96	0	97	16	20	45	16	1.86
18003075--18003127	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18003417--18003469	26	2.0	26	85	0	70	30	24	20	24	1.99
18003041--18003780	331	2.2	336	82	6	874	22	26	26	24	2.00
18004375--18004427	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
18004401--18004743	158	2.2	158	81	2	375	20	24	28	25	1.99
18004717--18004769	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
18004926--18004977	26	2.0	26	85	7	70	28	25	15	30	1.96
18004875--18005514	355	1.8	355	85	1	915	20	26	28	24	1.99
18005281--18005333	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18005307--18005691	159	2.4	157	76	8	373	22	24	29	23	1.99
18006475--18006527	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18012792--18012842	26	2.0	26	88	0	75	33	25	11	29	1.91
18013555--18013607	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18014276--18014350	26	3.0	26	84	11	104	29	29	17	24	1.97
18014328--18014972	158	4.1	158	76	7	569	19	26	29	23	1.98
18015860--18015910	26	2.0	26	84	7	68	27	27	15	29	1.96
18016204--18016256	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18017569--18017621	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
18017595--18017991	159	2.5	159	75	6	376	20	25	30	23	1.99
18018404--18018430	13	2.1	13	100	0	54	7	44	25	22	1.79
18018468--18018520	26	2.0	26	88	0	79	26	26	20	26	1.99
18024644--18024696	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
18025017--18025069	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18025051--18025544	158	3.1	156	76	6	485	19	26	30	24	1.98
18025518--18025570	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18026265--18026753	159	3.1	157	78	5	533	18	27	31	22	1.97
18026866--18026890	11	2.3	11	100	0	50	20	32	40	8	1.81
18029151--18029218	26	2.6	26	100	0	136	30	22	16	30	1.95
18029887--18029939	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
18030267--18030319	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
18030293--18030793	158	3.2	157	74	8	381	20	27	28	24	1.99
18031459--18031511	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18032631--18033318	158	4.3	156	75	7	476	19	26	29	24	1.98
18032631--18033317	317	2.2	317	82	3	819	19	26	29	24	1.98
18033951--18034002	26	2.0	26	85	14	72	30	25	15	28	1.96
18035129--18035181	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18035875--18036237	158	2.3	158	75	7	360	20	27	29	21	1.98
18036329--18036381	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18037048--18037100	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
18037018--18037944	343	2.7	341	84	2	1164	20	28	28	22	1.99
18038297--18038349	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18039512--18039564	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18040207--18040259	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
18040549--18040601	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
18040758--18040810	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18039913--18041154	551	2.3	551	82	3	1435	20	26	28	24	1.99
18041823--18041874	26	2.0	26	88	0	77	28	25	19	26	1.98
18042007--18042059	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
18042739--18042791	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
18041937--18043512	720	2.2	727	89	2	2454	26	23	22	27	2.00
18043459--18043511	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
18043548--18043988	159	2.8	158	80	5	462	20	28	29	20	1.98
18043960--18044012	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
18044317--18044366	25	2.0	26	92	4	84	24	30	20	26	1.98
18044659--18044711	26	2.0	26	82	13	65	24	20	20	33	1.97
18045384--18045436	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18045569--18045621	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
18045778--18045830	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
18046121--18046173	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
18046805--18047335	159	3.3	157	76	5	431	18	25	30	25	1.98
18048375--18048425	26	2.0	26	88	7	77	29	27	13	29	1.94
18048496--18048539	22	2.0	22	86	0	61	22	31	29	15	1.95
18049291--18049648	159	2.3	159	78	4	382	20	26	29	23	1.99
18049624--18049674	26	2.0	26	92	7	86	27	19	21	31	1.97
18050003--18050061	26	2.3	26	86	11	79	27	27	18	27	1.98
18050866--18050914	26	2.0	24	88	8	71	30	30	12	26	1.92
18052206--18052256	26	2.0	26	88	7	77	31	25	13	29	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18052572--18052624	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
18053223--18053640	158	2.6	158	77	4	421	20	27	26	25	1.99
18053614--18053666	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
18053640--18053996	171	2.1	171	81	3	405	21	24	30	23	1.99
18053982--18054034	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
18054008--18054504	159	3.2	155	77	7	481	20	27	29	22	1.98
18054478--18054530	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
18055234--18055692	158	2.9	157	80	3	485	17	28	31	22	1.97
18055666--18055718	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
18056462--18056514	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
18056488--18056830	159	2.2	157	81	3	384	20	25	29	24	1.99
18057353--18057405	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18057854--18057906	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
18058556--18058608	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
18059425--18059477	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
18059596--18059881	148	1.9	148	84	1	376	21	24	29	24	1.99
18059014--18059954	502	1.9	506	81	4	1142	20	26	28	23	1.99
18060098--18060150	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18060467--18060519	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18059769--18060777	356	2.8	360	79	10	841	19	27	30	22	1.98
18060562--18060952	159	2.5	159	80	5	452	16	28	30	24	1.97
18060562--18061143	158	3.7	159	76	6	479	18	26	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18061919--18061971	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
18062437--18062492	26	2.2	26	83	0	67	30	28	14	26	1.95
18062603--18062966	158	2.3	158	80	3	399	19	27	29	23	1.98
18062940--18062992	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
18063687--18064383	157	4.3	157	75	7	512	20	27	30	21	1.98
18064514--18064566	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
18064540--18065032	159	3.1	158	77	4	492	20	27	29	22	1.98
18065382--18065434	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
18064979--18066296	368	3.7	360	80	6	1299	20	27	28	23	1.99
18065750--18065802	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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