genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.274.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  274  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26425986--26426036	26	2.0	26	88	0	75	27	17	25	29	1.98
26428361--26428413	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
26428452--26428477	13	2.0	13	100	0	52	23	23	46	7	1.78
26429885--26429935	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
26430387--26430439	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26432224--26432276	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26434016--26434512	158	3.1	159	80	5	524	22	29	28	20	1.98
26434860--26434912	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26435211--26435263	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26434175--26435335	351	3.3	351	81	8	1370	21	29	29	20	1.98
26437706--26437756	26	2.0	26	96	0	93	25	11	27	35	1.91
26438439--26438491	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
26436836--26438672	991	1.9	991	89	1	2847	27	23	23	26	2.00
26439307--26439359	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
26439718--26440086	158	2.3	158	80	3	429	21	28	28	20	1.98
26440272--26440324	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
26440624--26441274	158	4.1	159	77	4	591	23	29	27	19	1.98
26441247--26441300	26	2.1	26	96	0	99	25	22	27	24	2.00
26442348--26442841	159	3.1	157	79	3	526	23	30	28	18	1.97
26449796--26450223	159	2.7	157	77	7	438	23	29	27	19	1.98
26450271--26450323	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26451336--26451386	26	2.0	26	84	7	68	27	19	23	29	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26451362--26451786	159	2.7	157	78	8	414	24	29	27	19	1.98
26452192--26452244	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26453787--26453837	26	2.0	26	88	7	77	29	19	23	27	1.98
26453971--26454022	26	2.0	26	88	0	77	28	19	25	26	1.98
26454694--26454746	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26454375--26455320	494	1.9	495	88	1	1432	26	27	25	21	1.99
26457261--26457313	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
26457628--26457680	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
26457076--26458087	367	2.8	354	81	4	1143	23	29	27	19	1.98
26457984--26458036	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26458742--26459145	159	2.5	158	76	7	392	25	29	26	19	1.98
26459219--26459268	26	1.9	26	91	0	82	28	20	26	26	1.99
26459587--26459638	26	2.0	26	92	7	88	25	21	26	26	1.99
26459034--26459872	367	2.3	366	83	2	1074	23	30	27	19	1.98
26459634--26460056	183	2.3	184	84	4	514	23	30	27	17	1.97
26460896--26461259	158	2.3	158	78	5	360	23	31	27	17	1.97
26461739--26461791	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26462645--26462895	138	1.8	138	85	3	353	23	29	30	15	1.96
26462756--26463066	171	1.8	171	80	2	374	22	30	28	18	1.97
26463111--26463161	26	2.0	26	92	0	84	27	19	27	25	1.99
26463467--26463517	26	2.0	26	96	0	93	27	19	25	27	1.99
26464191--26464243	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26464226--26464717	158	3.1	155	77	7	481	21	29	29	19	1.98
26464691--26464743	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26467351--26467808	158	2.9	159	74	10	380	24	29	26	19	1.99
26467831--26467883	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
26468185--26468262	26	3.0	26	94	1	140	28	20	24	26	1.99
26470716--26471354	159	3.9	159	76	7	455	23	32	26	18	1.97
26471002--26471341	171	2.0	170	84	4	452	22	33	26	17	1.96
26472113--26472556	158	2.8	158	76	6	378	24	31	25	18	1.97
26472587--26472638	26	2.0	26	84	0	68	28	21	25	25	1.99
26472943--26472993	26	2.0	26	96	0	93	25	19	29	25	1.99
26473296--26473348	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
26472497--26473420	355	2.6	352	82	3	1129	23	29	27	20	1.99
26474054--26474544	158	3.1	157	74	7	456	23	30	26	19	1.98
26474886--26474935	26	1.9	26	91	0	82	28	20	26	26	1.99
26474333--26475289	355	2.7	357	78	6	959	22	29	26	20	1.99
26475241--26475318	26	3.0	26	94	1	140	28	20	24	26	1.99
26475633--26475685	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
26477446--26477936	158	3.1	156	75	7	465	22	29	28	19	1.98
26477917--26477968	25	2.0	25	88	3	77	25	19	26	28	1.98
26479163--26479194	12	2.7	12	100	0	64	40	18	28	12	1.87
26480995--26481390	157	2.5	156	79	8	419	24	30	27	17	1.97
26482736--26482788	26	2.0	26	89	7	81	26	22	26	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26483104--26483156	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
26482553--26484853	368	6.3	368	76	7	1883	22	29	27	20	1.99
26483472--26483524	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26483857--26483909	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
26484219--26484271	26	2.0	26	88	0	79	26	20	26	26	1.99
26485498--26485848	159	2.2	159	79	5	377	24	29	26	19	1.98
26485954--26486006	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
26486050--26486677	342	1.8	342	82	4	818	21	28	27	21	1.99
26486651--26486729	26	3.0	26	90	3	124	26	21	25	26	1.99
26488675--26489791	354	3.2	352	83	3	1311	22	28	26	21	1.99
26489698--26489749	26	2.0	26	88	7	79	28	19	21	30	1.97
26490446--26490947	158	3.2	155	73	5	423	23	29	26	20	1.99
26490921--26490973	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
26491279--26491331	26	2.0	26	85	0	70	26	24	26	22	2.00
26491995--26492047	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26493234--26493285	26	2.0	26	85	7	70	28	19	25	26	1.98
26494094--26494147	27	2.0	26	92	3	90	24	20	27	27	1.99
26495416--26495468	26	2.0	26	88	0	79	30	18	22	28	1.98
26496495--26496547	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26497005--26497057	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
26497726--26497777	26	2.0	26	85	7	70	28	19	25	26	1.98
26497750--26498177	159	2.7	158	77	8	438	23	30	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26497910--26498705	355	2.3	353	81	7	882	23	29	27	19	1.98
26498581--26498633	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26499304--26499356	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26499330--26499693	159	2.3	159	79	5	378	26	30	24	19	1.98
26499806--26499858	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
26500175--26500227	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
26500934--26501353	159	2.6	159	77	3	423	22	28	29	18	1.98
26501960--26502012	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
26501985--26502437	159	2.9	158	76	6	441	22	29	28	19	1.98
26502462--26502514	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
26503191--26503686	160	3.1	156	78	8	507	21	29	28	20	1.98
26503659--26503711	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
26504088--26504140	26	2.0	26	82	7	63	30	20	22	26	1.98
26504588--26504640	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
26505574--26505606	11	3.0	11	100	0	66	18	36	27	18	1.94
26506585--26506636	26	2.0	26	88	3	79	25	19	26	28	1.98
26507575--26507627	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
26508141--26508179	13	3.0	13	92	0	60	20	33	28	17	1.96
26508195--26508244	26	1.9	26	88	8	75	28	22	26	24	1.99
26508220--26508721	159	3.2	157	75	6	489	23	28	27	20	1.99
26509038--26509090	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
26510128--26510180	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
26510933--26510985	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
26511420--26511506	26	3.2	26	74	11	77	22	10	9	57	1.60
26511973--26512248	139	2.0	139	83	2	349	24	32	25	18	1.97
26512112--26512525	158	2.6	158	77	3	388	23	31	27	18	1.97
26513689--26514365	354	1.9	355	83	3	887	23	29	26	19	1.98
26514239--26514293	28	2.0	27	82	6	67	27	18	29	25	1.98
26515001--26515502	158	3.2	157	77	5	519	23	30	27	18	1.98
26515476--26515528	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
26515844--26515896	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
26515285--26516059	368	2.1	368	84	2	995	22	29	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402