genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.294.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  294  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27894460--27895055	158	3.8	157	79	5	495	18	26	31	23	1.97
27895028--27895080	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
27895237--27895290	26	2.1	26	89	0	81	24	27	22	25	2.00
27895580--27895632	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27898848--27899081	123	1.9	123	95	0	423	16	35	22	26	1.95
27898996--27899558	159	3.6	159	78	5	584	17	27	31	23	1.97
27899543--27899593	26	2.0	26	88	7	77	27	21	19	31	1.97
27900339--27900839	157	3.2	157	77	4	499	18	26	31	23	1.98
27900813--27900865	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
27901164--27901216	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27901190--27901732	158	3.4	158	77	3	561	20	28	29	21	1.98
27902348--27902400	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27902966--27903017	26	2.0	26	92	7	88	34	21	15	28	1.94
27903466--27903851	158	2.4	160	77	6	426	19	27	29	23	1.98
27904542--27904594	26	2.0	26	89	7	81	30	26	16	26	1.97
27904726--27904778	26	2.0	26	88	0	79	26	26	22	24	2.00
27904493--27904937	184	2.4	184	82	3	502	20	27	26	24	1.99
27904892--27905256	159	2.3	160	82	5	452	20	25	29	25	1.99
27905228--27905280	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27905947--27905999	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27906131--27906183	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27906855--27906907	26	2.0	26	89	7	81	30	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27907369--27907421	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
27907583--27907623	21	2.0	21	85	0	55	19	12	43	24	1.85
27907589--27907635	21	2.2	21	84	0	58	21	17	42	19	1.89
27908614--27908666	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
27908676--27909019	159	2.2	159	79	0	366	19	28	31	20	1.97
27909128--27909180	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
27909162--27909647	159	3.1	158	74	6	460	19	27	29	22	1.98
27910441--27910773	159	2.1	158	82	4	386	17	26	34	21	1.95
27910504--27910877	159	2.4	158	79	3	383	18	24	31	24	1.98
27910852--27910903	26	2.0	26	85	7	70	26	23	21	28	1.99
27911061--27911113	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
27911126--27911594	159	3.0	157	80	2	492	19	28	30	21	1.98
27912153--27912635	158	3.1	155	71	9	395	20	27	28	22	1.99
27912609--27912661	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27913327--27913378	26	2.0	26	88	0	77	28	23	19	28	1.98
27914276--27914301	13	2.0	13	100	0	52	7	46	23	23	1.78
27920056--27920109	26	2.1	26	89	6	83	25	24	20	29	1.99
27920939--27920991	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27921504--27921554	26	2.0	26	88	0	75	31	25	15	27	1.96
27921530--27921871	159	2.2	158	82	2	409	19	27	30	22	1.98
27921845--27921897	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
27922408--27922922	159	3.2	157	74	4	462	19	25	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27922897--27922949	26	2.0	26	85	7	72	26	20	18	33	1.96
27923277--27923329	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27923441--27923806	158	2.3	158	80	6	398	18	27	30	23	1.98
27923518--27923804	158	1.8	159	85	3	409	18	29	30	21	1.97
27923778--27923830	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27923974--27924026	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
27923721--27924126	196	2.1	196	84	1	528	22	27	26	23	2.00
27924499--27924550	26	2.0	26	92	0	86	28	25	17	28	1.97
27925220--27925272	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
27925253--27925746	159	3.1	157	81	2	578	19	27	30	22	1.98
27925720--27925772	26	2.0	26	92	0	88	30	24	18	26	1.98
27926125--27926517	158	2.5	158	77	6	409	21	27	29	21	1.98
27926263--27926626	158	2.3	159	80	4	396	19	28	28	23	1.98
27927922--27928360	159	2.8	159	76	7	419	19	28	28	24	1.98
27928334--27928386	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27928629--27928681	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
27928655--27929156	159	3.2	156	75	5	488	19	26	29	23	1.98
27929130--27929182	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27934643--27934695	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
27935377--27935428	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
27934448--27937271	919	3.1	915	91	3	4511	26	24	22	26	2.00
27936296--27936347	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27936481--27936558	26	3.0	26	88	3	113	28	21	17	32	1.96
27937220--27937298	26	3.0	26	96	0	140	26	29	18	25	1.98
27937625--27937677	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
27937789--27938153	159	2.3	158	81	4	405	20	26	29	24	1.99
27939190--27939242	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27939546--27939598	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
27939731--27939892	84	1.9	84	83	0	207	30	25	29	15	1.96
27940431--27941028	158	3.8	156	77	9	466	18	27	30	23	1.98
27941000--27941052	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
27941554--27941606	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27942287--27942339	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
27942787--27942839	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27942996--27943048	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
27943063--27943524	159	2.9	156	79	7	477	18	27	31	23	1.97
27943022--27943523	158	3.2	157	77	8	507	19	26	30	23	1.98
27943904--27944398	158	3.1	157	75	5	451	22	29	27	21	1.99
27944372--27944424	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27945073--27945125	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
27945244--27945295	26	2.0	26	88	7	79	34	21	17	26	1.95
27946217--27946269	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27946243--27946611	171	2.2	170	80	5	413	21	25	28	24	1.99
27946584--27946636	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27947187--27947643	159	2.9	159	76	5	381	20	27	29	22	1.98
27947187--27947673	157	3.1	158	75	5	403	21	27	29	21	1.98
27947718--27947770	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
27948389--27948441	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
27948720--27948771	26	2.0	26	85	7	70	28	26	19	25	1.98
27949443--27949495	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
27949509--27949809	158	1.9	158	87	2	444	17	28	31	21	1.96
27949785--27949837	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
27952886--27952937	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
27959530--27959582	26	2.0	26	85	7	72	33	20	20	24	1.97
27959555--27959961	159	2.6	159	79	6	409	24	28	28	18	1.98
27960007--27960091	26	3.3	26	93	6	140	25	15	27	31	1.95
27960407--27960459	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
27960436--27960935	159	3.2	157	78	3	502	23	31	27	18	1.97
27960909--27960961	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
27961972--27962024	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
27962339--27962391	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
27963062--27963114	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
27964091--27964142	26	2.0	26	84	0	68	28	19	25	26	1.98
27964426--27964478	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
27964782--27964831	26	1.9	26	91	0	82	32	20	22	26	1.98
27965709--27965761	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
27967111--27967161	26	2.0	25	96	3	93	31	19	21	27	1.97
27967464--27967515	26	2.0	26	88	3	79	32	21	17	28	1.96
27967963--27968015	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
27968182--27968422	129	1.9	129	85	0	338	23	27	29	19	1.98
27968568--27968619	26	2.0	26	88	0	77	28	17	26	26	1.97
27969300--27969352	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
27969644--27969694	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
27969852--27969904	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
27970354--27970406	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
27971639--27971691	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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