genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.173.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  173  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19028596--19028936	156	2.2	157	79	3	362	22	30	27	18	1.98
19030145--19030194	26	2.0	24	85	14	66	30	8	28	34	1.86
19030177--19030625	159	2.8	156	76	6	436	23	30	26	19	1.98
19030667--19030719	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
19030693--19031143	158	2.9	158	76	13	395	25	31	26	17	1.97
19031166--19031218	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
19033041--19033092	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
19032202--19033338	604	1.9	592	82	5	1410	24	29	26	19	1.99
19034051--19034103	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
19035176--19035226	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
19042242--19042294	26	2.0	26	92	7	90	26	18	24	30	1.98
19042268--19042773	158	3.2	157	74	7	378	23	30	26	19	1.98
19045161--19045951	159	5.0	158	80	6	690	23	30	26	19	1.98
19045935--19045985	26	2.0	26	84	0	66	29	17	27	25	1.98
19047473--19047525	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
19048279--19048328	26	1.9	26	91	0	82	26	22	28	24	1.99
19048876--19049433	158	3.5	158	76	3	516	24	30	25	19	1.98
19048866--19049441	317	1.8	316	80	2	708	24	29	25	19	1.98
19050057--19050401	159	2.2	158	81	3	372	22	28	28	20	1.99
19050375--19050427	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
19050571--19050623	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
19050756--19051097	158	2.2	158	77	4	348	24	27	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19051071--19051122	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
19051296--19051799	158	3.2	158	78	4	435	22	29	27	20	1.99
19050162--19051873	699	2.5	695	83	2	2130	23	28	27	20	1.99
19051770--19051825	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
19052150--19052202	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
19052651--19052703	26	2.0	26	86	13	74	26	16	26	30	1.97
19053713--19053765	26	2.0	26	92	0	88	26	16	28	28	1.97
19054992--19055044	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
19055018--19055516	158	3.2	157	80	5	551	21	29	28	20	1.98
19056207--19056259	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
19056010--19056366	195	1.8	197	82	6	465	24	26	25	22	2.00
19057732--19057784	26	2.0	26	85	7	72	24	20	24	30	1.99
19058809--19058861	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
19058650--19059019	184	2.0	184	85	2	492	24	28	26	20	1.99
19059310--19059362	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19059309--19059660	196	1.8	195	83	3	474	25	26	25	22	2.00
19059997--19060056	24	2.4	25	91	8	104	30	20	23	26	1.98
19061413--19061465	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19061751--19061803	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
19061959--19062009	26	2.0	26	92	7	86	29	19	23	27	1.98
19062542--19063098	170	3.4	163	75	10	493	20	32	29	17	1.96
19062770--19063093	159	2.1	158	81	3	348	20	31	29	18	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19064379--19064428	26	2.0	24	85	14	66	30	8	28	34	1.86
19065417--19065469	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
19067292--19067343	26	2.0	26	88	7	79	28	17	21	32	1.96
19066454--19067589	605	1.9	590	82	5	1390	24	29	26	19	1.99
19068305--19068357	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
19068984--19069036	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
19069073--19069459	158	2.4	158	73	6	368	21	28	27	22	1.99
19069433--19069483	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
19076070--19076122	26	2.0	26	82	7	63	32	18	22	26	1.97
19076105--19076591	159	3.1	159	74	8	360	25	31	25	18	1.98
19076573--19076625	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19076267--19077717	344	4.2	343	81	3	1598	23	28	27	19	1.99
19077283--19077589	159	1.9	159	81	6	363	21	29	29	18	1.97
19077283--19077628	159	2.2	158	78	8	351	21	29	29	19	1.98
19077602--19077654	26	2.0	26	89	7	81	30	15	22	32	1.94
19076267--19077935	342	4.9	341	80	5	1487	23	29	26	19	1.98
19078102--19078154	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19078833--19078885	26	2.0	27	88	3	81	37	20	20	20	1.94
19078850--19079348	157	3.2	157	76	5	373	24	30	26	18	1.98
19079687--19079736	26	1.9	26	92	8	84	30	20	26	24	1.98
19079140--19079842	365	2.0	355	82	6	862	23	30	26	19	1.98
19079709--19080121	159	2.6	159	76	6	435	25	29	26	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19080809--19081245	158	2.8	159	75	6	406	20	29	28	20	1.98
19081219--19081271	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
19081587--19081639	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
19081612--19082042	159	2.7	158	74	5	384	23	30	27	18	1.97
19082090--19082142	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
19082830--19082879	26	1.9	26	88	8	75	28	18	24	30	1.97
19083171--19083223	26	2.0	26	92	0	88	30	20	22	26	1.98
19083810--19083865	26	2.2	26	96	0	103	25	16	26	32	1.96
19083612--19084294	368	1.8	360	83	7	825	22	27	28	21	1.99
19084227--19084718	159	3.1	157	78	5	481	21	30	28	19	1.98
19084692--19084744	26	2.0	26	85	0	70	26	22	22	28	1.99
19084717--19085083	171	2.1	171	81	4	436	20	28	28	23	1.99
19083403--19085357	869	2.2	873	83	3	2425	22	29	27	20	1.99
19085402--19085454	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19085599--19085651	26	2.0	26	92	0	88	30	15	24	30	1.95
19085624--19086002	158	2.4	158	79	4	397	24	31	25	17	1.97
19085624--19086052	159	2.7	158	78	2	439	24	31	26	17	1.97
19086099--19086151	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
19086283--19086795	159	3.2	157	80	4	528	23	29	26	19	1.98
19086771--19086821	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
19085624--19087520	670	2.8	668	82	1	2233	23	29	26	20	1.99
19086966--19087465	158	3.2	155	74	7	380	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19086946--19087392	158	2.8	156	74	7	397	23	29	27	18	1.98
19088323--19088375	26	2.0	26	96	0	97	24	20	26	28	1.99
19088521--19088883	159	2.3	159	77	6	349	25	29	24	20	1.99
19089924--19089976	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
19090267--19090319	26	2.0	26	89	7	81	20	18	30	30	1.97
19096267--19096319	26	2.0	26	82	7	63	28	18	24	28	1.98
19096641--19096692	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
19097142--19097197	26	2.2	26	93	0	94	25	14	26	33	1.94
19097902--19098386	158	3.1	156	76	7	496	24	29	26	20	1.99
19098721--19098771	26	2.0	26	96	0	93	25	15	29	29	1.96
19098182--19099179	353	2.7	360	81	8	1049	23	28	27	20	1.99
19099101--19099153	26	2.0	26	89	7	81	32	18	22	26	1.97
19099627--19099679	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
19098908--19099855	526	1.8	527	81	3	1201	24	27	26	21	1.99
19100463--19100541	26	3.0	26	89	7	133	25	20	26	27	1.99
19100819--19100871	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
19100844--19101607	159	4.8	159	74	6	479	22	29	28	18	1.98
19100860--19101662	319	2.5	316	81	4	897	22	29	27	19	1.98
19101636--19101688	26	2.0	26	88	0	79	26	22	26	24	2.00
19101480--19102158	367	1.9	354	82	6	835	23	31	26	18	1.98
19102029--19102531	159	3.2	158	77	6	496	24	31	25	19	1.98
19102505--19102557	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
19103225--19103277	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
19103251--19103751	158	3.2	154	80	5	522	23	30	27	19	1.98
19104105--19104160	26	2.2	26	90	6	87	30	19	21	28	1.98
19103409--19104897	368	4.1	364	77	11	1244	23	29	26	21	1.99
19104460--19104512	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
19103535--19104800	368	3.5	360	78	9	1272	22	29	27	20	1.99
19104841--19104968	26	5.0	25	71	17	95	26	22	25	25	2.00
19104820--19104972	75	2.0	75	87	5	220	26	23	23	26	2.00
19111554--19112016	158	2.9	156	75	7	441	24	31	25	18	1.97
19112031--19112083	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402