genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.362.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  362  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33102168--33102220	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
33102353--33102405	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
33102145--33102679	185	2.9	182	80	5	601	21	26	27	25	1.99
33101945--33102679	370	2.0	376	81	6	884	21	26	27	24	2.00
33104078--33104130	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
33104262--33104314	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
33104051--33104473	184	2.3	184	82	3	494	21	25	27	25	1.99
33104763--33104815	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33105618--33105670	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
33105998--33106050	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33106608--33106634	11	2.5	11	100	0	54	18	29	33	18	1.95
33107221--33107271	26	2.0	26	88	0	75	25	29	19	25	1.99
33107400--33107751	159	2.2	160	77	6	365	20	28	28	23	1.99
33107723--33107775	26	2.0	26	89	7	81	32	24	15	28	1.95
33108112--33108185	13	5.7	13	93	0	121	9	47	20	22	1.79
33108254--33108755	158	3.2	157	73	5	445	20	27	27	23	1.99
33108729--33108781	26	2.0	26	88	0	79	30	24	16	28	1.97
33109996--33110038	21	2.0	21	95	0	77	32	13	34	18	1.90
33110115--33110167	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
33110368--33111329	171	5.7	171	72	11	567	19	27	30	22	1.98
33109376--33111328	685	2.8	690	81	4	2134	20	27	29	22	1.98
33111301--33111353	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33112024--33112073	26	1.9	26	88	8	75	24	26	22	28	1.99
33112131--33112584	158	2.9	156	76	5	387	18	28	29	23	1.98
33112050--33112742	316	2.2	316	81	6	750	20	26	30	23	1.98
33112865--33112917	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
33113246--33113296	25	2.0	25	92	0	84	25	25	23	25	2.00
33114450--33114502	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
33114950--33115002	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
33115331--33115383	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
33115825--33115877	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33116546--33116624	26	3.0	25	81	3	86	32	25	13	27	1.94
33117513--33118020	158	3.2	159	74	4	389	20	27	29	22	1.98
33118136--33118191	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
33117233--33118666	685	2.1	683	82	2	1723	20	26	28	24	1.99
33118165--33118665	159	3.2	156	75	8	478	19	26	29	24	1.99
33118639--33118690	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
33125175--33125227	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33125201--33125702	158	3.2	157	77	9	545	18	26	31	22	1.97
33125676--33125727	26	2.0	26	85	7	70	28	23	17	30	1.97
33125570--33126080	193	2.7	195	81	6	584	20	25	29	24	1.99
33125869--33125921	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
33126224--33126275	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
33126375--33126749	158	2.4	157	78	7	411	18	26	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33126722--33126774	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33126571--33126933	184	2.0	184	85	2	496	20	26	29	24	1.99
33126152--33127248	499	2.2	499	83	2	1364	19	26	28	24	1.99
33126756--33127565	315	2.6	315	83	4	979	20	27	28	23	1.99
33126756--33127564	159	5.1	156	77	7	654	20	27	28	23	1.99
33127538--33127590	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97
33127736--33127786	26	2.0	26	92	7	86	29	25	15	29	1.96
33128097--33128149	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33128598--33128676	26	3.0	26	94	3	133	26	22	20	30	1.98
33129331--33129381	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
33129484--33129859	159	2.4	158	79	5	402	18	25	30	25	1.98
33130554--33130604	26	2.0	26	92	0	84	29	27	15	27	1.96
33134559--33134611	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
33136093--33136923	157	5.2	159	73	6	602	23	29	27	20	1.99
33137297--33137349	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
33137809--33137861	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
33136917--33137937	512	2.0	512	94	1	1800	27	23	24	24	2.00
33138166--33138218	26	2.0	26	88	0	79	28	16	28	26	1.97
33138508--33138560	26	2.0	26	96	0	97	22	18	30	28	1.98
33138163--33138798	342	1.9	340	82	2	801	22	27	29	20	1.98
33138534--33139034	158	3.2	158	77	4	416	21	29	29	19	1.97
33139008--33139060	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33139188--33139240	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
33139213--33139658	159	2.8	156	79	6	452	23	30	27	17	1.97
33139690--33139740	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
33140360--33140412	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33144365--33144415	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
33145584--33145634	26	2.0	26	92	0	84	25	17	29	27	1.98
33146295--33146367	26	2.8	26	97	0	137	30	17	23	28	1.97
33146813--33146865	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33147180--33147232	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33147386--33147438	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
33147411--33148193	159	4.9	157	74	7	523	24	29	26	20	1.99
33147421--33148222	158	5.1	158	73	8	599	24	29	26	20	1.99
33147411--33148230	317	2.6	317	81	3	945	24	29	26	20	1.99
33148204--33148256	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33148045--33148407	184	2.0	184	85	1	485	23	29	26	19	1.98
33148229--33148612	158	2.4	158	76	3	423	24	30	26	18	1.98
33149070--33149122	26	2.0	26	92	0	88	32	22	20	24	1.98
33149291--33149720	159	2.7	156	81	6	490	23	31	27	16	1.97
33149767--33149819	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33156309--33156360	26	2.0	25	96	3	95	28	21	23	26	1.99
33156808--33156863	26	2.2	26	90	6	87	26	17	26	28	1.98
33156333--33157795	685	2.1	681	80	4	1611	25	28	25	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33157873--33157925	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
33158375--33158453	26	3.0	26	81	3	88	26	16	25	31	1.96
33159120--33159172	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
33159614--33159666	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
33159705--33159730	13	2.0	13	100	0	52	15	23	53	7	1.67
33159995--33160047	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
33159436--33160151	368	1.9	363	80	10	803	23	29	26	20	1.99
33160495--33160547	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
33161224--33161722	157	3.2	158	75	5	438	23	29	26	20	1.99
33162075--33162127	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
33162367--33162858	158	3.1	156	74	7	415	24	29	26	19	1.98
33162843--33162892	26	1.9	26	84	8	66	28	20	26	26	1.99
33163588--33164026	159	2.8	158	78	2	452	23	30	28	18	1.97
33164089--33164635	171	3.3	167	78	7	488	22	31	26	19	1.98
33164878--33164920	21	2.0	21	90	0	68	16	39	16	27	1.90
33165449--33165501	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
33166137--33166189	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
33166636--33166688	26	2.0	26	85	0	70	28	20	26	24	1.99
33166741--33166765	13	1.9	13	100	0	50	24	16	48	12	1.79
33167071--33167123	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
33167963--33168032	26	2.7	26	95	0	122	30	18	25	25	1.98
33168468--33168520	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33168848--33168903	26	2.2	26	90	6	87	28	17	23	30	1.97
33169701--33169753	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
33169726--33170096	157	2.4	158	80	5	412	24	29	25	19	1.98
33170200--33170252	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
33170057--33170462	184	2.2	184	83	2	494	25	27	25	21	1.99
33170384--33170436	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
33171922--33171974	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
33171833--33172693	186	4.6	184	78	7	725	24	27	26	21	1.99
33172293--33172345	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
33173358--33173410	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402