genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.130.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  130  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15920046--15920099	27	2.0	26	85	3	72	27	24	20	27	1.99
15920137--15921020	356	2.4	360	82	5	980	19	26	30	23	1.98
15921284--15921336	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15922155--15922207	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15920582--15922484	869	2.2	868	78	5	2025	20	25	29	23	1.99
15924588--15924640	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15924751--15925116	158	2.3	158	78	6	373	19	24	28	26	1.99
15925828--15925877	26	1.9	26	91	0	82	22	34	20	24	1.97
15926195--15926247	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
15926890--15926942	26	2.0	26	92	0	88	33	26	15	24	1.95
15926601--15926966	196	1.9	196	84	2	493	20	27	27	24	1.99
15927233--15927285	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15927956--15928008	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
15928298--15928350	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
15929025--15929077	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
15929108--15929554	159	2.8	160	79	3	510	18	30	30	20	1.97
15929051--15929544	158	3.1	156	77	4	524	18	29	30	21	1.97
15930248--15930300	26	2.0	26	82	7	63	33	28	15	22	1.94
15930590--15930642	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15936216--15936278	26	2.4	26	100	0	126	26	22	22	28	1.99
15936299--15936809	158	3.2	157	71	9	426	21	27	28	22	1.99
15936914--15936966	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15937950--15938345	158	2.5	159	76	3	431	20	26	30	23	1.98
15938456--15938508	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15938955--15939007	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
15938482--15939752	682	1.9	682	82	1	1632	20	25	29	24	1.99
15939112--15939663	158	3.5	156	76	8	485	19	25	29	25	1.98
15939639--15939689	26	2.0	26	84	7	68	35	23	7	33	1.84
15939757--15940175	158	2.7	155	80	4	464	18	27	28	25	1.98
15938482--15940175	672	2.5	674	79	4	1736	20	26	29	24	1.99
15940149--15940201	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15939455--15940412	511	1.9	512	81	4	1173	21	26	28	24	1.99
15940550--15940957	159	2.6	158	76	6	394	20	27	29	22	1.98
15939980--15941951	869	2.3	870	82	4	2344	21	27	28	22	1.99
15941399--15941451	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
15941425--15941917	158	3.1	157	76	9	482	22	28	27	21	1.99
15941476--15941927	159	2.9	157	77	8	475	21	28	28	21	1.99
15941900--15941951	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
15940123--15941984	882	2.1	868	82	4	2238	22	27	28	22	1.99
15941849--15942235	197	2.0	197	84	2	517	23	28	25	23	2.00
15943626--15944276	354	1.8	361	82	6	836	20	27	29	21	1.98
15944055--15944555	159	3.2	158	74	4	465	20	27	29	22	1.98
15945927--15945979	26	2.0	26	92	0	88	30	30	16	22	1.96
15946416--15946468	26	2.0	27	92	3	90	20	22	20	35	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15946425--15946475	26	2.0	26	92	0	84	23	25	19	31	1.98
15947146--15947198	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15947645--15947697	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
15947830--15947882	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
15947489--15947923	185	2.4	181	80	8	477	22	25	28	23	1.99
15948173--15948225	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
15954752--15954804	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15954778--15955163	159	2.4	158	73	7	352	20	25	30	23	1.98
15955202--15955254	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15956367--15956422	26	2.2	26	87	6	78	30	21	17	30	1.96
15955944--15956937	512	1.9	513	84	3	1320	19	27	29	23	1.98
15956503--15956910	159	2.6	158	79	6	441	17	27	29	25	1.98
15956885--15956936	26	2.0	26	92	7	88	30	21	19	28	1.97
15957681--15958140	159	2.9	158	85	3	581	18	28	31	22	1.97
15958972--15959499	158	3.3	159	78	4	566	17	26	30	24	1.97
15958877--15959499	158	3.9	157	75	7	546	17	26	30	24	1.97
15959472--15959524	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
15960179--15960231	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
15960205--15960718	159	3.2	159	76	8	402	21	26	28	22	1.99
15961006--15961058	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
15962174--15962226	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
15962477--15962502	13	2.0	13	100	0	52	0	38	30	30	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15962544--15962591	24	2.0	24	91	0	78	27	25	20	27	1.99
15963040--15963092	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
15963687--15963713	11	2.5	11	100	0	54	18	29	33	18	1.95
15964799--15964851	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
15964640--15965194	184	3.0	183	82	3	652	22	26	27	24	2.00
15965506--15965557	26	2.0	26	85	7	70	30	26	15	26	1.96
15965609--15966019	159	2.6	158	76	6	436	19	27	30	22	1.98
15965991--15966043	26	2.0	26	85	7	72	28	16	22	32	1.96
15965589--15966616	526	2.0	514	83	5	1298	20	27	30	22	1.98
15966833--15966884	26	2.0	26	92	0	86	25	21	19	34	1.96
15967077--15967129	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15967600--15967652	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15968323--15968375	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15968381--15968681	161	1.9	161	80	4	358	20	28	29	21	1.98
15968828--15968879	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
15969205--15969260	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
15969231--15969730	157	3.2	154	74	10	449	20	25	30	24	1.98
15969917--15969969	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
15969093--15970911	709	2.6	702	81	4	1996	20	27	28	23	1.99
15970082--15970441	158	2.3	159	77	4	377	21	27	28	23	1.99
15970413--15970465	26	2.0	26	89	7	81	28	18	20	32	1.97
15970610--15970662	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15969156--15970979	698	2.6	699	80	5	1977	20	27	28	23	1.99
15971799--15972161	158	2.3	158	78	6	376	20	26	29	23	1.99
15972134--15972186	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15972331--15972383	26	2.0	26	92	0	88	26	22	22	28	1.99
15972497--15972860	159	2.3	159	78	4	365	20	25	28	25	1.99
15972833--15972885	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15971768--15973043	698	1.8	698	80	2	1565	21	26	29	23	1.99
15973213--15973265	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
15973680--15973732	26	2.0	26	92	0	88	26	26	16	30	1.97
15975661--15976224	160	3.5	159	74	11	388	19	26	29	23	1.98
15977424--15977483	26	2.4	26	78	10	72	30	25	20	25	1.99
15977924--15977976	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
15978093--15978603	158	3.2	154	78	9	514	21	26	28	23	1.99
15979227--15979279	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
15979260--15979754	158	3.1	156	77	6	494	18	27	30	23	1.98
15979729--15979780	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
15979570--15979936	184	2.0	184	82	4	454	21	25	27	25	1.99
15979155--15980256	501	2.2	500	82	2	1289	19	27	29	23	1.98
15979806--15980287	158	3.0	157	75	4	484	19	26	29	23	1.98
15981707--15982097	159	2.5	159	77	7	400	20	26	30	21	1.98
15982175--15982227	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
15982570--15982966	159	2.5	158	77	6	406	19	27	30	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15983045--15983095	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
15983798--15984300	158	3.2	158	79	3	483	19	25	30	24	1.98
15983862--15984300	159	2.8	159	80	4	431	18	25	30	24	1.98
15984273--15984325	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15984115--15984484	184	2.0	184	83	2	465	20	25	30	23	1.99
15983744--15984827	501	2.2	501	82	1	1280	19	25	29	24	1.99
15984299--15984800	158	3.2	156	73	6	485	18	26	30	24	1.98
15984774--15984825	26	2.0	25	92	3	86	28	23	19	28	1.98
15985572--15986034	171	2.7	171	78	5	395	19	26	31	23	1.98
15987165--15987217	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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