genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.147.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  147  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17173082--17173132	26	2.0	26	84	0	66	29	27	13	29	1.94
17173886--17174380	158	3.1	156	76	5	528	18	25	31	24	1.98
17174196--17174709	179	2.8	178	81	4	532	20	26	28	23	1.99
17174876--17174928	26	2.0	26	96	0	97	24	22	20	32	1.98
17175583--17175635	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
17175693--17176113	159	2.6	160	80	4	458	18	28	29	23	1.98
17176085--17176137	26	2.0	26	89	7	81	26	22	18	32	1.97
17176954--17177006	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
17177406--17177458	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
17177749--17177801	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
17178958--17179007	26	2.0	26	84	11	68	28	28	10	34	1.89
17179155--17179207	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17179510--17179562	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17179676--17180039	158	2.3	159	76	7	380	19	25	29	25	1.99
17180011--17180067	26	2.2	26	96	0	105	29	22	17	29	1.97
17181263--17181315	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17181643--17181721	26	3.0	25	89	7	113	26	24	21	27	1.99
17181853--17181905	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17182774--17182826	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
17182616--17182985	184	2.0	184	85	2	501	20	24	29	25	1.99
17184341--17184393	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17184524--17184576	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17185194--17185244	26	2.0	26	88	7	77	27	25	19	27	1.99
17185378--17185430	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
17186311--17186345	11	3.2	11	91	0	61	22	34	34	8	1.85
17187112--17187164	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
17186864--17187338	172	2.8	169	80	10	582	15	32	32	19	1.93
17187218--17187628	157	2.6	158	77	7	415	16	28	31	23	1.96
17188283--17188335	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17187018--17188535	683	2.2	684	80	3	1680	20	28	29	22	1.98
17189108--17189159	25	2.0	26	85	3	70	26	26	19	26	1.99
17189895--17189954	26	2.4	26	86	5	79	26	28	20	25	1.99
17189921--17190414	159	3.1	157	74	4	488	20	27	29	22	1.98
17190750--17190802	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17190934--17190986	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17191719--17192144	159	2.7	157	76	5	342	18	29	31	21	1.96
17192868--17192938	26	2.7	26	93	4	117	32	26	14	26	1.94
17192944--17193410	159	3.0	155	79	4	492	18	28	29	22	1.98
17193901--17194910	158	6.4	157	74	6	725	19	26	29	24	1.99
17193777--17194911	317	3.6	318	82	2	1277	19	26	29	24	1.98
17194884--17194935	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
17195593--17195645	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
17195619--17196046	159	2.7	158	78	5	450	19	28	31	20	1.97
17196123--17196150	14	2.0	14	100	0	56	35	35	0	28	1.58
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17197191--17197243	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17197960--17198012	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17198806--17198858	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17199002--17199054	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17205338--17205801	171	2.7	171	82	4	537	17	28	31	23	1.97
17206574--17207196	330	1.9	333	82	8	791	18	29	30	21	1.97
17206740--17207206	171	2.7	171	82	4	561	18	28	30	21	1.97
17207968--17208448	157	3.1	158	81	5	564	17	30	31	20	1.96
17208752--17209110	156	2.3	157	78	5	357	19	25	30	23	1.98
17209086--17209136	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
17209790--17209868	26	3.0	26	94	0	131	26	30	18	24	1.98
17209842--17210343	158	3.2	157	76	4	524	18	27	30	23	1.98
17211329--17211390	11	5.6	11	85	14	92	19	27	35	17	1.94
17211329--17211390	22	2.8	22	100	0	124	19	27	35	17	1.94
17211974--17212026	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17212000--17212493	159	3.1	158	77	6	462	19	26	30	23	1.98
17212412--17213561	354	3.3	348	79	7	1127	19	27	30	23	1.98
17213259--17213717	159	2.9	157	77	4	406	19	27	30	22	1.98
17213693--17213743	26	2.0	26	88	7	77	25	27	17	29	1.98
17214573--17214625	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
17214820--17214859	21	1.9	21	89	0	62	30	27	40	2	1.70
17215096--17215148	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17215990--17216042	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17216225--17216264	21	1.9	21	89	0	62	25	27	45	2	1.66
17216101--17216932	427	1.9	432	84	4	1113	18	30	28	22	1.97
17216692--17216985	159	1.8	159	85	0	408	19	27	29	23	1.98
17217268--17217320	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17217301--17217791	159	3.1	157	75	10	439	19	28	28	22	1.98
17217765--17217817	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
17224800--17224852	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17225236--17225580	159	2.2	159	81	3	401	22	25	27	24	2.00
17225665--17225694	11	2.7	11	89	0	51	20	33	26	20	1.97
17226289--17226340	25	2.0	26	88	3	79	34	26	13	25	1.93
17226755--17226808	26	2.1	26	86	6	74	29	25	16	27	1.97
17226964--17227016	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
17228028--17228101	26	2.9	26	83	2	96	29	29	16	24	1.96
17228416--17228468	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17228442--17228943	158	3.2	158	77	4	528	20	25	29	24	1.99
17228917--17228969	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
17229826--17229878	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17230816--17230867	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
17230842--17231334	158	3.1	157	75	6	483	20	26	29	23	1.99
17231694--17231746	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17231720--17232221	158	3.2	155	79	7	555	19	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17232195--17232247	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17232580--17232632	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17238759--17238811	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17239111--17239160	26	1.9	26	91	0	82	26	28	18	28	1.98
17238709--17239344	338	1.8	342	79	7	734	18	28	30	23	1.97
17239136--17239637	158	3.2	158	82	2	535	17	28	31	22	1.97
17239732--17239764	11	3.0	11	90	0	57	21	36	33	9	1.85
17240341--17240393	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17240367--17240868	159	3.2	158	77	5	539	19	27	30	22	1.98
17241027--17241079	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17240687--17241238	185	3.0	184	81	5	709	19	27	29	22	1.98
17248834--17248886	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17249720--17250670	346	2.7	339	79	9	978	20	26	30	22	1.98
17250102--17250454	168	2.1	169	80	4	381	20	26	30	22	1.98
17250440--17250492	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
17250941--17250993	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17250529--17251499	503	1.9	504	81	3	1184	21	26	28	24	1.99
17251104--17251472	159	2.3	157	77	7	379	18	25	29	26	1.98
17252168--17252220	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17252194--17252695	158	3.2	157	80	5	553	18	27	30	23	1.98
17252669--17252728	26	2.4	26	86	10	81	30	23	20	26	1.98
17252761--17253199	158	2.8	152	77	11	402	18	27	29	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17252095--17253225	501	2.3	501	84	3	1418	19	27	29	23	1.99
17252831--17253199	159	2.3	157	78	6	386	18	25	29	25	1.98
17253894--17253947	26	2.1	26	93	6	92	31	24	18	25	1.97
17253921--17254423	158	3.2	159	79	6	493	18	28	31	21	1.97
17254395--17254447	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
17254237--17254606	184	2.0	184	86	0	515	20	28	28	22	1.99
17254699--17254723	13	1.9	13	100	0	50	12	56	16	16	1.68
17254763--17254814	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
17254838--17255267	155	2.7	157	77	9	435	18	27	30	23	1.97
17261884--17262377	159	3.1	157	74	6	381	20	28	29	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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