Tandem Repeats Finder Program written by:
Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  22  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment
Table Explanation

Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5127736--5128250
263
2.0
263
87
3
752
38
10
11
39
1.77
5129484--5129520
12
3.1
12
96
0
65
54
0
0
45
1.00
5131233--5131297
31
2.1
31
91
0
103
10
13
29
46
1.77
5148787--5149020
126
1.9
126
81
7
287
40
11
13
34
1.81
5154055--5154115
20
3.0
20
72
11
54
50
0
0
49
1.00
5154286--5154385
48
2.1
48
85
5
141
45
2
2
51
1.24
5154364--5154426
24
2.6
24
82
2
72
34
3
9
52
1.50
5154398--5154437
21
1.9
21
84
0
53
40
5
7
47
1.54
5164605--5164657
23
2.4
21
82
17
63
33
1
1
62
1.17
5164626--5164705
12
6.7
12
73
18
69
36
2
0
61
1.10
5164639--5164677
14
2.7
15
85
14
55
38
0
0
61
0.96
5165973--5166012
20
2.0
20
85
0
53
30
7
5
57
1.48
5166499--5166537
13
3.0
13
92
0
60
58
2
0
38
1.12
5167549--5167602
28
1.9
28
85
7
74
44
5
1
48
1.37
5171681--5171813
66
2.0
66
94
2
232
33
15
18
32
1.92
5172731--5172769
19
2.1
19
95
0
69
28
38
10
23
1.87
5180548--5180619
29
2.4
31
86
6
103
56
2
1
38
1.22
5180684--5180746
26
2.5
25
79
5
65
49
1
3
46
1.27
5181138--5181171
17
2.0
17
88
0
50
52
0
0
47
1.00
5187731--5187775
2
22.5
2
100
0
90
51
0
48
0
1.00
5190516--5190546
6
5.2
6
96
0
53
48
19
0
32
1.49
5191119--5191399
116
2.4
115
84
5
352
25
27
14
32
1.95
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5192268--5192302
18
1.9
18
88
11
54
20
17
5
57
1.60
5194490--5194514
7
3.6
7
100
0
50
72
0
0
28
0.86
5195488--5195565
32
2.4
32
70
8
77
33
1
2
62
1.17
5195627--5195675
19
2.5
20
80
12
57
53
0
0
46
1.00
5195931--5195960
15
1.9
16
93
6
53
53
3
3
40
1.34
5195935--5195987
22
2.5
21
78
3
61
43
1
7
47
1.42
5196203--5196298
30
3.3
30
85
4
133
60
2
1
36
1.15
5196625--5196663
5
7.2
5
91
8
51
43
0
0
56
0.99
5200378--5200420
2
21.5
2
100
0
86
0
48
0
51
1.00
5206873--5206905
2
16.5
2
93
0
57
51
3
0
45
1.16
5213156--5213247
33
2.6
34
71
11
80
35
1
7
55
1.36
5213353--5213397
18
2.4
18
85
10
56
55
0
0
44
0.99
5213641--5213745
29
3.4
29
76
9
95
52
1
1
43
1.23
5213809--5213848
19
2.3
18
87
12
57
47
0
5
47
1.24
5220317--5220345
10
3.0
10
95
5
51
20
17
10
51
1.74
5220844--5220882
21
1.9
19
90
10
60
53
0
0
46
1.00
5220882--5220961
9
9.3
9
76
21
75
67
0
0
32
0.91
5220880--5220961
42
1.9
43
92
7
141
68
0
0
31
0.90
5220880--5220957
25
3.0
26
75
14
65
69
0
0
30
0.89
5220875--5220963
25
3.6
25
77
20
64
68
0
0
31
0.90
5221418--5221473
24
2.3
23
76
8
67
58
0
0
41
0.98
5227903--5227937
17
2.0
17
88
5
52
62
0
5
31
1.18
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5234804--5234894
46
2.0
46
97
0
173
45
18
5
30
1.72
5235838--5235868
1
31.0
1
93
0
53
0
3
0
96
0.21
5236748--5236869
45
2.7
43
74
12
113
22
6
1
69
1.20
5237395--5237434
20
2.0
20
90
0
62
55
0
42
2
1.13
5237815--5238499
59
11.7
59
83
7
855
45
6
12
35
1.68
5237815--5238498
118
5.8
116
89
4
941
45
6
12
35
1.68
5238236--5238338
30
3.5
30
66
19
81
42
7
14
34
1.75
5242455--5242497
13
3.2
13
83
3
50
76
0
18
4
0.95
5244188--5244377
83
2.3
83
89
0
301
26
13
20
39
1.89
5244195--5244695
42
12.0
41
80
7
343
25
15
20
38
1.92
5244405--5244683
83
3.3
83
80
10
296
25
16
19
38
1.92
5244375--5244694
125
2.5
127
84
8
368
25
16
20
37
1.93
5244708--5244749
21
2.0
21
90
4
66
80
4
0
14
0.86
5244724--5244757
14
2.4
14
95
0
59
85
5
0
8
0.75
5244971--5245086
22
5.3
22
70
19
64
23
5
1
69
1.17
5244959--5245113
43
3.6
43
71
9
118
22
4
3
69
1.21
5245423--5245459
19
1.9
19
88
0
56
21
2
29
45
1.65
5245618--5245661
16
2.8
16
80
16
56
45
0
54
0
0.99
5245934--5245971
19
2.0
19
85
10
51
31
0
5
63
1.17
5245987--5246051
5
12.8
5
80
15
71
16
4
0
78
0.91
5246111--5246200
29
3.1
29
66
28
73
46
4
8
40
1.55
5246064--5246629
58
9.7
59
79
9
547
44
5
12
37
1.65
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5246064--5246629
117
4.9
117
82
8
604
44
5
12
37
1.65
5246087--5246629
116
4.7
114
84
6
612
44
5
13
37
1.67
5257329--5257378
25
2.0
25
96
0
91
20
6
34
40
1.77
5270244--5270393
80
1.9
80
90
0
237
28
23
12
36
1.90
5274457--5274501
4
11.2
4
95
0
72
51
20
0
28
1.48
5274456--5274507
12
4.3
12
87
0
68
50
19
0
30
1.48
5283232--5283273
20
2.0
21
86
4
59
33
4
0
61
1.17
5285679--5285747
19
3.7
18
79
14
68
33
2
1
62
1.19
5286175--5286221
18
2.7
18
83
3
60
31
2
4
61
1.27
5286845--5286921
20
3.8
20
75
11
66
37
1
5
55
1.30
5287309--5287372
16
3.5
19
72
22
57
28
7
1
62
1.32
5290940--5290985
23
2.0
22
84
12
58
30
0
4
65
1.12
5294982--5295044
33
1.9
33
84
12
85
52
3
1
42
1.27
5295215--5295245
11
2.7
12
90
10
55
45
0
0
54
0.99
5295430--5295486
22
2.6
22
80
0
69
47
0
0
52
1.00
5296474--5296537
22
2.8
22
85
4
74
15
6
1
76
1.06
5298024--5298063
20
2.0
20
85
9
55
45
10
7
37
1.66
5298024--5298088
17
3.6
17
74
17
60
47
10
6
35
1.63
5298025--5298114
37
2.4
37
77
17
98
50
11
4
34
1.58
5298352--5298441
20
4.5
18
71
19
63
50
14
3
32
1.59
5298316--5298468
41
3.7
41
80
2
164
51
11
3
32
1.57
5298496--5298613
29
4.2
29
74
18
124
55
8
5
30
1.51
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5298502--5298625
54
2.3
52
85
11
171
54
9
5
29
1.56
5298494--5298640
83
1.8
76
87
12
215
54
10
5
29
1.56
5298589--5298659
20
3.1
24
74
17
78
54
11
2
30
1.50
5298648--5298698
13
3.6
14
79
12
52
49
7
3
39
1.51
5299323--5299352
12
2.5
12
94
0
51
70
13
0
16
1.18
5299629--5300040
85
4.9
83
80
9
462
38
19
12
29
1.89
5299629--5300041
42
9.9
42
78
9
416
38
19
12
29
1.89
5307526--5307568
19
2.2
20
83
4
52
11
32
0
55
1.36
5308765--5308860
36
2.6
36
82
11
99
35
20
13
30
1.91
5308767--5308881
37
3.1
37
82
9
130
33
19
14
33
1.92
5308797--5308881
36
2.3
37
86
9
113
32
18
14
34
1.91
5308866--5309072
97
2.2
94
81
6
238
33
13
11
42
1.80
5309025--5309114
36
2.4
37
87
7
121
36
18
11
33
1.87
5309151--5309271
37
3.3
36
80
4
134
34
15
14
34
1.89
5309013--5309404
163
2.4
161
81
7
450
36
15
13
34
1.86
5309213--5309461
127
2.0
127
90
0
390
35
13
13
37
1.83
5309285--5309398
37
3.1
37
80
9
142
33
14
14
36
1.88
5309374--5309533
73
2.2
73
87
3
232
35
11
12
40
1.79
5309458--5309651
89
2.2
90
85
2
257
33
13
14
38
1.86
5309564--5309753
102
1.9
102
84
4
258
30
13
13
42
1.83
5309676--5309825
37
4.1
37
85
1
185
31
17
17
34
1.93
5309859--5309972
37
3.1
36
81
5
120
34
19
14
31
1.92
Indices
Period
Size
Copy
Number
Consensus
Size
Percent
Matches
Percent
Indels
Score
A
C
G
T
Entropy
(0-2)
5309837--5310204
133
2.8
133
82
3
451
33
14
13
38
1.85
5309992--5310105
37
3.1
36
79
5
129
34
15
14
35
1.88
5310131--5310328
37
5.1
37
75
9
171
34
15
13
35
1.87
5310442--5310487
18
2.6
18
85
0
56
41
13
21
23
1.88
5310659--5310741
41
2.0
41
90
0
130
32
8
20
38
1.83
5310714--5310776
32
2.0
32
87
0
90
33
11
14
41
1.81
5311017--5311111
35
2.6
36
72
6
86
47
15
21
15
1.82
5311073--5311142
36
2.0
35
83
8
88
52
18
15
12
1.74
5311392--5311562
32
5.2
32
73
7
128
31
11
19
37
1.87
5311410--5311565
34
4.7
33
74
10
138
30
11
20
37
1.88

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402