genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.376.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  376  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34239999--34240051	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
34240783--34241147	159	2.3	159	76	9	359	23	31	26	18	1.97
34241121--34241199	26	3.0	26	83	0	104	27	17	24	30	1.97
34243408--34243463	26	2.2	26	90	0	85	26	17	25	30	1.97
34244286--34244338	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34243101--34244928	878	2.1	870	81	5	2144	23	28	26	21	1.99
34245679--34246181	158	3.2	158	72	5	431	23	30	26	20	1.98
34247184--34247234	26	2.0	26	92	0	84	29	19	27	23	1.98
34248586--34248936	159	2.2	159	79	1	398	24	30	25	19	1.98
34248947--34249387	184	2.4	182	79	6	478	23	28	26	21	1.99
34249375--34249400	13	2.0	13	100	0	52	23	30	46	0	1.53
34248908--34249925	552	1.8	552	83	2	1366	23	29	26	19	1.98
34249837--34249887	26	2.0	26	96	0	93	27	15	29	27	1.96
34251061--34251113	26	2.0	26	89	7	81	32	16	20	30	1.95
34252295--34252347	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34252578--34252630	26	2.0	26	88	0	79	33	18	20	26	1.96
34253797--34253852	26	2.2	26	87	6	78	32	17	19	30	1.95
34254529--34254581	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34254554--34255014	158	2.9	159	75	3	446	22	29	27	19	1.98
34255030--34255081	26	2.0	26	81	7	61	25	15	28	30	1.96
34255771--34256133	158	2.3	159	77	7	373	25	30	25	18	1.98
34256246--34256298	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34263731--34263783	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
34264449--34264498	26	1.9	26	92	8	84	30	20	22	28	1.98
34264472--34264976	158	3.2	158	76	8	398	22	29	27	20	1.98
34264791--34265455	368	1.8	355	79	7	748	24	28	26	20	1.99
34265343--34265742	159	2.5	158	79	4	403	24	31	26	17	1.97
34265819--34265871	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34266542--34266594	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
34266872--34266924	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34273163--34273241	26	3.0	26	94	3	133	29	21	22	26	1.99
34273005--34273392	211	1.8	211	82	4	505	23	28	27	19	1.99
34273354--34273651	159	1.9	157	80	5	350	22	29	28	20	1.98
34273690--34273742	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
34274734--34274786	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
34275110--34275161	26	2.0	26	92	7	88	28	15	21	34	1.94
34275115--34276084	501	1.9	499	79	4	1065	24	29	26	19	1.99
34276112--34276164	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34276207--34276233	13	2.1	13	100	0	54	14	33	44	7	1.73
34277012--34277064	26	2.0	26	85	7	72	30	18	20	30	1.97
34277378--34277430	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34276704--34277489	354	2.2	344	80	8	857	23	29	26	19	1.99
34277878--34277956	26	3.0	26	88	3	124	29	18	24	27	1.98
34278550--34278599	25	2.0	26	88	11	77	32	18	18	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34278863--34279213	184	1.9	183	81	4	429	22	29	25	22	1.99
34278864--34279574	342	2.1	342	88	2	1052	22	28	26	22	1.99
34279048--34279390	158	2.2	158	82	1	418	22	28	27	21	1.99
34279364--34279416	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34279206--34279631	184	2.3	184	84	0	521	23	27	27	21	1.99
34279548--34279600	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
34279916--34279968	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
34281140--34281195	26	2.2	26	87	6	78	30	17	21	30	1.96
34280415--34282674	723	3.1	723	94	0	3819	26	22	23	27	1.99
34282585--34282637	26	2.0	26	96	0	97	28	20	22	28	1.99
34283087--34283138	26	2.0	26	92	3	88	25	17	26	30	1.97
34283453--34283505	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
34283524--34284259	158	4.7	157	73	9	589	22	29	26	20	1.99
34283519--34283969	159	2.8	158	80	5	559	23	29	25	20	1.99
34284240--34284292	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34284962--34285014	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
34285487--34285856	171	2.2	171	80	4	433	22	28	26	22	1.99
34285830--34285882	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34285300--34286225	368	2.6	355	77	9	819	23	28	26	20	1.99
34285855--34286153	159	1.9	158	86	0	427	24	31	27	17	1.97
34286173--34286241	26	2.7	26	86	0	102	27	14	28	28	1.95
34287294--34287346	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34286581--34288156	739	2.1	738	91	1	2561	24	25	26	23	2.00
34288425--34288477	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34288450--34288812	158	2.3	159	81	3	419	24	29	25	20	1.99
34288944--34288994	26	2.0	26	96	0	93	25	23	27	23	2.00
34289319--34289372	26	2.1	26	89	6	83	29	20	25	24	1.99
34290079--34290132	26	2.1	26	86	6	74	35	20	18	25	1.95
34290115--34291240	501	2.2	500	81	2	1283	22	28	27	21	1.99
34291446--34291498	26	2.0	26	82	13	65	30	15	24	30	1.95
34291948--34292000	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
34291802--34292159	184	1.9	185	81	1	423	21	27	27	22	1.99
34291426--34293515	502	4.2	501	80	4	2095	23	28	26	21	1.99
34291973--34292474	159	3.2	159	76	7	390	23	29	25	20	1.99
34292944--34292993	25	2.0	25	96	0	91	26	20	26	28	1.99
34293440--34293492	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34294518--34294570	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
34301905--34301957	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
34303393--34303445	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
34303590--34303642	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
34303317--34303674	197	1.8	197	85	2	513	21	25	26	25	2.00
34304635--34304687	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
34304661--34305161	158	3.2	156	75	7	442	20	27	28	23	1.99
34305135--34305187	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34305331--34305383	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
34305028--34305415	196	2.0	196	83	2	492	23	24	27	23	2.00
34305487--34306019	146	3.6	146	75	7	476	18	28	28	24	1.98
34305489--34306080	305	1.9	305	84	1	774	19	29	28	23	1.98
34306127--34306177	26	2.0	26	88	7	77	27	19	21	31	1.97
34306321--34306373	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34306565--34306595	12	2.6	12	100	0	62	25	29	38	6	1.81
34308525--34308577	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34308551--34308945	159	2.5	159	77	5	431	21	25	30	22	1.99
34314701--34314753	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
34314897--34314949	26	2.0	26	89	7	81	26	20	18	33	1.96
34315266--34315318	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
34315766--34315818	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
34315845--34315894	24	2.1	24	88	0	73	30	22	36	12	1.90
34315849--34315900	24	2.2	24	82	0	59	34	23	32	9	1.87
34316425--34316858	158	2.8	154	77	9	418	19	29	29	21	1.98
34316681--34317050	184	2.0	184	85	3	494	20	27	29	22	1.98
34316308--34317394	501	2.2	493	83	2	1334	20	27	29	23	1.99
34318073--34318125	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34318163--34318463	159	1.9	158	79	3	336	19	28	29	21	1.98
34318390--34318758	158	2.3	157	82	3	427	21	26	26	25	2.00
34318732--34318784	26	2.0	26	85	7	72	24	20	22	32	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34318812--34319262	159	2.8	157	81	5	530	17	27	31	23	1.97
34319226--34319278	26	2.0	26	82	7	63	24	20	20	33	1.97
34320099--34320478	159	2.4	159	79	5	410	20	26	29	24	1.99
34320451--34320503	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
34322506--34322558	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
34322691--34322743	26	2.0	26	89	7	81	28	28	16	26	1.97
34322717--34323210	159	3.1	159	75	4	496	20	26	29	23	1.99
34323193--34323245	26	2.0	26	85	0	70	30	22	15	32	1.94
34322170--34323404	687	1.8	685	82	2	1591	20	25	28	24	1.99
34323219--34323711	159	3.1	156	82	3	549	19	25	30	24	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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