genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.126.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  126  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15621131--15621535	171	2.4	170	80	6	435	22	28	27	22	1.99
15624460--15624512	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
15625206--15625258	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
15625232--15625727	159	3.1	158	77	5	509	22	30	28	18	1.97
15626443--15626492	26	2.0	25	96	4	91	30	20	24	26	1.98
15626458--15626887	153	2.8	153	75	8	402	23	30	27	17	1.97
15626936--15626986	26	2.0	26	88	7	77	25	15	29	29	1.96
15627657--15627707	25	2.0	25	88	7	77	27	19	23	29	1.98
15634709--15634761	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15634734--15635236	158	3.2	158	76	6	462	24	28	27	20	1.99
15637758--15637810	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15637936--15638259	159	2.0	158	80	5	359	22	30	26	20	1.98
15638645--15638697	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
15638486--15638855	184	2.0	184	83	2	465	24	29	26	20	1.99
15638829--15639597	350	2.2	340	81	5	857	23	28	27	20	1.99
15640032--15640084	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15641383--15641435	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
15641408--15641837	159	2.7	155	77	7	429	24	30	27	17	1.97
15642957--15643007	26	2.0	26	88	7	77	27	17	25	29	1.98
15642798--15643363	196	3.0	184	76	9	510	22	29	27	21	1.99
15643153--15643205	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15643633--15643685	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15644501--15644553	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15643468--15645498	868	2.3	852	80	6	2232	23	28	27	20	1.99
15645369--15645421	26	2.0	26	85	7	72	26	15	28	30	1.96
15646781--15647283	159	3.2	157	74	5	454	22	29	27	20	1.99
15647257--15647309	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
15647468--15647833	184	2.0	183	85	5	499	24	28	27	20	1.99
15648868--15650007	317	3.6	317	80	4	1186	24	30	26	18	1.98
15648937--15649947	158	6.3	157	73	7	696	23	30	26	18	1.98
15649984--15650033	26	1.9	26	91	0	82	26	18	30	26	1.98
15650839--15650889	26	2.0	26	88	0	75	31	19	23	25	1.98
15651894--15651945	25	2.0	26	89	10	81	26	21	23	28	1.99
15652615--15652667	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15654168--15654218	26	2.0	26	92	7	86	29	15	25	29	1.96
15654194--15654608	159	2.6	158	75	3	404	26	28	26	17	1.98
15654668--15654720	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
15655391--15655443	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
15655416--15655824	158	2.6	158	79	2	444	23	28	29	18	1.98
15655416--15655915	158	3.2	157	75	4	434	22	29	27	20	1.98
15655850--15656237	196	2.0	197	84	5	509	22	28	27	22	1.99
15656113--15656606	158	3.1	155	75	10	482	23	31	26	18	1.98
15657734--15657786	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
15658101--15658153	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15658127--15658681	158	3.5	158	75	4	508	24	29	26	19	1.98
15659496--15659548	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15659521--15659830	159	2.0	158	84	4	410	23	33	26	16	1.96
15659839--15659891	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
15661032--15661427	171	2.3	170	81	4	433	20	32	28	18	1.97
15661401--15661453	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15661742--15661794	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
15662373--15662405	11	3.0	11	95	0	57	15	36	30	18	1.91
15663672--15663724	26	2.0	26	85	0	70	30	18	24	26	1.98
15665298--15665605	159	1.9	159	83	5	399	23	29	27	18	1.98
15665296--15665641	159	2.2	159	80	6	389	23	29	27	19	1.98
15665772--15665824	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15666699--15666751	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
15667197--15667249	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
15673211--15673261	26	2.0	26	92	0	84	27	19	23	29	1.98
15673591--15673643	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
15673589--15674238	354	1.8	351	79	4	754	26	27	24	21	1.99
15674910--15674962	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
15674747--15675049	166	1.8	165	82	3	394	26	27	25	20	1.99
15674935--15675436	159	3.2	157	73	8	426	24	29	26	19	1.98
15675410--15675462	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15676423--15676472	26	1.9	26	91	0	82	26	16	28	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15676597--15677196	158	3.8	158	77	4	582	23	28	26	20	1.99
15676629--15677241	317	1.9	317	81	2	739	23	29	26	21	1.99
15677886--15677936	26	2.0	26	88	7	77	29	17	25	27	1.98
15678020--15678072	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
15678230--15678282	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
15678523--15678577	26	2.1	26	96	0	101	23	20	29	27	1.99
15678414--15678739	137	2.4	137	95	0	580	24	26	27	22	2.00
15678660--15678714	26	2.1	26	96	0	101	23	20	29	27	1.99
15679076--15679641	158	3.6	158	75	7	522	23	29	27	19	1.98
15680265--15680765	158	3.2	156	76	7	479	22	29	27	19	1.98
15680739--15680791	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15680902--15680947	21	2.2	21	92	0	74	13	47	19	19	1.81
15681456--15681508	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
15682333--15682385	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
15683057--15683109	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
15683082--15683520	159	2.8	159	78	4	447	23	29	28	18	1.98
15683913--15683963	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
15684252--15685342	322	3.4	318	81	5	1136	23	30	27	19	1.98
15684252--15685342	158	6.9	157	72	7	732	23	30	27	19	1.98
15685375--15685427	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
15685400--15686203	159	5.2	160	72	10	540	22	29	28	19	1.98
15685471--15686067	302	2.0	301	84	3	781	22	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15686787--15687127	159	2.1	159	85	3	454	19	29	29	21	1.98
15687100--15687152	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15687309--15687361	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15687647--15687698	26	2.0	26	88	0	77	30	17	19	32	1.95
15686891--15688250	547	2.5	546	81	4	1533	21	27	28	23	1.99
15688197--15688249	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15688898--15688950	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
15689402--15689452	26	2.0	26	84	7	68	29	21	19	29	1.98
15690562--15690614	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
15691614--15691664	26	2.0	26	88	7	77	31	27	13	27	1.94
15691956--15692008	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
15692690--15692742	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15693031--15693083	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15693755--15693807	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
15694317--15694395	26	3.0	26	92	0	131	26	27	18	26	1.98
15694662--15694714	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
15694871--15694923	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15695214--15695266	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
15695986--15696283	159	1.9	158	82	2	382	18	27	30	23	1.98
15696735--15696787	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15697099--15697166	26	2.6	26	95	0	118	27	22	14	35	1.93
15697848--15697897	26	1.9	26	91	0	82	28	26	14	32	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15698439--15698489	26	2.0	26	92	7	86	29	23	15	31	1.95
15698935--15698992	26	2.2	26	87	9	82	27	20	20	31	1.98
15700788--15700837	26	1.9	26	88	8	75	22	22	24	32	1.98
15701141--15701209	26	2.7	26	97	0	129	27	23	18	30	1.98
15701358--15701412	26	2.1	27	89	3	85	23	29	18	29	1.98
15701940--15701994	24	2.3	24	100	0	110	38	16	29	16	1.90
15702207--15702258	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
15702478--15703087	159	3.8	158	75	4	512	17	25	30	25	1.97
15703429--15703480	26	2.0	25	85	3	68	25	25	21	28	1.99
15703915--15703967	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402