genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.213.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  213  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21984754--21985729	158	6.2	157	75	7	695	19	26	30	23	1.98
21984839--21985729	474	1.9	474	84	2	1191	19	27	29	23	1.98
21985664--21985841	93	1.9	93	86	2	250	20	26	24	27	1.99
21986138--21986190	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
21986863--21986915	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
21986889--21987390	158	3.2	156	75	6	479	19	26	30	23	1.98
21987364--21987416	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21987983--21988035	26	2.0	26	82	7	63	28	24	16	30	1.97
21988743--21989233	158	3.1	158	75	4	495	20	26	29	24	1.99
21989168--21990131	357	2.7	348	80	5	1017	20	26	28	24	1.99
21989565--21989617	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
21990106--21990158	26	2.0	26	82	7	63	26	20	18	33	1.96
21990486--21990538	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
21990512--21991014	158	3.2	157	78	5	440	18	25	31	24	1.98
21990957--21991291	170	2.0	171	81	5	392	20	28	29	21	1.98
21991684--21991733	26	1.9	26	92	8	84	28	24	16	32	1.96
21992075--21992541	159	3.0	156	76	9	403	17	26	32	23	1.97
21992034--21992541	158	3.2	157	76	9	456	18	26	31	23	1.98
21992514--21992566	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
21992603--21993054	158	2.9	157	79	5	473	19	29	28	23	1.98
21991971--21993053	513	2.1	503	81	4	1253	19	27	29	23	1.98
21993122--21993153	10	3.0	11	90	9	57	18	28	34	18	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21993916--21993968	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21995145--21995196	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
21995211--21995513	159	1.9	158	80	3	349	16	27	31	24	1.96
21996356--21996408	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21996382--21996883	158	3.2	158	75	6	485	17	26	31	24	1.97
21996859--21996909	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
21997622--21998093	158	3.0	156	76	6	477	20	28	29	21	1.98
21998071--21998123	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21998448--21998500	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
21998474--21998978	159	3.2	158	76	7	448	19	26	30	23	1.98
21998950--21999002	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22000689--22000741	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22000779--22001218	159	2.8	158	77	4	348	19	26	30	23	1.98
22001190--22001242	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
22001716--22001785	26	2.7	26	97	0	131	27	24	18	30	1.98
22000655--22001768	526	2.2	501	79	7	1150	21	25	28	23	1.99
22002235--22002260	13	2.0	13	100	0	52	15	53	15	15	1.73
22002297--22002346	26	1.9	26	91	0	82	26	28	20	26	1.99
22002100--22003190	525	2.1	520	85	2	1447	19	27	29	23	1.98
22003873--22003925	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
22003899--22004400	158	3.2	156	74	9	480	20	27	29	23	1.98
22004374--22004426	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22004223--22004632	185	2.2	186	86	3	560	20	25	29	24	1.99
22006028--22006068	16	2.5	17	80	11	50	9	7	0	82	0.83
22006096--22006434	119	2.9	118	88	4	515	45	7	13	33	1.71
22006097--22006434	59	5.7	57	85	8	421	44	7	13	34	1.71
22006112--22006434	178	1.8	177	89	4	515	44	7	14	33	1.73
22010561--22010610	26	1.9	26	95	0	91	26	20	28	26	1.99
22010942--22010994	26	2.0	26	82	7	63	32	24	18	24	1.97
22010968--22011544	159	3.6	156	75	7	450	24	28	27	19	1.98
22011136--22011649	159	3.3	156	76	7	396	24	30	26	18	1.98
22010967--22011649	316	2.2	314	81	4	793	24	29	26	19	1.98
22010967--22011657	158	4.4	155	73	7	478	24	29	27	19	1.98
22012365--22012417	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22013769--22013821	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
22014870--22014922	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22014486--22015129	186	3.4	183	79	6	569	25	28	26	20	1.99
22015054--22015106	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
22015514--22015567	26	2.1	26	89	0	81	25	25	25	22	2.00
22016234--22016311	26	3.0	26	87	9	99	29	20	23	26	1.99
22016761--22016864	26	4.0	26	93	0	181	23	19	25	32	1.97
22017166--22017216	26	2.0	25	88	11	77	29	17	25	27	1.98
22017290--22017996	314	2.2	315	82	3	855	22	30	26	20	1.98
22017364--22017935	159	3.6	157	75	4	497	22	30	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22017998--22018324	170	1.9	170	79	4	365	21	30	28	20	1.98
22018777--22018829	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
22019811--22019863	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
22019606--22019961	184	1.9	185	83	2	466	23	29	27	19	1.98
22021538--22022000	158	2.9	158	77	4	466	24	30	26	18	1.98
22022757--22022809	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22022755--22023111	196	1.8	196	85	2	502	24	28	26	20	1.99
22022978--22023797	159	5.2	157	74	7	620	23	30	27	18	1.98
22022980--22023797	317	2.6	318	81	3	898	23	30	27	18	1.98
22022978--22023724	158	4.7	156	74	7	538	24	30	27	17	1.97
22023771--22023823	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
22024504--22024556	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22025005--22025054	25	2.0	25	88	4	73	28	14	28	30	1.95
22026593--22026645	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
22027933--22027985	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
22033708--22033761	26	2.1	26	92	0	90	25	16	27	29	1.97
22034101--22034600	159	3.2	157	78	8	378	23	30	26	20	1.99
22035212--22035248	11	3.4	11	92	0	65	18	29	29	21	1.97
22035318--22035370	26	2.0	26	89	7	81	32	20	22	24	1.98
22035343--22035774	159	2.7	156	76	7	395	23	31	27	17	1.97
22035818--22035896	26	3.0	26	92	0	131	27	20	25	26	1.99
22037303--22037354	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22037327--22037707	158	2.4	158	79	2	415	24	30	26	18	1.98
22037815--22037879	25	2.6	25	97	0	121	27	21	23	27	1.99
22039017--22039069	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
22039228--22039278	26	2.0	26	88	7	77	29	13	23	33	1.93
22039410--22039462	26	2.0	26	89	7	81	24	18	28	28	1.98
22040622--22040674	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
22040784--22040830	21	2.2	21	84	0	67	12	36	23	27	1.91
22040600--22040997	217	1.8	217	80	1	483	22	26	26	24	2.00
22040805--22041505	355	2.0	355	85	3	948	22	27	26	22	1.99
22041220--22041721	158	3.2	157	78	3	513	22	29	27	20	1.99
22041696--22041747	26	2.0	26	88	7	79	28	19	25	26	1.98
22042285--22042337	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
22043042--22043330	159	1.8	158	82	6	370	24	30	27	17	1.97
22043360--22043412	26	2.0	26	85	7	72	24	20	28	26	1.99
22043569--22043621	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
22044073--22044125	26	2.0	26	88	0	79	24	15	26	33	1.95
22044403--22044934	158	3.4	158	77	4	520	23	31	25	19	1.98
22044414--22044869	159	2.9	157	80	4	461	24	32	26	17	1.97
22044909--22044958	26	2.0	26	92	4	84	26	20	26	28	1.99
22046035--22046087	26	2.0	26	82	7	63	28	16	24	30	1.97
22046070--22046556	158	3.1	157	74	10	452	22	29	28	19	1.98
22046529--22046586	29	2.0	29	100	0	116	27	24	27	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22046536--22046617	26	3.0	26	87	8	103	26	21	26	24	2.00
22047646--22048009	185	2.0	185	82	3	455	24	28	26	21	1.99
22047827--22048245	159	2.6	157	76	8	400	24	28	28	19	1.98
22048573--22048625	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
22049073--22049125	26	2.0	26	88	0	79	22	20	28	28	1.99
22049270--22049322	26	2.0	26	85	7	72	30	15	22	32	1.94
22049043--22049417	197	1.9	197	84	4	497	23	28	26	21	1.99
22049296--22049798	159	3.2	159	77	7	495	22	28	27	21	1.99
22049772--22049824	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
22052180--22052525	177	2.0	177	98	0	665	26	19	28	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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