genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.359.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  359  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32825661--32825713	26	2.0	26	92	7	90	24	20	26	28	1.99
32830314--32830366	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32830968--32831490	159	3.3	158	76	4	541	19	27	30	23	1.98
32831062--32831502	157	2.8	160	76	4	428	19	28	30	22	1.98
32830277--32831341	501	2.1	500	81	3	1200	21	26	27	24	1.99
32830939--32831658	316	2.3	317	83	1	870	19	27	29	23	1.98
32831631--32831683	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32832369--32832421	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
32833454--32833796	158	2.2	158	81	4	379	22	25	27	23	2.00
32833770--32833822	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
32834322--32834738	158	2.6	158	76	3	365	20	25	28	25	1.99
32834355--32835213	316	2.7	312	78	5	805	20	25	28	24	1.99
32835186--32835238	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
32835553--32835605	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
32836056--32836108	26	2.0	26	81	0	61	22	26	18	32	1.97
32836855--32837316	159	2.9	159	75	4	389	20	27	29	22	1.98
32837145--32837500	184	1.9	185	83	2	466	20	28	29	21	1.98
32836716--32837857	502	2.3	501	80	2	1229	20	27	27	23	1.99
32838226--32838707	158	3.0	157	71	4	412	19	27	29	23	1.98
32839221--32839273	26	2.0	26	92	0	88	30	26	20	22	1.98
32838503--32839431	377	2.5	366	76	7	920	20	25	29	23	1.99
32839774--32839826	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32840137--32840187	26	2.0	26	96	0	93	23	29	19	27	1.98
32840570--32840997	159	2.7	158	76	5	441	20	25	30	23	1.99
32841075--32841127	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
32841797--32841849	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32842678--32842730	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
32843229--32843253	11	2.3	11	100	0	50	68	0	0	32	0.90
32843497--32843550	26	2.1	26	89	6	83	27	24	20	27	1.99
32844531--32844583	26	2.0	26	85	0	70	30	22	16	30	1.96
32844981--32845033	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32848444--32848496	26	2.0	26	88	0	79	33	18	18	28	1.95
32849156--32849208	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
32851279--32851699	159	2.7	158	79	4	465	23	30	28	17	1.97
32851746--32851796	26	2.0	26	92	0	84	25	9	31	33	1.88
32852979--32853031	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
32853461--32853513	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32853840--32853892	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32853865--32854331	158	2.9	158	77	5	494	23	31	26	17	1.97
32854341--32854393	26	2.0	26	92	0	88	24	20	30	24	1.99
32854982--32855034	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
32855452--32855504	26	2.0	26	88	0	79	24	15	26	33	1.95
32855276--32856213	367	2.6	367	80	3	1003	23	28	26	21	1.99
32856024--32856465	158	2.8	156	76	5	413	24	29	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32856185--32856778	301	2.0	302	80	2	683	24	29	26	18	1.98
32856801--32856853	26	2.0	26	85	0	70	28	16	30	24	1.97
32856997--32857376	158	2.4	158	78	5	374	27	28	23	21	1.99
32858269--32858321	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
32858557--32859131	159	3.6	156	76	7	464	22	30	26	20	1.98
32858616--32859045	158	2.7	159	82	2	454	23	28	27	20	1.99
32859235--32859287	26	2.0	26	88	0	79	24	13	30	32	1.93
32859951--32860003	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
32860357--32860740	159	2.4	159	82	2	452	21	28	29	20	1.98
32861027--32861079	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
32862062--32862114	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
32864489--32864541	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
32864514--32864930	159	2.6	155	77	6	428	27	30	25	16	1.97
32864988--32865039	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
32865837--32866336	158	3.2	156	74	10	480	22	29	27	20	1.98
32866310--32866365	26	2.2	26	86	0	76	25	17	25	32	1.97
32866153--32867736	721	2.2	710	81	5	1774	23	29	25	20	1.99
32867426--32867926	158	3.2	155	74	7	447	24	30	25	19	1.98
32867900--32867952	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
32870533--32871420	158	5.6	157	74	7	599	20	26	28	25	1.99
32870564--32871421	316	2.7	315	78	5	795	20	26	28	24	1.99
32871394--32871446	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32871761--32871813	26	2.0	26	96	0	97	28	26	18	26	1.98
32871309--32872130	355	2.3	343	80	8	882	20	28	28	22	1.98
32871787--32872185	159	2.5	157	75	10	360	21	28	29	20	1.98
32872264--32872316	26	2.0	26	81	0	61	22	26	18	32	1.97
32872740--32872795	25	2.2	26	84	9	71	58	7	7	26	1.50
32872739--32872796	26	2.2	27	79	14	68	60	6	6	25	1.48
32873059--32873523	159	2.9	159	75	6	388	20	28	29	22	1.98
32873498--32873550	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
32873339--32873707	184	2.0	185	82	4	442	22	27	28	21	1.99
32874366--32874418	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32875972--32876024	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32876336--32876386	26	2.0	26	96	0	93	23	29	19	27	1.98
32876726--32877291	158	3.6	158	76	3	519	19	27	28	24	1.99
32877274--32877326	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
32877997--32878049	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
32878023--32878523	159	3.2	157	78	5	528	18	27	30	23	1.98
32878497--32878549	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32878878--32878931	27	2.0	27	89	3	83	27	29	18	24	1.98
32879698--32879750	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
32879724--32880086	159	2.3	157	75	7	358	19	26	30	22	1.98
32881371--32881423	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32882067--32882119	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32882870--32883397	158	3.3	158	74	8	374	25	27	25	21	1.99
32884910--32884962	26	2.0	26	89	7	81	26	16	28	28	1.97
32885238--32885267	12	2.5	12	94	0	51	0	26	33	40	1.57
32885634--32885686	26	2.0	26	85	0	70	30	18	22	28	1.98
32886697--32886749	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
32887196--32887246	26	2.0	26	88	7	77	27	19	25	27	1.99
32887782--32888238	159	2.9	156	78	5	445	23	30	27	17	1.97
32889477--32889529	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
32889959--32890011	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
32890839--32890891	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32891480--32891532	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
32891774--32892571	367	2.2	368	82	3	957	24	28	26	20	1.99
32892683--32893277	302	2.0	302	81	3	705	24	29	27	18	1.98
32893496--32893914	159	2.6	159	79	5	427	26	28	25	19	1.99
32894624--32894992	184	2.0	183	82	4	440	22	25	27	24	2.00
32894529--32895736	497	2.4	494	81	5	1412	22	27	28	21	1.99
32896487--32896539	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
32897563--32897615	26	2.0	26	82	7	63	32	20	22	24	1.98
32898591--32898642	25	2.0	26	88	3	79	26	19	25	28	1.98
32898968--32899098	26	5.0	26	92	1	219	30	19	22	26	1.98
32899337--32899389	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
32899362--32899807	159	2.8	156	78	6	421	22	28	28	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32899838--32899968	26	5.0	26	89	0	190	28	18	26	26	1.98
32900417--32900469	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
32901323--32901375	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
32903857--32903909	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
32903885--32904354	159	3.0	159	76	6	382	25	31	25	17	1.97
32904356--32904408	26	2.0	26	92	7	90	22	20	28	28	1.99
32905222--32905291	26	2.7	26	97	0	131	31	20	22	25	1.98
32905264--32905726	158	2.9	157	75	8	465	23	30	27	18	1.98
32906447--32906499	26	2.0	26	85	0	70	26	20	26	26	1.99
32906810--32906862	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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