genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.150.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  150  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17406190--17406242	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
17410250--17410302	26	2.0	26	82	7	63	60	9	5	24	1.49
17411133--17411185	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
17410014--17411211	626	1.9	626	92	0	2002	30	23	19	27	1.98
17411287--17411659	159	2.4	159	79	1	410	19	25	28	25	1.99
17412355--17412407	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17412380--17412873	158	3.1	157	76	6	487	19	27	30	23	1.98
17413983--17414034	26	2.0	25	85	10	70	30	25	17	26	1.97
17414482--17414534	26	2.0	26	85	7	72	26	20	18	33	1.96
17415716--17415768	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17416348--17416400	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
17416190--17416558	183	2.0	184	83	4	469	20	25	29	25	1.99
17416711--17416763	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17417212--17417264	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
17423853--17423905	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17423879--17424382	159	3.2	157	79	5	534	18	28	31	21	1.97
17424355--17424407	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17424787--17425163	159	2.4	159	84	3	472	17	28	32	21	1.96
17425776--17426277	158	3.2	158	84	2	625	17	27	32	23	1.97
17426250--17426302	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17426972--17427024	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17426998--17427499	158	3.2	156	77	7	519	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17427473--17427525	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17427839--17427891	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
17428207--17428259	26	2.0	26	92	7	90	28	28	20	22	1.99
17427445--17428576	368	3.2	353	79	9	1098	20	26	29	23	1.99
17428233--17428734	158	3.2	157	75	6	483	20	27	29	22	1.99
17428798--17429448	343	2.0	321	74	11	490	18	28	29	23	1.98
17428550--17429104	184	3.0	183	82	4	677	20	26	29	24	1.99
17428893--17428945	26	2.0	26	85	7	72	32	28	16	22	1.96
17428188--17429447	686	1.8	687	86	2	1805	20	27	29	23	1.99
17428955--17429423	159	2.9	159	78	7	450	17	28	31	22	1.97
17429395--17429447	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
17430367--17430632	137	1.9	137	83	3	347	18	28	29	24	1.98
17430606--17430658	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17430853--17431290	159	2.8	158	76	4	459	19	26	30	24	1.98
17431264--17431316	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
17431607--17432160	159	3.5	159	78	4	494	18	27	29	23	1.98
17432855--17432907	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
17433309--17433361	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17433690--17433742	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17433842--17434214	153	2.4	154	78	9	355	17	26	30	25	1.97
17434185--17434237	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
17434992--17435430	159	2.8	158	80	4	517	17	29	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17436866--17436918	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17437739--17437791	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
17437885--17438261	158	2.4	157	78	3	396	20	26	27	24	1.99
17438234--17438286	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
17438916--17438994	26	3.0	26	92	0	131	29	27	20	22	1.98
17439284--17439336	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
17441765--17441817	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
17442578--17442630	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
17442604--17443096	158	3.1	157	75	6	476	19	25	30	24	1.98
17443079--17443131	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
17443812--17443864	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
17443846--17444338	158	3.1	159	72	7	412	21	26	27	24	1.99
17444313--17444364	26	2.0	26	85	7	70	32	23	13	30	1.93
17445019--17445071	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17445519--17445571	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17452188--17452478	158	1.8	158	80	4	345	19	27	29	23	1.98
17452511--17452563	26	2.0	26	96	0	97	24	26	20	28	1.99
17453237--17453287	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
17459024--17459074	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
17458859--17459234	184	2.0	187	84	4	490	21	25	28	24	1.99
17461570--17461622	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17462242--17462294	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17462393--17462929	159	3.4	158	77	6	378	20	27	28	23	1.99
17462903--17462955	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17464284--17464336	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
17464451--17464814	158	2.3	159	78	7	380	19	26	29	24	1.98
17464310--17464812	159	3.2	157	76	6	485	19	26	29	24	1.98
17464786--17464838	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17464997--17465047	26	2.0	26	96	0	93	27	29	17	25	1.98
17465019--17465364	158	2.2	158	80	2	392	19	26	30	23	1.98
17465334--17465388	26	2.1	26	90	6	85	30	23	16	29	1.96
17465533--17465585	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
17465230--17465626	196	2.0	196	84	1	519	21	24	28	25	1.99
17464692--17465926	538	2.3	543	82	4	1423	20	26	28	23	1.99
17467298--17467350	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17466943--17467511	197	3.0	184	77	8	584	22	26	26	24	2.00
17468364--17468414	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
17468390--17468791	159	2.5	157	75	6	360	20	26	31	21	1.98
17469224--17469273	26	1.9	26	92	8	84	32	20	22	26	1.98
17469150--17469611	182	2.5	183	82	4	556	19	26	28	24	1.99
17469447--17470280	318	2.6	318	81	4	932	20	27	30	22	1.98
17469528--17470280	159	4.7	158	74	6	525	19	27	30	22	1.98
17470621--17470672	26	2.0	26	88	0	77	25	26	19	28	1.98
17470647--17471148	158	3.2	156	79	5	562	19	28	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17471122--17471174	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
17472280--17472565	158	1.8	157	83	5	380	20	25	29	23	1.99
17472387--17473065	343	2.0	343	79	5	732	20	27	29	23	1.99
17472180--17473252	500	2.1	498	79	5	1087	21	26	28	23	1.99
17473198--17473250	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17474044--17474465	160	2.7	160	84	2	555	17	30	29	22	1.97
17473998--17474465	158	2.9	158	83	3	582	18	29	30	21	1.97
17474438--17474490	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17475172--17475202	14	2.1	15	94	5	55	29	38	12	19	1.89
17475351--17475701	159	2.2	159	84	2	465	19	29	29	21	1.98
17476532--17476584	26	2.0	26	82	7	63	28	20	18	32	1.97
17476830--17477111	156	1.8	155	86	2	413	19	29	28	23	1.98
17477608--17477660	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
17478419--17478471	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17478807--17479300	157	3.1	156	75	9	439	19	26	29	23	1.98
17479458--17479510	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17480617--17480669	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17480643--17481009	159	2.3	157	78	4	373	20	25	30	23	1.98
17481140--17481192	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
17481166--17481667	158	3.2	157	74	8	480	21	27	27	23	1.99
17481641--17481693	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17482022--17482074	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17482168--17482544	159	2.4	159	80	5	433	18	27	30	23	1.98
17482522--17482574	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17483243--17483296	30	1.9	30	82	14	71	20	31	22	25	1.98
17483765--17483817	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17484485--17484537	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
17484649--17485015	159	2.3	160	80	5	431	18	27	29	23	1.98
17484986--17485038	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
17486192--17486244	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17486569--17486621	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17486595--17487088	159	3.1	158	72	8	448	20	26	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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