genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.94.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  94  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13241998--13242432	158	2.7	157	77	3	435	19	27	31	22	1.98
13242535--13242587	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13242720--13242772	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
13242429--13242773	185	1.9	184	85	7	477	20	25	28	25	1.99
13243775--13243827	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
13244473--13245327	159	5.3	159	76	6	659	20	27	29	23	1.98
13245301--13245353	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
13244975--13245670	355	2.0	352	81	8	814	20	26	28	24	1.99
13245801--13245853	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13246464--13246489	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
13247075--13247127	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13247229--13247639	159	2.6	158	77	3	412	21	26	28	23	1.99
13248262--13248314	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
13248104--13248460	184	1.9	184	81	7	431	22	26	28	23	1.99
13248296--13248788	158	3.1	157	74	10	423	20	26	28	24	1.99
13249129--13249181	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
13248224--13250545	867	2.7	865	90	1	3478	20	26	28	23	1.99
13249155--13249655	158	3.2	157	73	8	442	20	27	28	23	1.99
13250493--13250545	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
13251192--13252748	557	2.8	556	92	1	2413	21	26	28	24	1.99
13252361--13252754	159	2.5	156	77	8	393	21	25	30	22	1.99
13253184--13253236	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13253731--13253786	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
13256375--13256427	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13256874--13256926	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13257327--13257795	157	3.0	157	76	4	469	19	27	29	23	1.98
13257929--13257986	26	2.2	27	87	6	91	27	25	20	25	1.99
13259009--13259061	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13259035--13259475	159	2.8	158	73	7	361	20	29	27	22	1.98
13259677--13259729	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13259641--13260246	322	1.9	320	85	4	837	20	27	29	22	1.99
13260452--13260504	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
13261527--13261579	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
13261907--13261960	26	2.1	26	92	0	90	27	25	18	27	1.98
13262262--13262314	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13262605--13262657	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
13264051--13264103	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
13264197--13264249	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
13265654--13265706	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13265680--13266180	158	3.2	157	77	6	449	18	27	30	22	1.98
13266670--13266720	26	2.0	26	88	0	75	27	21	21	29	1.99
13265580--13267752	513	4.3	506	82	4	2275	19	26	29	23	1.99
13267348--13267704	159	2.2	159	81	2	403	19	25	31	23	1.98
13267678--13267730	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13267519--13267888	184	2.0	185	86	1	510	20	25	29	24	1.99
13267460--13268094	342	1.9	343	87	1	934	20	25	28	24	1.99
13268350--13268891	159	3.4	155	76	8	455	18	27	29	23	1.98
13270105--13270155	26	2.0	26	92	7	86	23	29	19	27	1.98
13270961--13271013	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
13271401--13271700	159	1.9	158	79	4	336	19	27	30	23	1.98
13271843--13271895	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
13273144--13273196	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
13274761--13275240	157	3.0	157	77	6	511	18	27	31	23	1.97
13275222--13275283	26	2.4	26	100	0	124	25	24	17	32	1.97
13275266--13275659	171	2.3	170	74	7	377	20	25	30	23	1.99
13275571--13276108	158	3.4	158	77	6	516	18	26	29	24	1.98
13276084--13276134	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
13277983--13278032	26	1.9	26	88	8	75	32	22	22	24	1.98
13279238--13279529	158	1.9	157	85	0	413	22	28	27	20	1.99
13279544--13279595	26	2.0	26	88	0	77	23	19	28	28	1.98
13279743--13279795	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
13279768--13280198	159	2.7	158	76	6	406	23	29	27	19	1.98
13279768--13280362	321	1.9	317	80	3	701	23	29	26	20	1.99
13280396--13280734	184	1.8	184	89	1	536	24	30	25	19	1.98
13280841--13280893	26	2.0	26	92	0	88	22	16	30	30	1.96
13280681--13281236	185	3.0	184	80	4	611	24	27	26	21	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13281025--13281077	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
13280681--13281236	184	3.0	183	80	5	582	24	27	26	21	2.00
13281051--13281550	159	3.2	156	80	5	560	23	30	26	18	1.98
13282247--13282299	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
13285511--13285563	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
13285672--13286038	159	2.3	158	76	4	333	23	31	25	19	1.98
13286012--13286064	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
13286220--13286589	184	2.0	184	82	1	454	24	28	26	21	1.99
13287602--13287680	26	3.0	26	96	0	140	29	21	21	27	1.99
13287972--13288021	26	1.9	26	83	0	64	26	14	32	28	1.94
13288337--13288415	26	3.0	26	89	7	124	31	20	22	25	1.98
13288831--13288881	26	2.0	26	96	0	93	25	17	29	27	1.98
13289326--13289723	156	2.5	155	75	7	379	21	31	27	20	1.98
13289696--13289748	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
13290322--13290346	11	2.3	11	100	0	50	20	28	28	24	1.99
13292754--13292806	26	2.0	26	89	7	81	24	20	26	28	1.99
13292865--13293413	160	3.3	170	75	8	446	22	30	27	19	1.98
13292964--13293470	168	3.1	157	76	8	367	22	29	27	20	1.98
13293449--13293500	26	2.0	26	92	7	88	26	19	23	30	1.98
13294184--13294236	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
13295564--13295616	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
13296286--13296337	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13303574--13303606	11	3.0	11	95	0	57	15	36	30	18	1.91
13303676--13303728	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
13303702--13304483	159	4.9	158	74	9	630	23	30	26	19	1.98
13303701--13304483	317	2.4	318	79	6	783	23	30	26	19	1.98
13303701--13304483	329	2.4	316	80	5	872	23	30	26	19	1.98
13304019--13305000	513	1.9	520	81	4	1187	23	29	26	19	1.98
13304545--13305120	158	3.6	158	78	4	581	24	28	27	18	1.98
13306214--13306266	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
13306555--13306607	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
13306977--13307341	185	2.0	184	81	5	432	23	30	26	18	1.98
13307162--13307589	159	2.7	157	76	7	407	25	29	27	17	1.98
13308730--13308782	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
13308915--13309255	158	2.2	158	78	8	345	23	29	26	20	1.99
13309229--13309281	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
13309600--13309650	26	2.0	26	88	7	77	29	17	27	25	1.98
13309626--13310040	159	2.6	158	76	5	399	24	29	27	19	1.98
13310855--13311353	158	3.2	155	74	7	432	25	29	25	19	1.98
13311330--13311379	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
13311679--13312054	159	2.4	158	82	2	450	23	30	23	22	1.99
13312028--13312080	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
13311711--13312356	343	1.9	343	81	3	789	24	29	24	21	1.99
13312370--13312736	183	2.0	183	81	4	427	25	28	24	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13312558--13312925	159	2.3	158	78	6	379	25	30	25	19	1.98
13313050--13313487	159	2.8	157	76	5	436	23	28	28	19	1.98
13313562--13313998	159	2.8	158	81	3	504	23	29	28	18	1.97
13315638--13317136	722	2.1	720	88	2	2236	26	22	23	26	2.00
13317546--13317598	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
13317925--13317977	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
13317951--13318452	159	3.2	158	74	6	399	23	29	27	19	1.98
13318426--13318478	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
13317950--13319455	685	2.2	684	83	3	1900	22	29	27	20	1.98
13318604--13319137	159	3.4	154	76	8	511	21	29	27	21	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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