genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.340.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  340  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31276150--31276485	159	2.1	157	80	6	383	21	30	28	18	1.97
31276466--31276518	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
31277542--31279349	881	2.1	882	89	0	2760	27	24	23	24	2.00
31279133--31279515	158	2.4	158	77	4	385	24	32	25	18	1.97
31280058--31280082	11	2.3	11	100	0	50	16	40	24	20	1.91
31280476--31280528	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31281356--31281408	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
31286927--31286980	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
31287292--31287342	26	2.0	26	92	7	86	29	15	25	29	1.96
31287318--31287734	159	2.6	158	79	5	430	24	29	28	17	1.98
31288330--31288381	26	2.0	26	88	7	79	34	17	19	28	1.94
31288354--31289015	159	4.2	156	78	6	652	21	30	28	20	1.98
31288354--31288943	317	1.9	318	81	4	726	22	30	28	18	1.97
31289348--31289400	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
31289189--31289550	184	2.0	184	80	1	411	22	27	27	21	1.99
31289373--31289818	159	2.8	157	78	4	430	22	30	28	19	1.98
31289848--31289900	26	2.0	26	85	0	70	24	16	30	28	1.97
31296395--31296450	11	5.0	11	81	12	69	19	33	28	17	1.95
31296395--31296447	23	2.4	22	87	3	79	18	35	28	16	1.93
31296555--31297046	159	3.1	155	77	8	526	23	28	27	20	1.99
31296655--31297044	156	2.5	154	78	7	435	23	28	26	21	1.99
31297019--31297070	26	2.0	26	85	7	70	28	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31297398--31297450	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31297898--31297950	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31298653--31299081	159	2.7	158	78	3	405	21	31	28	17	1.97
31301167--31301218	26	2.0	25	88	3	77	30	21	19	28	1.97
31301509--31301561	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31301704--31301756	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
31301488--31301856	195	1.9	195	84	3	501	23	27	26	22	1.99
31301729--31302142	158	2.6	157	79	3	422	23	30	28	18	1.97
31302206--31302284	26	3.0	26	98	0	149	24	16	29	30	1.96
31310385--31310437	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31311108--31311161	26	2.0	27	86	10	76	27	20	24	27	1.99
31312371--31312423	26	2.0	26	92	0	88	26	18	24	30	1.98
31312397--31312889	158	3.1	158	75	5	397	23	30	26	20	1.98
31312871--31312923	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31313251--31313303	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
31313276--31313722	157	2.8	156	75	9	417	24	30	27	17	1.97
31313276--31313774	157	3.2	152	74	9	405	24	30	27	18	1.98
31313748--31313800	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31317707--31317759	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
31318769--31318821	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
31319629--31319681	26	2.0	26	85	7	72	26	15	24	33	1.95
31320129--31320181	26	2.0	26	89	7	81	30	18	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31321205--31321256	25	2.0	26	88	3	79	25	17	28	28	1.97
31321597--31322008	159	2.6	158	75	6	379	23	28	27	19	1.99
31321597--31322055	158	2.9	155	74	8	415	22	30	27	20	1.98
31322708--31322760	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31322733--31323160	159	2.7	158	77	4	414	24	29	28	17	1.98
31323209--31323313	26	4.0	26	87	7	151	26	19	25	28	1.98
31323211--31323316	52	2.0	52	90	3	169	27	18	25	28	1.98
31323293--31323753	159	2.9	158	79	6	468	21	31	28	18	1.97
31322710--31323817	553	2.0	553	85	2	1483	22	28	27	20	1.99
31323764--31323814	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
31324810--31324862	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
31324283--31324945	367	1.8	355	78	8	737	25	28	26	20	1.99
31324835--31325297	158	2.9	157	76	5	448	22	31	27	17	1.97
31325151--31325703	183	3.0	184	82	5	622	22	28	28	20	1.98
31325518--31326020	158	3.2	157	76	7	460	23	29	26	19	1.98
31325994--31326046	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31326170--31326484	159	2.0	159	88	3	465	20	32	30	17	1.95
31326179--31326548	159	2.3	159	83	4	426	21	31	28	18	1.97
31326522--31326574	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
31325662--31326671	528	1.9	527	82	2	1276	22	29	28	20	1.98
31325348--31326757	527	2.7	518	77	7	1420	22	29	27	20	1.99
31326731--31326783	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31326629--31327081	195	2.3	196	83	4	556	23	28	26	21	1.99
31327237--31327924	356	1.9	354	81	2	808	23	28	26	20	1.99
31327810--31328309	158	3.2	157	75	7	458	24	29	26	19	1.98
31328283--31328335	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
31328647--31328696	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
31329146--31329201	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
31329538--31329941	159	2.6	158	81	2	452	24	27	28	19	1.98
31329855--31330214	184	2.0	184	84	3	474	23	28	28	19	1.98
31329172--31331166	501	3.9	498	80	7	1951	23	28	28	20	1.99
31330039--31330413	158	2.4	158	80	4	434	22	28	29	19	1.98
31330039--31330477	159	2.8	158	77	7	451	21	27	30	20	1.98
31330515--31330566	26	2.0	25	88	3	77	28	21	23	26	1.99
31330685--31331029	158	2.2	158	81	4	433	20	29	29	20	1.98
31330723--31331066	158	2.2	158	78	7	358	22	28	28	20	1.99
31331040--31331092	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31332181--31332233	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31332377--31332878	158	3.2	157	74	5	472	22	29	27	19	1.98
31332852--31332904	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
31331863--31333329	685	2.2	670	81	4	1692	23	28	27	19	1.99
31333035--31333387	158	2.2	158	76	7	367	23	29	27	19	1.98
31333323--31333451	64	2.0	64	93	0	222	14	34	26	24	1.94
31333601--31333651	26	2.0	26	92	0	84	27	15	27	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31334690--31334739	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
31334715--31335149	160	2.7	159	75	7	432	24	30	26	17	1.97
31335194--31335246	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31336110--31336159	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
31336135--31336687	159	3.5	158	75	6	447	24	30	27	18	1.98
31339132--31339184	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
31341185--31341236	26	2.0	26	88	7	79	28	19	25	26	1.98
31341551--31341603	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
31341805--31342118	172	1.8	171	84	2	432	22	31	27	18	1.97
31342263--31342761	159	3.2	155	74	8	468	23	30	27	19	1.98
31342735--31342787	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31343665--31343717	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
31343688--31344139	159	2.8	158	79	6	466	23	30	26	19	1.98
31344403--31344840	159	2.8	159	78	4	465	23	31	26	17	1.97
31345233--31345284	26	2.0	26	92	0	86	28	17	21	32	1.96
31344570--31346185	711	2.3	696	78	7	1563	23	29	26	20	1.99
31345398--31346184	355	2.2	353	82	4	985	23	28	26	21	1.99
31346358--31346765	159	2.6	157	78	5	399	25	28	26	18	1.98
31353578--31353630	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
31354598--31354650	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
31354782--31354834	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
31355660--31355712	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
31356725--31356777	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
31357105--31357157	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
31357130--31357579	159	2.8	159	79	6	473	23	29	28	18	1.98
31357130--31357579	160	2.8	159	78	6	466	23	29	28	18	1.98
31358352--31358767	159	2.6	158	77	7	405	25	29	26	18	1.98
31358827--31358882	26	2.2	26	93	0	94	26	23	26	23	2.00
31359195--31359247	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
31360722--31360774	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
31361430--31361508	26	3.0	26	88	3	97	34	20	21	24	1.97
31362009--31362060	26	2.0	26	88	7	79	28	19	23	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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