genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.95.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  95  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13319111--13319163	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
13319491--13319543	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
13319848--13320201	184	1.9	184	80	2	406	23	28	27	20	1.99
13320175--13321101	159	5.7	167	76	7	565	23	29	26	19	1.98
13320175--13320774	168	3.6	168	80	6	514	24	29	26	20	1.99
13321674--13321726	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
13321869--13321947	26	3.0	26	90	0	122	25	16	29	29	1.97
13322748--13322800	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
13323442--13323493	26	2.0	26	85	7	70	26	17	26	28	1.97
13323919--13324453	158	3.4	157	79	4	540	22	30	26	20	1.99
13324427--13324479	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
13325334--13325386	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
13325529--13325607	26	3.0	26	88	0	113	26	16	26	30	1.97
13325580--13326019	170	2.6	171	80	5	453	25	30	26	17	1.97
13326410--13326462	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
13327100--13327152	26	2.0	26	85	7	72	26	18	26	28	1.98
13327577--13327976	159	2.5	157	78	5	362	22	29	27	21	1.99
13328082--13328134	26	2.0	26	88	0	79	33	18	18	28	1.95
13327940--13328380	184	2.4	182	82	3	508	25	28	25	20	1.99
13328988--13329038	26	2.0	26	88	7	77	33	17	19	29	1.95
13329331--13329383	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
13329540--13329591	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13329564--13329999	153	2.8	153	77	8	407	23	29	27	20	1.99
13330035--13330087	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
13330562--13330614	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
13331112--13331164	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
13331455--13331507	26	2.0	26	85	0	70	26	15	30	28	1.96
13331664--13331716	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
13332163--13332215	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
13332800--13332826	11	2.5	11	100	0	54	18	33	29	18	1.95
13332896--13332948	26	2.0	26	100	0	106	30	16	22	30	1.96
13333539--13333591	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
13333889--13334120	125	1.9	125	81	3	288	33	12	13	40	1.83
13335677--13335907	125	1.9	124	87	2	338	31	13	16	38	1.87
13338043--13338275	126	1.9	125	82	4	299	31	13	15	39	1.87
13333812--13343660	597	16.5	597	95	0	17272	31	11	16	40	1.85
13339834--13340066	126	1.9	124	84	6	317	32	12	15	39	1.85
13341625--13341856	125	1.9	125	83	1	304	31	12	16	39	1.86
13343415--13343646	125	1.9	125	84	1	313	31	13	16	39	1.87
13343779--13344705	158	5.8	158	75	9	691	19	27	30	22	1.98
13343682--13344573	329	2.7	329	80	7	929	19	27	31	22	1.98
13344961--13345013	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13345072--13345490	159	2.6	159	79	3	475	18	28	29	23	1.98
13345462--13345513	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13345671--13345749	26	3.0	26	98	0	149	26	29	20	24	1.99
13346038--13346090	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
13346247--13346299	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13347467--13347830	158	2.3	158	79	5	394	20	26	28	23	1.99
13347391--13347829	159	2.8	158	77	5	422	20	28	28	23	1.99
13347999--13348051	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
13348342--13348394	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13349170--13349592	159	2.7	157	77	6	426	19	26	29	25	1.98
13349721--13349772	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
13349797--13350186	183	2.1	183	89	3	588	19	27	31	21	1.98
13350077--13350129	26	2.0	26	88	0	79	26	22	22	28	1.99
13350065--13350280	118	1.8	118	87	4	319	24	22	31	21	1.98
13350295--13350722	159	2.7	158	76	4	360	17	28	29	24	1.97
13351419--13351493	26	2.9	26	91	0	123	26	29	18	25	1.98
13351505--13351974	159	3.0	159	80	2	471	17	28	31	22	1.97
13351947--13351999	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13352670--13352722	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
13352596--13353261	184	3.5	184	74	9	462	20	27	27	25	1.99
13353313--13353365	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
13353006--13353528	262	2.0	262	84	3	694	20	26	27	24	1.99
13353414--13353831	158	2.6	158	83	2	453	19	29	28	22	1.98
13353972--13354024	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13354182--13354234	26	2.0	26	92	7	90	30	22	18	28	1.98
13354514--13354566	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13355211--13355263	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
13355751--13355801	26	2.0	25	96	3	93	27	21	19	31	1.97
13356481--13356539	26	2.3	26	80	11	70	33	27	13	25	1.93
13356507--13357160	158	4.2	158	75	8	557	19	27	29	22	1.98
13357331--13357726	158	2.5	158	74	7	363	21	27	30	20	1.98
13358505--13358557	26	2.0	26	92	0	88	30	24	15	30	1.95
13359029--13359081	26	2.0	26	85	7	72	32	26	16	24	1.97
13359055--13359439	159	2.4	158	74	7	368	22	25	29	22	1.99
13359531--13359583	26	2.0	26	92	0	88	26	26	18	28	1.98
13359861--13360240	157	2.4	157	83	0	447	18	27	29	23	1.98
13360068--13360437	185	2.0	183	84	3	474	20	25	28	25	1.99
13359309--13360620	683	1.9	688	81	4	1604	20	26	29	23	1.99
13360594--13360646	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
13360627--13361120	158	3.1	157	75	5	494	18	26	31	23	1.97
13361846--13362231	159	2.4	157	75	4	387	20	26	31	20	1.98
13362540--13362605	26	2.5	26	95	0	114	27	25	18	28	1.98
13363290--13363340	26	2.0	26	92	0	84	29	25	17	27	1.98
13363316--13363799	159	3.1	156	73	6	438	20	26	29	23	1.99
13363789--13363840	26	2.0	26	85	7	70	26	23	21	28	1.99
13363998--13364050	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13364150--13364685	159	3.4	159	78	2	556	20	29	29	21	1.98
13365039--13365091	26	2.0	26	88	0	79	24	28	20	26	1.99
13365543--13365592	26	1.9	26	84	8	66	30	20	18	32	1.96
13366037--13366092	26	2.2	26	87	6	78	30	23	19	26	1.98
13365214--13366190	499	2.0	500	82	2	1221	21	25	28	24	1.99
13366594--13366946	158	2.2	159	81	4	426	19	26	29	24	1.98
13367644--13367696	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
13366953--13368421	723	2.0	723	89	0	2251	26	22	22	27	1.99
13368367--13368419	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
13368606--13368659	21	2.5	21	93	3	90	20	24	46	9	1.79
13368659--13369231	158	3.6	158	83	1	623	20	28	28	23	1.99
13369205--13369257	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
13369902--13369954	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
13369928--13370430	159	3.2	158	74	7	383	19	26	30	22	1.98
13370245--13370615	184	2.0	185	83	0	474	21	25	29	23	1.99
13370732--13370784	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
13370758--13371258	158	3.2	158	78	5	546	18	28	31	21	1.97
13372456--13372508	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
13372824--13372890	26	2.6	26	97	0	125	26	25	20	26	1.99
13373008--13373378	158	2.3	159	77	6	358	20	25	29	25	1.99
13374083--13374132	26	1.9	26	95	0	91	26	24	20	30	1.98
13374580--13374632	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13375839--13376341	157	3.2	158	77	6	511	19	27	30	23	1.98
13376313--13376365	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13377108--13377160	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13377195--13377565	159	2.3	159	78	2	370	17	28	32	22	1.96
13377609--13377661	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
13377988--13378037	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
13378014--13378673	158	4.2	159	79	3	589	21	26	28	23	1.99
13378647--13378699	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
13379358--13379410	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
13380061--13380114	26	2.1	26	89	0	81	24	25	20	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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