genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.167.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  167  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18561385--18561778	159	2.6	151	76	5	385	20	26	31	22	1.98
18561851--18561906	26	2.2	26	93	6	96	23	23	25	28	1.99
18561665--18562420	355	2.1	355	91	1	1212	20	27	28	22	1.99
18563501--18563553	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
18563855--18565156	682	1.9	676	79	5	1478	23	28	26	20	1.99
18565040--18565092	26	2.0	26	92	0	88	30	20	20	28	1.98
18564691--18565353	343	1.9	343	80	3	778	24	28	26	21	1.99
18565066--18565567	158	3.2	156	72	7	424	24	28	25	21	1.99
18566815--18566867	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18566840--18567238	158	2.5	158	77	7	425	24	29	27	18	1.98
18567669--18567721	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18567510--18567879	184	2.0	184	82	3	440	22	28	27	21	1.99
18567008--18567974	343	2.8	343	79	5	781	23	29	27	20	1.99
18569020--18569072	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18569581--18569879	159	1.9	157	84	4	395	22	31	28	17	1.96
18569888--18569940	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
18570948--18571000	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18571355--18571896	160	3.4	157	74	6	484	24	29	26	19	1.98
18572538--18572587	26	1.9	26	84	8	66	32	18	20	30	1.96
18573040--18573092	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18573088--18573399	171	1.8	171	82	0	408	22	31	26	20	1.98
18573408--18573460	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18573433--18573835	159	2.5	158	76	4	407	25	30	26	17	1.97
18574494--18574923	159	2.7	158	78	4	454	21	30	28	19	1.97
18575838--18575890	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
18576206--18576258	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18576049--18576416	184	2.0	184	86	1	513	25	29	25	20	1.99
18576231--18576733	158	3.2	158	77	5	476	24	31	25	19	1.98
18576707--18576759	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18578614--18578666	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
18578809--18578861	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
18580190--18580239	26	1.9	26	83	0	64	30	14	26	30	1.94
18580398--18580767	184	2.0	184	85	2	501	23	27	27	21	1.99
18578774--18582018	868	3.7	869	81	3	3263	23	27	26	21	1.99
18580592--18581083	158	3.1	157	71	9	433	24	29	27	19	1.99
18581057--18581109	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
18581940--18581989	26	1.9	26	95	0	91	26	22	30	22	1.99
18582661--18582713	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18582686--18583031	159	2.2	159	80	6	371	23	30	26	19	1.98
18583005--18583057	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
18583096--18583121	13	2.0	13	100	0	52	23	30	46	0	1.53
18584118--18584142	13	1.9	13	100	0	50	16	20	56	8	1.65
18584422--18584470	25	2.0	25	91	0	80	26	18	26	28	1.98
18583873--18584654	392	2.0	393	80	5	868	24	27	26	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18584779--18584838	26	2.4	26	83	10	72	26	18	26	28	1.98
18584627--18584996	184	2.0	184	84	3	485	24	26	26	22	2.00
18584811--18585273	159	2.9	157	78	3	464	22	29	27	20	1.98
18585287--18585339	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
18586021--18586460	159	2.8	158	77	4	438	24	30	26	18	1.98
18586536--18586856	171	1.9	171	80	2	376	23	32	25	18	1.97
18586340--18587483	355	3.2	356	79	5	1063	24	29	26	20	1.99
18587402--18587747	158	2.2	158	76	7	353	23	26	27	21	1.99
18587721--18587780	26	2.3	26	94	0	102	28	18	23	30	1.98
18587721--18587799	26	3.0	26	87	3	97	29	17	24	29	1.97
18588450--18588502	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
18591174--18591577	158	2.5	159	76	5	404	25	30	24	19	1.98
18592704--18592757	26	2.1	26	92	0	90	25	20	27	25	1.99
18593095--18593497	159	2.5	158	77	2	414	26	30	26	17	1.97
18595324--18595376	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18595508--18595560	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
18595719--18596087	184	2.0	185	84	4	478	23	27	27	21	1.99
18595876--18595928	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18595902--18596397	158	3.1	158	78	8	506	22	30	26	19	1.98
18597101--18597171	26	2.7	26	95	0	133	33	19	19	26	1.96
18598301--18598353	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
18598998--18599049	26	2.0	25	88	3	77	26	19	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18599863--18599912	26	1.9	26	91	0	82	32	16	24	28	1.96
18600225--18600275	26	2.0	26	92	7	86	31	21	19	27	1.97
18600725--18600777	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
18598461--18601685	881	3.7	877	78	5	3085	24	27	26	21	1.99
18601132--18601632	158	3.2	158	75	9	408	23	28	27	20	1.99
18601607--18601658	26	2.0	26	88	0	77	26	17	26	28	1.97
18602329--18602381	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18602869--18602921	26	2.0	26	85	7	72	33	18	18	28	1.95
18603053--18603563	159	3.3	157	76	7	500	25	31	25	17	1.97
18603053--18603633	159	3.7	157	75	6	498	25	31	26	17	1.97
18603892--18603944	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
18604078--18604126	25	2.0	25	87	0	71	28	14	24	32	1.94
18604435--18604484	26	2.0	24	85	14	66	34	16	24	26	1.95
18604614--18604917	159	1.9	158	81	2	367	22	31	26	18	1.97
18605641--18605693	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18606864--18606913	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
18605984--18607144	354	3.3	356	78	5	1047	24	27	26	21	1.99
18606899--18607390	158	3.1	157	76	6	501	24	29	27	19	1.98
18607364--18607442	26	3.0	26	85	3	106	29	16	24	30	1.96
18608094--18608146	26	2.0	26	82	7	63	26	15	26	32	1.95
18615374--18615782	158	2.6	160	80	4	450	23	28	28	19	1.98
18615929--18615955	13	2.1	13	100	0	54	22	14	48	14	1.81
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18616219--18616271	26	2.0	26	82	7	63	33	18	20	26	1.96
18622373--18622772	159	2.5	159	80	5	418	25	28	27	18	1.98
18623220--18623272	26	2.0	26	82	7	63	33	18	20	26	1.96
18623721--18623773	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
18624102--18624154	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
18624143--18624463	158	2.0	158	81	2	367	23	29	27	19	1.98
18624809--18624861	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
18624834--18625279	159	2.8	155	74	8	387	23	28	28	19	1.99
18625151--18625520	184	2.0	184	86	4	514	24	28	25	21	1.99
18625345--18625837	158	3.1	155	75	5	486	25	30	26	18	1.98
18624788--18625863	501	2.1	500	83	3	1311	24	28	26	20	1.99
18625343--18625771	159	2.7	157	75	6	416	25	30	27	17	1.97
18625811--18625889	26	3.0	25	90	7	122	25	18	27	27	1.98
18626031--18626397	158	2.3	158	80	4	425	26	30	23	19	1.98
18626031--18626463	159	2.7	157	78	6	444	26	30	24	18	1.98
18628253--18629084	158	5.2	161	73	9	552	23	29	26	20	1.98
18628255--18629077	317	2.6	315	80	5	862	23	30	26	20	1.98
18628907--18629271	189	2.0	185	81	6	425	23	27	25	23	2.00
18630601--18630653	26	2.0	26	88	0	79	26	18	24	30	1.98
18630754--18630796	12	3.6	12	77	0	50	4	32	27	34	1.78
18630743--18630797	24	2.3	24	93	0	92	7	34	25	32	1.83
18631319--18631371	26	2.0	26	85	0	70	22	18	28	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18633462--18633512	26	2.0	26	84	7	68	31	13	27	27	1.94
18633488--18633787	159	1.9	157	81	2	359	24	31	26	17	1.97
18632441--18634110	526	3.2	520	71	13	1536	24	29	26	19	1.99
18635231--18635734	159	3.2	156	73	9	385	23	27	27	21	1.99
18635708--18635760	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
18635987--18636038	26	2.0	25	88	3	77	28	19	23	28	1.98
18638944--18638995	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
18639653--18639704	26	2.0	25	89	10	79	30	21	21	26	1.98
18640886--18640935	26	1.9	26	84	15	68	30	20	26	24	1.98
18640912--18641415	158	3.2	156	74	9	446	24	27	27	20	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402