genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.235.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  235  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23609372--23609424	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
23609398--23609794	159	2.5	155	74	6	359	20	24	30	23	1.98
23609398--23609897	158	3.2	156	73	7	474	20	25	29	24	1.99
23609871--23609923	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23610080--23610129	26	1.9	26	91	0	82	28	30	16	26	1.96
23611684--23612056	159	2.4	158	81	1	435	20	28	30	21	1.98
23612337--23612389	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23612716--23612768	26	2.0	26	88	0	79	33	26	15	24	1.95
23613205--23613257	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
23614482--23614534	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
23614545--23614852	159	1.9	158	84	0	409	16	29	32	21	1.95
23614825--23614876	26	2.0	25	85	3	68	28	21	21	28	1.98
23615549--23615601	26	2.0	26	92	7	90	26	26	18	28	1.98
23616050--23616102	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23616429--23616481	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
23623378--23623714	159	2.1	159	80	4	374	19	27	28	24	1.99
23623630--23623992	197	1.8	197	86	0	519	22	24	27	25	2.00
23624008--23624058	26	2.0	26	92	0	84	31	25	19	23	1.98
23624160--23624533	159	2.4	159	77	4	378	18	28	29	23	1.98
23624508--23624558	26	2.0	26	92	0	84	29	25	15	29	1.96
23625220--23625272	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
23625294--23625748	159	2.9	156	78	5	448	19	28	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23625246--23625747	158	3.2	157	78	4	517	20	27	28	23	1.99
23625722--23625773	26	2.0	26	88	7	79	32	25	13	28	1.93
23625916--23625968	26	2.0	26	85	0	70	30	28	18	22	1.98
23625575--23626127	195	2.9	185	78	9	539	21	28	27	22	1.99
23625565--23626127	184	3.0	183	77	9	594	21	27	27	22	1.99
23625942--23626443	158	3.2	155	74	8	472	19	28	29	21	1.98
23626790--23627184	158	2.5	158	77	7	431	18	28	30	23	1.98
23627157--23627209	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
23628033--23628085	26	2.0	26	89	7	81	32	20	16	30	1.95
23628416--23628468	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
23626806--23628972	885	2.5	871	81	4	2473	20	26	29	22	1.99
23628442--23628944	159	3.2	158	78	9	540	19	26	30	23	1.98
23629673--23630166	159	3.1	158	74	8	459	21	27	27	22	1.99
23632319--23632371	26	2.0	26	82	13	65	28	28	16	26	1.97
23632345--23632847	159	3.2	158	76	5	487	19	28	30	21	1.97
23632818--23632873	26	2.2	26	90	6	87	30	23	17	28	1.97
23633102--23633558	159	2.9	157	74	5	411	19	26	30	22	1.98
23633729--23633781	26	2.0	26	85	0	70	26	24	22	26	2.00
23633438--23634006	184	3.0	196	79	10	535	20	26	28	23	1.99
23633913--23633965	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
23633621--23634124	184	2.7	185	81	2	521	19	27	28	24	1.98
23634413--23634465	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23634578--23634629	26	2.0	25	89	10	79	25	25	21	28	1.99
23634920--23634972	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
23635926--23636470	171	3.2	171	82	3	620	21	26	30	22	1.99
23636459--23636508	26	1.9	26	95	0	91	28	26	20	26	1.99
23637265--23637568	156	1.9	156	83	3	389	16	26	30	25	1.97
23637668--23637720	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23637694--23638196	159	3.2	156	80	5	580	19	28	30	22	1.98
23638172--23638222	26	2.0	26	84	7	68	29	19	19	31	1.97
23638368--23638420	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
23638342--23638750	184	2.2	184	83	3	502	21	28	27	23	1.99
23638702--23638953	133	1.9	133	79	6	287	21	26	32	19	1.97
23639916--23640218	158	1.9	158	81	2	365	17	27	32	22	1.97
23640905--23640957	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
23640199--23642011	895	2.0	905	87	3	2616	25	24	24	25	2.00
23641860--23642328	158	3.0	158	77	5	363	18	26	30	24	1.98
23642303--23642353	26	2.0	26	88	7	77	29	25	17	27	1.98
23642402--23642713	170	1.8	170	84	1	428	18	29	30	21	1.97
23642572--23643012	159	2.8	158	76	7	451	18	28	30	22	1.97
23643106--23643138	11	3.0	11	95	0	57	18	30	36	15	1.91
23643717--23643769	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
23642826--23644777	906	2.1	907	87	2	2799	26	24	24	25	2.00
23644623--23644675	26	2.0	26	96	0	97	30	24	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23650762--23651041	150	1.9	150	81	3	348	18	27	28	24	1.98
23651075--23651394	171	1.9	171	81	2	392	18	26	32	21	1.97
23651383--23651434	26	2.0	26	84	0	68	30	26	15	26	1.96
23651459--23652058	158	3.8	157	79	4	555	17	27	30	24	1.97
23652031--23652083	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
23652753--23652805	26	2.0	26	89	7	81	32	26	15	26	1.95
23652779--23653271	158	3.1	157	79	4	549	19	26	31	22	1.98
23653254--23653306	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
23653730--23654150	159	2.7	158	78	5	420	19	28	28	24	1.99
23653647--23654148	158	3.2	157	76	6	510	20	26	29	22	1.99
23654122--23654174	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
23652713--23655019	868	2.7	865	83	2	2888	20	26	29	23	1.99
23654587--23655051	159	2.9	159	74	6	429	18	27	30	23	1.97
23655176--23655228	26	2.0	26	92	0	88	26	28	22	22	1.99
23654208--23656382	685	3.2	672	76	11	1782	19	28	29	22	1.98
23655202--23655639	159	2.8	156	74	5	369	21	27	28	22	1.99
23655334--23655996	365	1.8	359	83	6	878	20	27	28	23	1.99
23655811--23656382	158	3.6	158	79	9	598	18	28	29	23	1.98
23655812--23656382	316	1.8	315	84	5	796	18	28	29	23	1.98
23656358--23656408	26	2.0	26	92	7	86	27	21	21	29	1.99
23657076--23657128	26	2.0	26	85	0	70	30	26	18	24	1.98
23657135--23657605	158	3.0	158	77	5	527	18	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23657577--23657629	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
23658224--23658677	183	2.5	184	86	1	608	20	27	27	24	1.99
23660203--23660255	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
23660229--23660939	184	4.2	169	71	12	396	20	27	29	22	1.98
23660570--23660622	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
23659922--23660939	355	2.9	342	76	11	865	20	27	29	22	1.99
23660596--23661097	158	3.2	157	78	5	537	18	26	31	23	1.97
23668088--23668395	158	1.9	157	82	3	377	19	28	29	22	1.98
23668368--23668420	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
23669185--23669236	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
23669368--23669420	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
23671182--23671473	59	4.9	59	79	10	326	33	12	7	46	1.69
23671182--23671460	119	2.3	119	87	2	389	34	12	7	45	1.70
23671488--23671560	22	3.3	21	78	16	67	75	4	6	13	1.15
23671591--23671632	13	3.2	13	93	3	66	83	2	0	14	0.75
23671591--23671634	17	2.6	17	89	7	63	84	2	0	13	0.73
23671594--23671633	14	2.9	14	85	7	55	85	2	0	12	0.71
23672436--23672533	22	3.6	27	68	26	71	68	2	6	23	1.23
23672643--23672680	15	2.4	16	95	4	69	84	2	0	13	0.73
23672848--23672894	6	7.8	6	79	6	51	0	2	14	82	0.75
23672828--23672896	9	7.3	9	78	13	59	4	1	10	84	0.83
23672831--23672894	16	3.9	16	73	18	51	4	1	10	82	0.88
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23672904--23673199	41	7.1	41	91	2	380	38	22	15	23	1.92
23672904--23673199	123	2.4	124	88	4	427	38	22	15	23	1.92
23674203--23674307	9	12.0	9	71	18	80	9	12	0	78	0.97
23674204--23674260	8	6.9	8	77	15	62	8	12	0	78	0.95
23674213--23674305	35	2.7	35	83	8	118	8	10	0	80	0.90
23674202--23674304	45	2.4	41	84	11	118	8	11	0	79	0.93
23679181--23679218	15	2.4	16	87	12	53	5	36	5	52	1.47
23683716--23683765	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
23685945--23685997	26	2.0	26	85	7	72	28	22	22	26	1.99
23686288--23686339	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402