genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.100.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  100  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13684033--13684084	26	2.0	25	88	3	77	26	19	21	32	1.97
13684566--13684618	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
13684763--13684815	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
13685184--13685236	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13685527--13685579	26	2.0	26	89	7	81	30	20	16	32	1.95
13691256--13691308	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13691648--13691700	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
13691432--13691846	184	2.3	184	85	2	539	21	25	28	24	1.99
13691674--13692059	159	2.4	157	75	10	397	21	26	29	22	1.99
13693063--13694050	503	1.9	507	80	5	1136	20	26	30	22	1.98
13694277--13695258	503	1.9	507	80	5	1115	20	26	30	23	1.98
13695300--13695352	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13695939--13695976	13	2.9	13	92	0	67	42	15	13	28	1.85
13696460--13696512	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
13696304--13696671	184	2.0	183	82	2	452	20	27	28	24	1.99
13696423--13697065	355	1.8	355	83	2	871	19	25	30	24	1.98
13697304--13697354	26	2.0	26	88	7	77	27	23	17	31	1.97
13699392--13699443	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
13699561--13699920	158	2.3	159	80	5	397	20	26	28	24	1.99
13699734--13700103	185	2.0	184	88	2	555	20	27	28	24	1.99
13699918--13700259	156	2.2	158	89	3	512	19	26	30	23	1.98
13699609--13700454	341	2.4	342	84	5	1040	19	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13700527--13700979	159	2.8	159	75	4	439	18	26	28	25	1.98
13701102--13701153	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
13701075--13702371	712	1.8	697	80	7	1571	21	26	27	24	1.99
13702315--13702367	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
13702156--13702526	186	2.0	185	85	2	494	21	26	28	23	1.99
13702673--13702723	26	2.0	26	88	0	75	33	29	11	25	1.91
13702803--13703201	159	2.5	159	79	6	414	20	28	28	22	1.99
13703170--13703225	26	2.2	26	87	6	78	30	21	17	30	1.96
13704488--13704527	20	2.0	20	100	0	80	45	20	15	20	1.86
13709867--13711347	45	32.9	45	73	2	912	20	28	31	18	1.97
13712078--13712156	26	3.0	26	96	0	140	27	27	18	25	1.98
13712575--13712627	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
13712130--13712786	159	4.2	158	71	8	478	21	26	29	23	1.99
13712809--13712863	24	2.3	24	96	0	101	34	23	32	9	1.86
13722645--13722695	26	2.0	26	92	0	84	27	25	19	27	1.99
13722669--13723169	159	3.2	155	78	6	524	19	27	30	22	1.98
13723143--13723195	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
13723524--13723575	25	2.0	26	88	3	79	26	21	21	30	1.98
13731045--13731138	45	2.1	45	83	0	116	20	27	35	17	1.94
13731152--13733124	45	43.8	45	75	3	1327	20	29	31	18	1.97
13733869--13733921	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
13734359--13734411	26	2.0	26	85	7	72	30	16	20	32	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13734725--13734777	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13742303--13742412	45	2.4	45	86	3	150	14	25	40	19	1.89
13742330--13742426	45	2.2	45	86	0	131	19	30	35	14	1.92
13742460--13744188	45	38.4	45	74	4	1084	20	28	30	19	1.97
13742867--13743217	182	1.9	182	79	4	386	19	29	30	19	1.97
13744949--13745450	158	3.2	158	72	10	459	19	25	30	24	1.98
13745424--13745476	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
13745989--13746041	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
13753582--13755237	45	36.8	45	73	3	943	21	28	30	19	1.97
13755956--13756424	158	3.0	158	79	5	376	18	27	31	23	1.98
13756397--13756449	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
13764401--13765981	45	35.2	45	75	2	1111	20	29	30	18	1.97
13765248--13765824	179	3.2	176	83	2	528	20	31	29	17	1.96
13766798--13767261	159	2.9	160	78	6	521	20	28	29	22	1.98
13767384--13767436	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
13777803--13777850	25	1.9	25	87	8	71	25	27	20	27	1.99
13777957--13778330	159	2.4	157	79	7	405	20	26	28	25	1.99
13786353--13786447	45	2.1	45	80	0	100	20	32	32	14	1.93
13786481--13788133	45	36.8	45	73	4	876	20	30	31	18	1.96
13786479--13788144	135	12.4	136	75	3	1069	20	30	31	18	1.96
13786481--13788144	90	18.5	90	74	2	1061	20	30	31	18	1.96
13789453--13789562	45	2.4	45	83	7	143	16	24	40	19	1.91
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13789453--13789575	45	2.7	45	81	2	140	17	27	37	17	1.92
13789594--13790340	45	16.6	45	75	2	487	20	29	31	18	1.96
13789594--13790392	135	5.9	136	77	3	603	20	29	31	18	1.96
13791125--13791177	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
13791215--13791971	159	4.8	159	73	5	629	18	27	30	23	1.98
13791151--13791971	317	2.6	318	83	2	938	19	26	30	23	1.98
13791944--13791996	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
13792331--13792380	26	1.9	26	91	0	82	32	20	20	28	1.97
13793634--13793740	45	2.4	45	82	6	128	15	26	40	17	1.90
13793794--13795203	45	31.4	45	73	5	862	20	29	31	19	1.97
13795046--13795243	90	2.2	90	80	3	202	20	25	31	21	1.98
13795966--13796466	160	3.2	156	76	8	521	18	26	31	23	1.98
13804005--13804886	45	19.6	45	70	8	296	20	27	31	20	1.98
13803983--13804914	90	10.4	90	73	3	505	21	28	30	20	1.98
13804003--13804877	135	6.5	135	72	4	535	20	27	31	20	1.98
13806584--13806684	45	2.2	45	84	3	132	20	32	31	14	1.93
13806723--13807295	45	12.7	44	73	5	310	20	29	30	19	1.97
13810998--13811085	45	2.0	45	83	0	113	21	30	32	14	1.94
13811105--13812797	45	37.9	44	72	7	707	20	29	31	18	1.97
13812549--13812797	136	1.8	136	83	5	333	20	28	32	18	1.96
13813602--13813871	143	1.9	143	81	1	326	17	27	28	26	1.98
13813969--13814020	26	2.0	26	85	14	72	30	25	15	28	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13820401--13821473	45	23.8	44	74	7	505	19	29	31	19	1.96
13820403--13821473	135	7.9	135	76	4	798	19	29	32	19	1.96
13823908--13823933	9	2.9	9	100	0	52	30	11	34	23	1.90
13830884--13832080	45	26.6	45	75	2	727	21	30	30	18	1.97
13832016--13832151	73	1.9	73	90	0	218	20	28	30	19	1.97
13832079--13832504	45	9.5	45	75	6	272	20	27	32	19	1.97
13831881--13832284	208	1.9	208	82	3	499	21	28	30	19	1.97
13832198--13832504	135	2.3	135	75	6	300	20	26	32	19	1.97
13833556--13833656	45	2.2	45	85	0	130	21	31	32	13	1.93
13833692--13836317	45	58.5	45	73	6	1271	20	28	31	19	1.97
13834572--13835971	404	3.5	403	79	4	1244	21	29	30	19	1.97
13836172--13836245	25	3.2	25	62	25	61	20	27	35	17	1.95
13836185--13836255	23	3.1	23	63	25	60	19	26	33	19	1.96
13836360--13836384	13	1.9	13	100	0	50	24	36	16	24	1.94
13837077--13837129	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
13837103--13837474	159	2.3	159	76	8	360	23	26	26	22	2.00
13842182--13842484	134	2.2	137	79	5	332	20	31	30	17	1.96
13842199--13842540	179	1.9	180	81	3	411	21	30	30	17	1.96
13842182--13843351	314	3.7	314	78	2	853	20	29	31	18	1.97
13842531--13843030	269	1.9	269	82	2	646	19	28	31	19	1.97
13842187--13843362	269	4.4	269	75	3	619	20	29	31	18	1.97
13842926--13843793	179	4.8	180	75	6	555	20	30	30	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
13843724--13843869	46	3.2	45	78	7	116	19	29	30	21	1.97
13842182--13843869	45	37.5	45	72	5	580	20	30	30	18	1.97
13844692--13845185	158	3.1	155	80	6	516	20	26	28	23	1.99
13845159--13845210	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
13845399--13845429	12	2.6	12	100	0	62	22	25	41	9	1.84
13851628--13851942	170	1.8	171	83	4	413	21	27	28	21	1.99
13852000--13852052	27	2.0	27	88	0	79	32	26	16	24	1.97
13852087--13852530	159	2.8	159	78	6	443	18	28	30	23	1.98
13853281--13854209	159	5.8	157	73	9	480	19	26	29	24	1.98
13855265--13855317	26	2.0	26	88	0	79	32	28	16	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402