genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.207.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  207  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21557358--21558859	724	2.1	721	78	5	1523	22	27	27	23	1.99
21561252--21561904	353	1.9	352	79	4	753	21	26	27	24	1.99
21563558--21563610	26	2.0	26	82	13	65	32	24	15	28	1.95
21563938--21563990	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21563964--21564306	158	2.2	158	82	3	404	22	24	27	24	2.00
21564282--21564331	26	2.0	25	84	4	64	30	16	18	36	1.92
21565229--21565281	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
21565925--21565977	26	2.0	26	88	0	79	26	26	22	24	2.00
21566108--21566160	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
21565888--21566318	183	2.3	182	78	10	439	23	25	26	24	2.00
21566272--21566636	159	2.3	159	82	6	427	20	24	30	24	1.98
21566610--21566662	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
21566820--21566872	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
21567726--21567777	25	2.0	26	88	3	79	34	25	15	25	1.95
21567893--21568254	159	2.3	158	76	6	370	20	25	29	24	1.99
21568227--21568279	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
21568435--21568512	26	3.0	26	94	0	129	29	28	16	25	1.97
21568803--21568854	26	2.0	25	92	3	86	25	23	21	30	1.99
21569522--21569574	26	2.0	26	82	7	63	28	22	18	30	1.98
21570021--21570073	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21570541--21570903	157	2.3	157	79	5	383	20	25	28	25	1.99
21571085--21571137	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21571057--21571702	355	1.8	356	84	3	888	20	26	28	24	1.99
21571919--21571968	26	2.0	24	84	7	64	28	28	18	26	1.98
21572403--21572898	159	3.1	157	76	7	459	19	26	30	23	1.98
21572872--21572924	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
21573567--21573619	26	2.0	26	92	0	88	32	28	15	24	1.95
21573909--21573961	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21574969--21575020	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
21575312--21575362	26	2.0	26	92	0	84	27	29	13	29	1.94
21575859--21575909	26	2.0	26	92	0	84	27	27	17	27	1.98
21575956--21576387	159	2.7	157	82	4	492	18	28	30	22	1.98
21576359--21576411	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21576201--21576570	184	2.0	184	85	4	505	20	25	28	24	1.99
21575822--21577438	501	3.2	494	79	8	1623	20	26	28	24	1.99
21576385--21576886	158	3.2	156	78	7	530	19	24	30	25	1.98
21576860--21576935	26	2.9	25	88	3	89	26	25	19	28	1.99
21576710--21577097	210	1.8	210	83	3	521	21	24	27	25	1.99
21578109--21578160	26	2.0	26	88	0	77	26	25	19	28	1.98
21578807--21579192	159	2.4	158	75	3	364	20	26	30	22	1.98
21579972--21580024	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
21580842--21580894	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21580868--21581687	158	5.2	157	72	8	466	20	25	29	24	1.99
21581001--21581687	317	2.2	317	82	2	826	19	26	29	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21581502--21583071	184	8.3	183	76	7	1309	21	27	27	24	1.99
21581844--21581896	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
21582054--21582112	26	2.3	26	82	5	77	32	27	16	23	1.96
21582422--21582474	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
21582804--21582856	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
21582990--21583039	26	1.9	26	92	8	84	24	26	20	30	1.98
21583196--21583248	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
21584177--21584227	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
21584668--21584718	26	2.0	26	96	0	93	23	27	19	29	1.98
21584878--21584927	26	1.9	26	88	8	75	30	24	16	30	1.96
21585186--21585238	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21585905--21585955	26	2.0	26	96	0	93	27	31	15	25	1.96
21586416--21586777	159	2.3	159	77	5	383	19	27	30	22	1.98
21587221--21587272	26	2.0	26	85	7	70	26	23	17	32	1.96
21587601--21587653	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
21588103--21588155	26	2.0	26	88	0	79	32	22	16	28	1.96
21588312--21588364	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
21588655--21588706	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
21589122--21589174	26	2.0	26	85	0	70	32	24	15	28	1.95
21589148--21589545	159	2.5	159	77	8	423	18	25	32	23	1.97
21589623--21589675	26	2.0	26	88	0	79	24	22	22	30	1.99
21589939--21589974	13	2.8	13	95	0	63	2	47	27	22	1.65
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21590126--21590544	158	2.6	159	76	4	423	18	28	29	24	1.98
21590517--21590569	26	2.0	26	82	7	63	28	18	20	32	1.97
21590714--21590767	26	2.0	27	92	3	92	25	27	20	25	1.99
21589990--21591978	699	2.8	699	79	4	2151	21	26	28	24	1.99
21591926--21592004	26	3.0	26	98	0	149	31	22	16	29	1.96
21593147--21593199	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
21593721--21593773	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
21600289--21600341	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21600644--21600696	26	2.0	26	85	0	70	32	28	15	24	1.95
21600987--21601346	183	2.0	184	81	2	420	24	27	25	22	2.00
21601499--21601551	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
21601134--21602210	343	3.1	342	79	6	877	22	26	28	23	1.99
21601476--21602210	343	2.1	343	84	3	953	20	26	28	23	1.99
21601844--21601893	26	1.9	26	84	8	66	26	24	20	30	1.98
21602512--21602564	26	2.0	26	89	7	81	32	28	15	24	1.95
21603013--21603065	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
21603750--21603802	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
21603776--21604118	158	2.2	158	83	4	415	22	26	26	24	2.00
21603776--21604203	158	2.7	158	78	4	400	21	27	28	23	1.99
21611096--21611148	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21611137--21611884	159	4.7	157	79	5	695	23	31	27	17	1.97
21612291--21612343	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21612317--21612816	159	3.2	155	77	8	503	22	29	27	20	1.98
21612790--21612842	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21619815--21620232	159	2.6	159	79	4	468	23	27	28	19	1.98
21620286--21620343	26	2.3	25	86	13	84	25	24	24	25	2.00
21620671--21620723	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
21620697--21621189	158	3.1	155	75	8	388	23	29	27	19	1.98
21621876--21621953	26	3.0	26	96	3	140	29	19	24	26	1.98
21621926--21622374	159	2.8	158	80	5	500	22	30	27	19	1.98
21623268--21623320	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
21623641--21624068	159	2.7	156	75	9	411	24	29	27	18	1.98
21621901--21625067	867	3.7	845	76	8	2449	23	28	26	21	1.99
21624484--21624536	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21624658--21625009	159	2.2	157	81	4	409	23	27	27	21	1.99
21624984--21625034	26	2.0	26	88	3	77	27	19	25	27	1.99
21625276--21625328	26	2.0	26	82	7	63	28	16	24	30	1.97
21625612--21625642	12	2.6	12	100	0	62	0	35	29	35	1.58
21625668--21625720	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21626885--21626937	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21626910--21627360	159	2.9	159	75	8	445	22	29	27	19	1.98
21627384--21627436	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21627750--21627802	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21627188--21627897	366	2.0	354	82	6	863	22	30	27	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21627776--21628278	159	3.2	157	75	6	406	23	29	26	20	1.99
21628252--21628304	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21629085--21629137	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21629432--21629484	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21626885--21630020	847	3.7	845	79	6	3134	23	29	27	20	1.99
21629932--21629982	26	2.0	26	92	0	84	25	17	27	29	1.98
21630141--21630193	26	2.0	26	92	0	88	28	18	22	30	1.98
21629343--21630713	709	1.9	709	83	2	1788	22	29	27	20	1.99
21630167--21630669	158	3.2	154	72	8	429	22	29	27	19	1.98
21631023--21631075	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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