genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.69.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  69  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11355306--11355358	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
11355808--11355860	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11356265--11356567	157	1.9	159	82	4	380	19	25	29	25	1.99
11356413--11356814	170	2.4	170	80	3	416	19	26	30	23	1.98
11356896--11357398	159	3.2	155	77	7	485	18	27	31	22	1.97
11357372--11357424	26	2.0	26	89	7	81	32	22	16	28	1.96
11357568--11357620	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11357650--11357938	159	1.8	158	84	2	400	18	29	29	22	1.97
11357912--11357962	26	2.0	25	92	3	84	25	23	19	31	1.98
11358632--11358683	26	2.0	26	88	3	79	28	23	19	28	1.98
11359312--11359367	26	2.2	26	83	6	69	26	19	21	32	1.97
11359480--11360236	158	4.8	157	73	8	523	20	26	29	23	1.99
11359341--11359924	315	1.9	315	81	4	712	21	26	29	22	1.99
11359424--11360200	316	2.5	316	78	4	730	20	26	29	23	1.99
11361699--11361751	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11361798--11362254	158	2.9	159	76	5	417	18	26	31	24	1.98
11362370--11362422	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
11362922--11362974	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11363135--11363185	25	2.0	25	85	7	68	29	23	21	25	1.99
11363320--11363369	26	1.9	26	92	8	84	26	22	20	32	1.98
11363676--11363728	26	2.0	27	85	10	74	30	24	15	30	1.95
11364092--11364419	171	1.9	171	82	6	405	18	27	32	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11364516--11364568	26	2.0	26	82	7	63	22	24	22	30	1.99
11364410--11364765	195	1.8	196	84	3	493	21	26	28	24	1.99
11365054--11365106	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11365811--11366229	159	2.6	157	75	7	373	19	27	30	22	1.98
11366277--11366329	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
11366719--11367180	159	2.9	158	73	8	395	19	28	27	23	1.98
11372653--11372705	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11373152--11373204	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
11373046--11373366	165	1.9	165	89	1	491	20	27	27	24	1.99
11373697--11373763	26	2.6	26	100	0	134	23	23	20	31	1.98
11374220--11374276	26	2.2	26	78	6	62	24	19	19	36	1.94
11374578--11374630	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
11380725--11380777	26	2.0	26	85	7	72	33	24	13	28	1.93
11380921--11380973	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
11381142--11381435	159	1.9	158	83	2	383	16	27	33	22	1.95
11382139--11382982	159	5.2	154	71	14	475	20	27	30	21	1.98
11384157--11384209	26	2.0	26	89	7	81	30	24	16	28	1.97
11384267--11384519	133	1.9	132	82	4	312	17	29	28	24	1.97
11384632--11384684	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
11385862--11385914	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11385485--11386636	515	2.2	512	82	3	1328	20	25	29	24	1.99
11386098--11386392	159	1.9	159	79	2	342	18	26	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11386758--11386808	26	2.0	26	92	7	86	27	25	19	27	1.99
11386782--11387286	159	3.2	158	75	3	458	18	25	30	25	1.98
11387500--11387552	26	2.0	26	82	7	63	30	26	15	28	1.96
11387843--11387895	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11388077--11388374	159	1.9	159	80	1	346	19	27	29	22	1.98
11388357--11388409	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11388763--11389252	159	3.1	156	76	8	485	18	26	31	22	1.97
11389236--11389286	26	2.0	26	88	7	77	27	27	15	29	1.96
11391245--11392558	158	8.1	156	69	12	553	20	26	29	22	1.98
11391245--11391777	159	3.3	158	79	6	552	20	27	30	21	1.98
11392532--11392584	26	2.0	26	85	0	70	32	18	22	26	1.97
11392899--11392951	26	2.0	26	82	7	63	26	28	18	26	1.98
11391336--11393530	839	2.6	839	79	7	2191	20	27	29	22	1.98
11393382--11393431	26	1.9	26	88	8	75	26	24	18	32	1.97
11393776--11393825	26	1.9	26	88	8	75	28	22	20	30	1.98
11394127--11394178	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
11393623--11394508	353	2.5	353	81	3	1048	20	26	29	23	1.99
11394227--11394996	158	4.8	160	77	7	612	19	28	29	22	1.98
11394397--11394996	330	1.8	329	81	3	742	18	28	30	22	1.97
11394396--11394996	159	3.7	159	78	9	545	18	28	30	22	1.97
11394969--11395021	26	2.0	26	82	7	63	22	24	22	30	1.99
11394861--11395219	196	1.8	196	83	2	479	20	27	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11395508--11395560	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11396267--11396760	159	3.1	159	76	8	479	19	26	30	23	1.98
11396731--11396783	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
11397173--11397634	159	2.9	158	73	8	395	20	28	27	23	1.99
11397610--11397660	26	2.0	26	92	7	86	23	25	19	31	1.98
11403113--11403165	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11403612--11403664	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
11403506--11403826	165	1.9	165	87	2	466	20	27	26	24	1.99
11404655--11404718	26	2.5	26	78	9	62	25	17	20	37	1.93
11405011--11405063	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
11405365--11405415	26	2.0	26	92	0	84	29	23	19	27	1.98
11411152--11411204	26	2.0	26	85	7	72	33	24	13	28	1.93
11412594--11413319	159	4.5	156	73	13	545	20	28	30	21	1.98
11413587--11413952	158	2.3	159	76	4	371	20	26	29	23	1.99
11413924--11413976	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
11413766--11414161	184	2.2	184	85	3	521	22	25	27	24	2.00
11414330--11414633	159	1.9	158	84	0	410	17	26	31	24	1.97
11414608--11414660	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
11415338--11415392	26	2.1	26	83	6	67	34	23	14	27	1.94
11415537--11415589	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11416036--11416088	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
11416157--11416182	11	2.4	11	100	0	52	26	30	23	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11416957--11417009	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11417456--11417508	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
11418661--11418713	26	2.0	26	96	0	97	28	22	18	30	1.98
11419030--11419108	26	3.0	26	83	3	97	29	24	16	30	1.96
11419791--11419843	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
11420293--11420371	26	3.0	26	96	3	142	26	22	20	30	1.98
11421017--11421585	158	3.6	157	74	7	474	19	28	28	23	1.98
11421928--11421980	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
11422257--11422309	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
11423142--11423608	158	2.9	158	71	10	414	20	27	28	22	1.99
11423986--11424037	26	2.0	26	84	0	68	32	30	15	21	1.94
11424086--11424541	159	2.9	161	76	5	460	19	27	28	23	1.98
11424670--11424722	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
11424619--11425410	343	2.3	342	86	3	1065	21	27	27	23	1.99
11426027--11426582	159	3.5	158	75	7	367	19	25	29	25	1.99
11426804--11426831	12	2.3	12	100	0	56	28	17	39	14	1.89
11426936--11426988	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11427279--11427329	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
11428185--11428646	159	2.9	160	76	4	423	18	27	30	22	1.97
11428617--11428669	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11429218--11429270	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11429574--11429624	26	2.0	26	88	7	77	35	23	15	25	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11430138--11430190	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
11430640--11430692	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
11430870--11431169	159	1.9	158	81	3	370	19	27	31	22	1.98
11430101--11431396	514	2.5	508	82	4	1445	20	26	29	23	1.99
11431153--11431204	26	2.0	26	88	7	79	28	23	17	30	1.97
11431534--11431612	26	3.0	26	92	0	122	26	29	18	25	1.98
11431586--11432086	158	3.2	157	76	5	481	19	26	29	23	1.98
11432773--11432825	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
11433267--11433319	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
11433646--11433698	26	2.0	26	92	0	88	24	24	22	28	2.00

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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