genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.160.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  160  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18065979--18066332	185	1.9	185	81	3	435	21	27	28	23	1.99
18067024--18067458	159	2.7	159	78	5	459	17	26	31	25	1.97
18067431--18067483	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
18067630--18067679	26	1.9	26	91	0	82	24	26	24	26	2.00
18068336--18068388	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
18068362--18068865	159	3.2	159	76	7	409	21	27	28	22	1.99
18068837--18068889	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
18069217--18069269	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
18069243--18069585	158	2.2	158	83	5	426	19	25	31	24	1.98
18069559--18069611	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18069167--18069930	354	2.2	343	80	5	831	19	26	30	23	1.98
18069663--18070098	158	2.8	158	78	6	384	18	27	29	24	1.98
18070266--18070318	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18070978--18071030	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
18071004--18071835	159	5.2	158	72	8	528	19	26	30	23	1.98
18071004--18071836	318	2.6	320	81	4	942	19	26	30	23	1.98
18072176--18072228	26	2.0	26	89	7	81	32	24	16	26	1.97
18072163--18072888	342	2.1	343	84	2	931	20	26	28	24	1.99
18072520--18072571	26	2.0	26	88	7	79	32	23	17	26	1.96
18072546--18073046	159	3.2	157	76	6	483	19	27	30	22	1.98
18073020--18073072	26	2.0	26	96	0	97	24	26	20	28	1.99
18072478--18073560	514	2.1	501	91	2	1765	20	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18073127--18073589	159	2.9	158	77	6	504	18	28	30	22	1.97
18073716--18073768	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
18074598--18074650	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18074179--18075387	381	3.3	369	78	11	1063	20	26	29	23	1.99
18074966--18075018	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
18075315--18075364	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
18075421--18076489	159	6.6	158	70	11	408	18	27	29	24	1.98
18077185--18077237	26	2.0	26	85	0	70	26	26	20	26	1.99
18077638--18077690	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18078514--18078564	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
18079701--18079753	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
18079727--18080227	159	3.2	157	75	4	506	19	28	29	22	1.98
18080250--18080280	12	2.6	12	89	0	53	32	25	35	6	1.82
18080385--18080437	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18079446--18080913	685	2.1	685	83	1	1834	18	27	29	23	1.98
18080886--18080938	26	2.0	26	88	0	79	30	24	18	26	1.98
18081737--18081789	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
18082297--18082392	34	2.8	34	96	0	174	6	32	33	28	1.82
18082581--18082633	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18084145--18084196	26	2.0	26	85	7	70	30	28	15	25	1.96
18084170--18084670	159	3.2	158	75	4	501	20	28	28	21	1.98
18085025--18085077	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18085526--18085578	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
18092309--18092659	158	2.2	159	80	5	379	19	28	29	22	1.98
18092960--18094462	159	9.5	158	75	6	1085	18	26	30	24	1.98
18092960--18094463	317	4.7	315	82	3	1649	18	26	30	24	1.98
18094436--18094488	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
18095714--18096043	171	1.9	171	81	6	400	21	26	30	22	1.99
18096042--18096399	159	2.3	156	74	7	326	20	26	29	23	1.99
18096181--18096577	157	2.5	159	74	5	390	19	25	30	24	1.98
18096699--18096751	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18097040--18097092	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
18096665--18097403	330	2.2	336	81	7	851	21	26	26	25	2.00
18098170--18098220	26	2.0	26	84	7	68	27	27	15	29	1.96
18098514--18098566	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
18099273--18099582	159	2.0	159	80	1	354	21	26	29	22	1.99
18106975--18107027	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
18107355--18107407	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
18107381--18107815	159	2.8	156	77	7	405	19	28	30	22	1.98
18107856--18107908	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18108827--18109403	171	3.5	169	76	9	535	20	28	30	21	1.98
18109171--18109770	160	3.8	158	75	6	505	18	27	30	23	1.98
18110454--18110507	27	2.0	27	85	3	74	27	27	18	25	1.98
18111169--18111221	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18111195--18111695	159	3.2	158	79	7	579	19	25	30	24	1.98
18111672--18111721	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
18112135--18112189	25	2.2	26	93	3	94	56	20	3	20	1.57
18112788--18113290	159	3.2	158	78	5	527	19	27	30	22	1.98
18113262--18113314	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18113154--18113513	196	1.8	195	85	2	499	21	28	27	23	1.99
18113458--18113510	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18114327--18114379	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
18116813--18116865	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
18117622--18117674	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
18117918--18117943	13	2.0	13	100	0	52	0	46	30	23	1.53
18119122--18119173	26	2.0	26	92	0	86	26	28	17	26	1.97
18119147--18119650	158	3.2	159	74	6	450	19	26	30	23	1.98
18119622--18119674	26	2.0	26	85	7	72	28	16	20	33	1.95
18120000--18120054	25	2.2	26	90	3	85	32	21	18	27	1.96
18127996--18129437	158	9.2	158	71	11	778	18	26	30	24	1.98
18128003--18129438	317	4.6	316	78	7	1304	18	26	30	24	1.98
18127996--18129438	634	2.3	620	80	5	1562	18	26	30	24	1.98
18129411--18129463	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
18131788--18132370	159	3.6	157	72	11	440	20	27	27	24	1.99
18132012--18132064	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
18131636--18132375	331	2.2	337	82	6	887	21	26	27	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18133302--18133354	26	2.0	26	92	0	88	30	22	18	28	1.98
18133511--18133562	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
18133585--18133895	172	1.8	171	82	6	405	19	26	30	23	1.98
18133868--18133920	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
18134718--18134770	26	2.0	26	85	7	72	28	22	16	32	1.96
18141265--18141317	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
18141645--18141697	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
18142146--18142198	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
18142869--18142921	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
18142895--18143387	159	3.1	158	74	6	494	19	26	30	23	1.98
18144363--18144675	171	1.8	171	80	2	378	23	27	26	23	2.00
18144785--18144837	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
18144811--18145312	158	3.2	156	76	6	510	19	27	30	22	1.98
18145286--18145338	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
18145996--18146048	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
18146022--18146386	158	2.3	158	78	5	414	21	28	28	21	1.99
18146707--18146759	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
18146740--18147233	159	3.1	157	78	8	416	19	25	29	24	1.98
18146806--18147233	159	2.7	158	78	7	438	18	26	29	25	1.98
18147673--18147728	26	2.2	26	90	6	87	57	19	3	19	1.56
18148326--18148826	159	3.2	157	78	6	519	20	27	29	22	1.99
18148643--18148994	183	1.9	183	84	1	463	20	26	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18148191--18149554	499	2.7	498	80	6	1349	20	27	29	23	1.99
18149666--18149718	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
18149692--18150184	158	3.1	158	76	4	485	22	27	27	22	1.99
18151036--18151091	26	2.2	26	84	12	71	32	21	12	33	1.91
18151744--18151796	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
18152607--18152662	26	2.2	26	90	6	87	30	25	17	26	1.97
18153112--18153164	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
18153831--18153886	26	2.2	26	90	0	85	28	25	21	25	1.99
18155480--18155532	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
18161483--18161535	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402