genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.384.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  384  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34874298--34874673	158	2.4	158	75	10	379	23	30	25	21	1.99
34874654--34874706	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
34875548--34875600	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
34875928--34875980	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34875345--34876383	380	2.7	379	85	2	1348	22	29	26	21	1.99
34876309--34876361	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34876407--34876705	159	1.9	159	81	5	372	21	26	27	24	1.99
34877458--34877510	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
34879463--34879965	158	3.2	158	76	6	394	21	27	29	22	1.99
34880932--34880982	26	1.9	27	92	4	86	23	29	19	27	1.98
34880959--34881355	158	2.5	158	74	9	371	22	24	29	23	1.99
34882162--34882228	26	2.6	26	85	0	98	29	28	17	23	1.97
34882569--34882621	26	2.0	26	85	7	70	30	26	18	24	1.98
34883079--34883131	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34883862--34883914	26	2.0	26	96	0	97	24	18	28	28	1.98
34885086--34885138	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
34885241--34885272	12	2.7	12	95	0	55	0	31	37	31	1.58
34885454--34885506	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34885797--34885823	11	2.5	11	100	0	54	14	29	18	37	1.91
34885899--34885951	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
34886252--34886305	26	2.1	26	93	6	92	27	20	25	25	1.99
34887161--34887213	26	2.0	26	89	7	81	22	18	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34887417--34887462	21	2.2	21	88	3	67	8	39	19	32	1.82
34887978--34888030	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
34888150--34888478	160	2.1	158	84	2	426	22	34	26	16	1.95
34887670--34888618	514	1.8	513	82	2	1197	25	30	25	18	1.98
34889169--34889247	26	3.0	26	92	7	126	29	20	24	26	1.99
34889697--34889752	26	2.2	26	83	6	69	26	17	23	32	1.97
34890090--34890554	179	2.7	168	80	8	435	23	27	27	21	1.99
34890359--34890402	20	2.1	21	91	4	72	11	45	15	27	1.81
34890749--34890801	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34891426--34891477	26	2.0	25	88	3	77	26	19	25	28	1.98
34891450--34891812	156	2.3	155	79	6	365	24	31	26	17	1.97
34891450--34891950	159	3.2	156	75	8	413	23	31	26	18	1.98
34890958--34892050	498	2.2	493	80	3	1205	24	29	26	18	1.98
34891924--34891976	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
34892641--34892693	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
34892666--34893169	159	3.2	158	76	4	476	23	28	27	19	1.98
34893143--34893195	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
34892984--34893537	184	3.0	184	81	3	625	23	28	27	20	1.99
34894539--34894591	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
34894564--34895009	159	2.8	158	77	4	454	25	31	26	17	1.97
34895040--34895092	26	2.0	26	85	7	72	24	20	26	28	1.99
34895249--34895618	184	2.0	184	85	2	501	25	29	25	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34895434--34896409	158	6.2	155	74	8	571	22	29	27	19	1.98
34895433--34896178	315	2.4	315	83	3	903	22	29	28	19	1.98
34896186--34897048	343	2.5	345	85	3	1103	23	29	27	20	1.99
34896726--34896775	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
34896199--34897048	345	2.5	343	85	3	1098	23	28	27	20	1.99
34897242--34897294	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34897964--34898016	26	2.0	26	85	0	70	28	20	20	30	1.98
34897989--34898356	159	2.3	159	79	6	377	25	30	25	19	1.98
34898480--34898531	26	2.0	26	88	0	77	28	19	26	25	1.98
34899356--34899408	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34899391--34899681	159	1.8	159	79	4	336	24	30	27	18	1.98
34899382--34899883	158	3.2	158	74	8	443	22	29	27	19	1.98
34899857--34899912	26	2.2	26	93	0	94	25	17	26	30	1.97
34900901--34900953	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34902078--34902130	26	2.0	26	85	0	70	28	22	24	24	2.00
34904821--34904874	26	2.1	26	96	0	99	24	27	22	25	2.00
34904847--34905351	158	3.2	157	75	6	507	20	26	29	24	1.99
34906088--34906510	159	2.7	158	73	5	361	21	26	30	21	1.98
34906088--34906571	158	3.1	157	72	7	451	20	26	29	23	1.99
34906397--34906767	185	2.0	184	81	4	426	22	24	27	25	2.00
34908682--34908732	26	2.0	26	92	0	84	29	29	13	27	1.94
34909050--34909102	26	2.0	26	85	0	70	30	28	15	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34908393--34909286	369	2.4	368	80	4	1005	22	26	27	23	1.99
34910274--34910326	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
34910297--34910801	158	3.2	156	75	8	441	21	26	28	23	1.99
34911730--34911782	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
34912227--34912282	26	2.2	26	93	6	96	28	21	19	30	1.98
34912911--34912963	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
34913318--34913819	158	3.2	158	74	5	476	19	26	30	23	1.98
34913793--34913845	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
34913635--34914004	184	2.0	184	84	3	485	20	27	29	23	1.98
34913819--34914320	159	3.2	157	82	3	614	18	26	31	23	1.98
34913263--34914318	501	2.1	499	82	3	1230	19	26	30	23	1.98
34915014--34915515	158	3.2	156	73	8	426	21	26	28	23	1.99
34915489--34915541	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
34915331--34915885	184	3.0	184	80	2	639	21	27	28	22	1.99
34916176--34916228	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
34916894--34916946	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
34916921--34917348	159	2.7	158	75	6	346	20	26	29	23	1.99
34918073--34918125	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34919114--34919169	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
34919143--34919645	159	3.2	157	73	7	451	19	27	30	22	1.98
34919619--34919671	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34920499--34920551	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34921715--34921767	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34922232--34922281	26	1.9	26	95	0	91	24	28	22	26	1.99
34922575--34922627	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
34921964--34922825	346	2.5	346	87	1	1194	19	28	29	22	1.98
34922672--34923578	159	5.7	159	79	3	910	18	28	30	22	1.97
34922674--34923578	317	2.9	314	82	3	1008	18	28	30	22	1.97
34923551--34923603	26	2.0	26	86	13	74	28	26	16	28	1.97
34923393--34923762	184	2.0	184	86	3	521	19	25	29	25	1.98
34923907--34923959	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
34923515--34924204	356	1.9	356	84	2	929	19	26	29	23	1.98
34924014--34924421	159	2.6	157	77	5	349	17	27	31	24	1.97
34924408--34924460	26	2.0	26	89	7	81	26	24	22	26	2.00
34925119--34925171	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
34925462--34926014	183	3.0	183	83	2	725	19	28	29	22	1.98
34925829--34926338	159	3.2	158	77	5	436	18	27	29	24	1.98
34929227--34929283	26	2.2	26	81	6	71	29	21	17	31	1.96
34929324--34929760	159	2.8	159	77	5	402	17	29	30	22	1.97
34929733--34929811	26	3.0	26	90	3	124	25	22	21	30	1.99
34931504--34931556	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
34931617--34932030	159	2.6	158	77	4	341	19	26	28	26	1.98
34931898--34932329	183	2.3	183	82	3	503	20	27	28	23	1.99
34932347--34932709	159	2.3	160	78	5	387	19	25	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34933408--34933463	26	2.2	26	90	0	85	32	26	16	25	1.96
34933593--34933939	157	2.2	158	78	8	357	17	26	31	23	1.97
34933437--34933937	159	3.2	156	73	8	422	19	25	31	23	1.98
34933911--34933963	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
34934588--34934640	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
34934987--34935032	20	2.3	20	88	0	65	26	19	43	10	1.84
34934836--34935187	178	2.0	179	85	0	472	21	27	29	21	1.99
34935631--34935686	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
34935195--34935867	355	1.9	362	82	6	848	19	26	28	24	1.99
34936137--34936215	26	3.0	26	94	3	133	25	24	21	29	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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