genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.137.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  137  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16412620--16412698	26	3.0	26	94	0	140	26	27	20	25	1.99
16412672--16413046	159	2.4	156	76	7	362	20	26	30	22	1.98
16412925--16413182	135	1.9	135	81	4	315	19	24	26	28	1.99
16413274--16413326	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
16413653--16413703	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
16415097--16415464	158	2.3	157	79	6	386	19	26	31	22	1.98
16415595--16415647	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16416306--16416358	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
16417402--16418371	158	6.1	158	77	4	871	18	27	30	22	1.98
16417588--16418373	317	2.5	315	80	3	857	18	27	30	22	1.98
16418345--16418397	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16418558--16418610	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
16418903--16418953	26	2.0	26	88	7	77	29	21	19	29	1.98
16419669--16420107	158	2.8	159	78	5	496	19	26	29	24	1.98
16420079--16420131	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16420899--16420949	26	2.0	26	84	7	68	31	23	17	27	1.97
16420978--16422640	171	9.8	166	72	12	830	19	28	29	22	1.98
16421758--16421808	26	2.0	26	84	7	68	31	23	17	27	1.97
16420781--16423139	857	2.8	859	93	1	3896	19	27	29	22	1.98
16422613--16422665	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
16423113--16423165	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
16424141--16424190	26	1.9	26	87	0	73	60	12	6	22	1.53
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16424466--16424793	159	2.1	158	79	4	356	20	29	30	19	1.97
16424466--16425589	317	3.5	316	76	8	1063	19	26	30	23	1.98
16425060--16425112	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
16425154--16425589	159	2.7	158	80	6	488	17	27	31	23	1.97
16425562--16425614	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
16427309--16427934	339	1.8	339	84	5	842	21	27	28	22	1.99
16427690--16427742	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
16428194--16428244	26	2.0	26	84	7	68	27	19	17	35	1.94
16428389--16428441	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
16428407--16428520	59	1.9	59	89	3	176	28	21	22	26	1.99
16428632--16428681	26	1.9	26	91	0	82	26	30	18	26	1.98
16429129--16429181	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
16429155--16429679	171	3.2	167	74	8	392	20	26	30	23	1.98
16429653--16429705	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
16428483--16429954	522	2.9	516	80	5	1583	20	26	29	22	1.99
16430016--16430068	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
16430517--16430567	26	2.0	26	88	0	75	25	25	19	29	1.99
16431219--16431854	184	3.3	181	73	14	520	22	26	26	24	2.00
16431640--16431695	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
16432929--16433265	158	2.1	158	81	2	390	19	27	30	22	1.98
16433379--16433431	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
16433302--16434168	184	4.7	184	71	10	624	20	25	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16434926--16435241	158	2.0	158	84	2	411	17	28	31	22	1.96
16435475--16435527	26	2.0	26	86	13	74	33	24	15	26	1.95
16435854--16435906	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16435965--16436383	159	2.6	159	79	5	445	18	28	29	24	1.98
16435880--16436381	158	3.2	157	75	7	458	19	26	30	23	1.98
16442410--16442758	158	2.2	159	81	5	391	18	28	30	23	1.97
16442372--16442997	159	3.9	159	77	8	549	18	27	30	23	1.98
16442812--16443157	184	1.9	184	83	2	453	20	26	30	22	1.98
16442876--16443606	392	1.8	385	82	6	871	19	27	29	22	1.98
16442876--16443963	404	2.9	387	76	11	869	20	27	29	22	1.98
16443729--16443781	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16444397--16444449	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16444423--16444929	158	3.2	156	76	8	500	20	26	29	23	1.98
16444903--16444955	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16444636--16445285	355	1.8	355	83	2	876	20	26	28	24	1.99
16445073--16445604	159	3.3	160	75	8	440	20	27	28	24	1.99
16445576--16445628	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
16446567--16446617	26	2.0	26	92	0	84	25	31	17	25	1.97
16446409--16446764	183	1.9	183	83	5	459	19	28	30	21	1.98
16446183--16446934	341	2.2	343	81	6	872	19	28	29	22	1.98
16446593--16447093	158	3.2	157	79	7	489	19	27	29	22	1.98
16447066--16447118	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16447787--16447839	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
16447820--16448196	159	2.4	156	76	9	377	20	27	29	21	1.98
16449944--16450008	27	2.4	27	81	0	76	33	26	29	10	1.90
16449960--16450021	27	2.3	27	97	0	115	35	25	25	12	1.92
16455450--16455918	159	3.0	157	78	5	485	18	28	31	22	1.97
16455416--16455917	158	3.2	156	77	7	510	19	28	30	22	1.98
16456087--16456139	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
16457491--16457543	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
16458213--16458265	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16458239--16458714	261	1.8	260	83	3	625	20	28	29	21	1.98
16458469--16458998	159	3.4	158	79	4	579	18	27	30	23	1.98
16458972--16459024	26	2.0	26	85	7	72	26	22	18	32	1.97
16459697--16459749	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
16459723--16460086	159	2.3	158	74	7	360	20	26	30	22	1.98
16460584--16460636	26	2.0	26	89	7	81	30	26	15	28	1.96
16460610--16461265	158	4.2	158	77	6	621	19	28	30	21	1.98
16461239--16461297	26	2.4	25	88	11	86	27	23	22	27	1.99
16462119--16462171	26	2.0	26	89	7	81	28	28	16	26	1.97
16462626--16462678	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16461580--16462779	507	2.4	505	81	6	1342	19	27	29	23	1.98
16462835--16462887	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16463179--16463231	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16463288--16463320	15	2.2	15	94	0	57	18	42	27	12	1.85
16463888--16463940	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
16464411--16464461	26	2.0	26	85	14	72	31	21	13	33	1.92
16464904--16464956	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
16463860--16465142	514	2.5	511	79	7	1352	20	26	28	24	1.99
16465272--16465324	26	2.0	26	92	0	88	28	28	22	20	1.99
16466136--16466186	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
16466805--16466857	26	2.0	26	85	0	70	30	24	18	26	1.98
16467302--16467354	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16470485--16470880	158	2.5	158	74	9	358	19	27	30	21	1.98
16471154--16471206	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16472147--16472500	171	2.1	171	81	3	408	21	27	28	22	1.99
16472183--16472588	171	2.4	170	80	3	438	21	25	28	24	1.99
16472558--16472613	26	2.2	26	86	0	76	30	25	19	25	1.98
16473232--16473284	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
16473578--16473627	26	1.9	26	88	8	75	30	22	18	30	1.97
16474226--16474668	171	2.6	171	80	3	453	20	27	28	23	1.99
16474637--16474692	26	2.2	26	86	0	76	30	25	19	25	1.98
16475506--16475556	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
16476300--16476701	159	2.5	158	78	5	382	18	27	30	23	1.98
16476675--16476727	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
16476504--16477019	273	1.9	273	84	3	689	23	23	28	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
16477314--16477367	26	2.1	26	85	0	72	27	27	18	25	1.98
16477353--16477843	158	3.1	158	78	6	510	19	28	28	22	1.98
16477745--16478198	183	2.5	184	84	4	551	20	30	26	22	1.98
16477270--16478589	683	1.9	684	82	3	1663	20	27	29	23	1.98
16478743--16478783	12	3.4	12	79	0	55	29	14	36	19	1.92
16481029--16481081	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
16481052--16481396	158	2.2	157	81	1	404	21	26	28	23	1.99
16481212--16481948	184	4.0	183	71	14	530	21	27	27	23	1.99
16481739--16481790	26	2.0	25	89	10	79	26	26	21	25	1.99
16481764--16482264	159	3.2	154	74	7	468	19	26	29	23	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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