genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.151.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  151  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17486964--17487344	196	1.9	197	85	4	529	20	27	28	23	1.99
17487269--17487320	27	2.0	27	96	3	97	26	28	19	25	1.98
17487612--17487664	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
17488063--17488439	158	2.4	160	79	5	406	18	27	29	24	1.98
17488787--17488839	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17490538--17490980	158	2.8	159	82	2	500	17	28	30	22	1.97
17491688--17491718	14	2.1	15	94	5	55	29	38	12	19	1.89
17492218--17492270	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17493284--17493336	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
17493310--17493710	158	2.5	157	78	3	417	21	27	30	20	1.98
17494153--17494206	26	2.0	27	89	3	83	27	29	16	25	1.97
17495456--17495830	157	2.4	157	80	7	395	18	26	29	25	1.98
17495995--17496048	26	2.0	27	89	3	83	29	25	16	27	1.97
17495997--17496055	26	2.3	26	85	5	75	33	23	15	27	1.95
17497184--17497236	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17497706--17497758	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
17498208--17498260	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17498588--17498640	26	2.0	26	85	0	70	30	22	20	26	1.98
17498744--17499109	158	2.3	159	79	3	382	19	24	29	26	1.99
17499087--17499139	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17499874--17500337	158	2.9	159	77	7	442	19	29	29	21	1.98
17500309--17500361	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17501193--17501560	159	2.3	160	78	6	388	20	26	27	24	1.99
17501531--17501583	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17502738--17502790	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
17503117--17503169	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
17503513--17503899	195	2.0	197	85	3	521	21	23	29	24	1.99
17503817--17503867	26	2.0	26	92	0	84	29	27	17	25	1.98
17503881--17504184	158	1.9	158	81	2	369	18	26	31	23	1.97
17504157--17504209	26	2.0	26	88	0	79	22	26	22	28	1.99
17505333--17505385	26	2.0	26	88	0	79	28	28	16	26	1.97
17505359--17506019	159	4.2	158	72	5	490	21	26	28	24	1.99
17505993--17506045	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17506714--17506769	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
17506743--17507246	159	3.2	158	78	5	426	19	26	30	23	1.98
17508556--17508608	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
17509280--17509332	26	2.0	26	89	7	81	30	26	18	24	1.98
17510519--17510569	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
17511998--17512050	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
17512720--17512772	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
17513454--17513506	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
17514322--17514374	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
17513629--17515405	525	3.5	514	74	12	1599	21	24	29	24	1.99
17514448--17514821	159	2.4	159	79	6	382	19	25	29	25	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17515318--17515370	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
17515526--17515578	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
17516633--17517114	159	3.1	157	78	5	515	18	27	31	22	1.97
17517088--17517138	26	2.0	26	84	7	68	25	23	21	29	1.99
17517966--17518015	26	1.9	26	91	0	82	24	22	22	32	1.98
17517972--17518024	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
17519171--17519238	26	2.6	26	97	0	127	27	22	19	30	1.97
17519393--17519445	26	2.0	26	88	0	79	26	22	18	32	1.97
17520530--17520984	159	2.9	159	79	4	474	20	26	29	23	1.99
17523234--17523286	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
17524299--17524351	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
17525134--17525186	26	2.0	26	85	0	70	28	24	20	26	1.99
17525299--17525660	158	2.3	159	82	2	431	19	25	29	24	1.98
17525634--17525686	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17525754--17526172	158	2.6	159	82	2	495	17	28	30	23	1.97
17526865--17526917	26	2.0	26	89	7	81	26	28	18	26	1.98
17526891--17527271	160	2.4	158	79	6	428	20	28	29	21	1.98
17527934--17527989	26	2.2	26	90	6	87	32	26	16	25	1.96
17528352--17528667	171	1.8	171	81	0	389	19	25	30	23	1.98
17527963--17528950	158	6.2	157	73	8	494	20	26	29	23	1.99
17528926--17528976	26	2.0	26	84	7	68	33	21	13	31	1.92
17529704--17530181	158	3.0	157	78	6	523	19	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17530299--17530351	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17530472--17530524	26	2.0	26	92	7	90	26	22	22	28	1.99
17530279--17530865	183	3.3	173	81	7	585	19	27	28	24	1.99
17530399--17530865	183	2.6	183	86	2	650	17	28	29	24	1.98
17530779--17531533	318	2.4	317	84	4	934	19	27	29	23	1.98
17530715--17531532	159	5.2	158	73	9	617	19	27	30	22	1.98
17531874--17531926	26	2.0	26	88	0	79	24	26	20	28	1.99
17531987--17532414	159	2.7	158	79	7	463	18	29	29	22	1.97
17532387--17532439	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
17533110--17533162	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
17533037--17533687	184	3.5	182	75	10	587	20	27	28	23	1.99
17533559--17533947	158	2.5	159	80	4	412	19	25	31	22	1.98
17534083--17534519	159	2.8	159	77	5	411	19	26	29	24	1.98
17533709--17534358	342	1.9	343	80	3	763	20	26	29	22	1.99
17534491--17534543	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
17535375--17535742	159	2.3	157	81	3	432	18	27	29	23	1.98
17535715--17535767	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
17536450--17536481	15	2.1	15	100	0	64	28	37	12	21	1.90
17536630--17536980	159	2.2	159	87	0	515	17	29	31	21	1.96
17536511--17536980	158	3.0	157	82	2	584	17	29	32	20	1.95
17536953--17537005	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17537811--17537863	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17538019--17538070	26	2.0	26	85	10	72	26	26	21	25	1.99
17538168--17538705	159	3.4	157	74	6	474	19	26	29	24	1.99
17538678--17538730	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
17538888--17538940	26	2.0	26	92	0	88	28	28	16	26	1.97
17539699--17539751	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
17540052--17540107	26	2.2	26	87	6	78	28	25	17	28	1.98
17540084--17540580	158	3.2	158	74	6	488	18	26	29	24	1.98
17540155--17540600	157	2.8	158	76	6	463	17	27	30	25	1.97
17540738--17540790	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
17539725--17541151	671	2.1	665	82	5	1689	19	26	29	23	1.98
17541197--17541254	26	2.2	26	90	9	91	27	24	20	27	1.99
17542947--17542999	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17543483--17543852	158	2.3	157	77	6	381	20	25	28	25	1.99
17543825--17543877	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
17545048--17545100	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
17545922--17546303	159	2.4	160	81	3	457	20	28	27	23	1.99
17546274--17546326	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
17547483--17547535	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17547862--17547914	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
17547888--17548381	159	3.1	156	74	8	467	20	28	29	22	1.98
17548361--17548433	26	2.8	26	97	0	137	24	23	21	30	1.99
17550114--17550166	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17550398--17550799	159	2.5	157	82	3	457	19	26	28	25	1.99
17550140--17550799	158	4.2	158	74	6	528	19	26	29	24	1.99
17550773--17550825	26	2.0	26	89	7	81	26	20	20	32	1.98
17551497--17551548	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
17551523--17551966	159	2.8	158	79	8	477	19	28	30	20	1.97
17551523--17552016	158	3.1	156	78	6	510	19	28	30	22	1.98
17552695--17552747	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17551423--17553443	697	2.9	693	83	2	2354	19	27	29	23	1.98
17552890--17552942	26	2.0	26	89	7	81	28	26	16	28	1.97
17552537--17553099	195	3.0	188	80	8	598	20	26	29	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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