genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.124.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  124  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15463596--15463648	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
15464208--15464677	158	3.0	158	78	2	469	19	27	29	23	1.98
15465359--15465412	26	2.0	26	82	10	65	29	24	16	29	1.97
15465861--15465910	26	1.9	26	88	8	75	28	24	16	32	1.96
15465961--15466279	170	1.9	170	86	2	462	17	29	32	20	1.96
15466205--15466569	157	2.3	158	79	3	378	19	26	29	23	1.98
15467248--15467300	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
15474102--15474572	159	3.0	158	82	5	540	18	29	30	20	1.97
15474603--15474926	171	1.9	171	81	2	400	18	27	32	21	1.97
15474912--15474963	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
15474988--15475381	158	2.5	160	81	7	437	15	28	32	22	1.95
15475565--15475618	27	2.0	27	92	3	92	25	25	20	27	1.99
15476297--15476351	27	2.0	27	83	13	69	29	25	18	27	1.98
15476801--15476879	27	3.0	27	92	5	128	25	22	20	31	1.98
15477232--15477733	158	3.2	156	79	3	549	19	27	30	22	1.98
15477707--15477759	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
15478075--15478127	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15478229--15478636	159	2.6	159	78	4	466	19	26	29	23	1.98
15478762--15478813	26	2.0	26	92	0	86	26	28	21	23	1.99
15477796--15479295	691	2.2	672	81	4	1720	21	27	28	22	1.99
15478828--15479296	159	3.0	158	76	5	399	20	27	29	23	1.98
15481220--15481270	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15481414--15481464	25	2.0	25	85	7	68	25	23	21	29	1.99
15481167--15481548	193	2.0	196	82	4	479	19	25	29	25	1.99
15482356--15482408	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
15482856--15482908	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
15483922--15483974	26	2.0	26	92	7	90	28	26	16	28	1.97
15484419--15484469	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
15484626--15484677	26	2.0	26	96	3	97	26	25	21	26	1.99
15485722--15485774	26	2.0	26	85	0	70	32	26	16	24	1.97
15486211--15486263	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
15487486--15487538	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15487564--15487856	159	1.8	158	83	2	390	17	29	31	21	1.96
15487829--15487880	26	2.0	25	85	3	68	26	19	23	30	1.98
15488550--15488602	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
15488576--15489077	158	3.2	157	72	6	465	17	26	31	24	1.97
15489051--15489103	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
15489430--15489482	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15496393--15496755	159	2.3	159	81	1	379	20	27	27	23	1.99
15496570--15497140	185	3.0	185	83	5	648	21	27	28	22	1.99
15498102--15498406	159	1.9	159	87	2	443	18	28	31	22	1.97
15498380--15498432	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
15498221--15498592	185	2.0	185	85	1	494	20	27	28	23	1.99
15498413--15498940	159	3.3	157	76	7	474	21	27	29	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15499053--15499105	26	2.0	26	85	0	70	28	26	20	24	1.99
15499757--15500173	159	2.6	158	76	6	412	19	28	27	23	1.99
15500146--15500198	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15500544--15501040	159	3.1	157	74	6	448	22	25	27	24	2.00
15501023--15501073	26	2.0	26	88	7	77	29	21	15	33	1.94
15501895--15501947	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
15502617--15502668	26	2.0	26	92	0	86	30	19	21	28	1.97
15502643--15503071	159	2.7	157	73	9	404	21	27	28	21	1.99
15503429--15503454	13	2.0	13	100	0	52	7	53	23	15	1.67
15504414--15504465	26	2.0	25	85	10	70	30	21	17	30	1.96
15505234--15505669	159	2.7	159	78	6	384	18	28	31	22	1.97
15505636--15505708	26	2.8	26	95	0	128	28	24	17	28	1.98
15505636--15505717	26	3.2	25	84	10	103	29	23	19	28	1.98
15505853--15505931	26	3.0	26	90	3	124	26	24	18	30	1.98
15505639--15506066	214	2.0	214	94	0	750	23	25	27	24	2.00
15506428--15506761	159	2.1	158	80	6	379	19	26	29	24	1.98
15507091--15507143	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15507446--15507498	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
15507071--15507816	355	2.1	351	81	6	854	21	26	28	24	1.99
15507861--15508218	197	1.8	197	86	2	522	18	25	31	24	1.98
15508330--15508382	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
15508035--15508541	184	2.7	183	80	4	518	20	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15508356--15508752	159	2.5	158	73	8	374	21	25	30	21	1.98
15508832--15508884	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
15508998--15509049	26	2.0	25	85	10	70	25	26	19	28	1.98
15510342--15510755	171	2.4	169	82	7	480	22	25	29	22	1.99
15510324--15510893	170	3.4	168	78	4	572	22	26	28	22	1.99
15510866--15510918	26	2.0	26	85	0	70	32	24	16	26	1.97
15511447--15511474	12	2.3	12	100	0	56	46	21	25	7	1.76
15511677--15511977	154	1.9	155	84	2	399	16	28	30	23	1.96
15512424--15512474	26	2.0	26	88	7	77	29	21	17	31	1.96
15513184--15513236	26	2.0	26	92	7	90	28	28	20	22	1.99
15514328--15514380	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15514361--15514854	158	3.1	158	76	6	385	18	26	30	24	1.98
15514828--15514880	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
15514677--15515071	184	2.1	184	83	4	485	20	24	28	27	1.99
15515012--15515064	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
15525056--15525107	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
15524999--15525647	184	3.5	184	78	7	656	21	26	26	25	1.99
15525130--15525520	197	2.0	196	83	3	500	23	25	27	23	2.00
15525937--15525989	26	2.0	26	92	0	88	28	26	16	28	1.97
15526697--15526749	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
15526723--15527232	159	3.2	157	76	6	501	20	26	29	23	1.99
15527198--15527249	26	2.0	26	88	7	79	30	26	13	28	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15527394--15527446	26	2.0	26	85	0	70	28	26	20	24	1.99
15527090--15527605	197	2.7	192	79	7	507	21	26	28	23	1.99
15527420--15527921	158	3.2	157	75	7	485	19	27	29	22	1.98
15528636--15528688	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
15529514--15529566	26	2.0	26	85	7	72	33	20	15	30	1.93
15529896--15529948	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
15528254--15530454	878	2.5	870	78	6	2375	20	27	28	22	1.99
15530400--15530452	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
15531123--15531174	26	2.0	26	96	0	95	30	25	19	25	1.98
15531154--15531648	159	3.1	156	79	7	498	20	28	28	21	1.98
15531624--15531674	26	2.0	26	92	7	86	31	33	7	27	1.85
15532657--15532951	158	1.9	157	83	0	383	18	27	30	23	1.97
15532924--15532975	26	2.0	25	89	10	79	30	23	17	28	1.97
15533647--15533699	26	2.0	26	82	7	63	30	30	15	24	1.95
15533710--15534835	159	6.9	160	72	10	734	18	27	30	22	1.98
15535164--15535216	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
15535531--15535583	26	2.0	26	85	0	70	30	22	18	28	1.98
15536231--15536283	26	2.0	26	85	0	70	26	24	22	26	2.00
15536415--15536467	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
15536127--15536626	184	2.7	181	80	5	540	20	26	29	24	1.99
15537083--15537134	26	2.0	25	89	10	79	25	26	21	26	1.99
15537425--15537477	26	2.0	26	85	7	72	28	26	16	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
15538420--15538974	170	3.3	168	82	3	623	20	26	30	22	1.98
15538960--15539012	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
15539771--15540078	156	2.0	157	88	1	467	18	27	30	23	1.97
15540210--15540704	159	3.1	159	80	5	498	18	28	30	22	1.98
15540680--15540729	26	1.9	26	84	8	66	34	20	14	32	1.92
15540875--15540927	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
15540627--15541188	184	2.9	193	81	7	567	21	26	27	24	1.99
15541059--15541109	26	2.0	26	88	0	75	27	23	17	31	1.97
15540825--15541269	184	2.4	183	86	2	599	20	28	27	24	1.99
15541532--15541582	26	2.0	26	88	7	77	29	17	17	35	1.93

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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