genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.223.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  223  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22754860--22754912	26	2.0	26	86	13	74	24	16	26	32	1.97
22755468--22755520	26	2.0	26	86	13	74	33	18	20	26	1.96
22755652--22756082	159	2.7	158	80	3	375	23	30	28	18	1.97
22755791--22756082	158	1.8	159	86	3	428	23	31	28	16	1.96
22755810--22756153	159	2.2	157	82	6	401	22	30	27	19	1.98
22756520--22756572	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
22756548--22757046	159	3.2	157	76	7	438	23	29	27	20	1.99
22765876--22766218	159	2.2	156	80	6	368	19	26	29	24	1.98
22766344--22766401	26	2.2	26	90	9	91	27	22	20	29	1.99
22767788--22768458	158	4.2	156	76	7	465	19	26	30	23	1.98
22768432--22768484	26	2.0	26	85	0	70	30	22	16	30	1.96
22768933--22768985	26	2.0	26	86	13	74	30	22	16	30	1.96
22769678--22770266	158	3.7	157	76	6	427	20	26	30	22	1.98
22770867--22770919	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22771614--22772062	159	2.8	158	74	6	431	18	30	30	20	1.97
22772081--22772132	26	2.0	26	88	7	79	26	23	17	32	1.96
22773303--22773355	26	2.0	26	85	7	72	24	22	20	32	1.98
22773748--22774209	158	2.9	157	77	10	458	19	27	30	23	1.98
22774181--22774233	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
22774532--22774587	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
22774561--22775062	158	3.2	158	79	5	575	18	28	30	22	1.97
22775036--22775088	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22775757--22775809	26	2.0	26	92	0	88	28	24	22	24	2.00
22776633--22776686	26	2.2	24	86	6	72	25	24	24	25	2.00
22777128--22777206	26	3.0	26	92	3	124	27	22	17	31	1.97
22777770--22777822	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
22777895--22778299	159	2.6	159	78	6	408	21	28	27	22	1.99
22777995--22778297	158	1.9	159	81	4	371	21	26	29	22	1.99
22778271--22778323	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22778847--22778904	26	2.2	26	79	11	66	29	20	17	32	1.95
22779757--22779807	26	2.0	26	92	7	86	27	17	19	35	1.94
22780122--22780174	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22779915--22780740	368	2.3	357	83	5	982	20	28	29	21	1.98
22780520--22781017	158	3.1	158	78	6	551	18	28	31	22	1.97
22780991--22781043	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
22781713--22781765	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22782208--22782258	25	2.0	25	92	7	86	31	23	15	29	1.95
22782426--22782478	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22782665--22782714	22	2.3	22	93	3	84	24	24	48	4	1.68
22783148--22783206	26	2.3	25	77	8	64	30	27	16	25	1.97
22783373--22783425	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22784093--22784145	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
22784582--22784634	26	2.0	26	85	0	70	26	24	18	30	1.98
22784947--22785002	26	2.2	26	87	12	80	32	25	16	26	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22785452--22785504	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22785661--22785712	26	2.0	25	92	3	86	28	28	17	25	1.97
22785367--22786816	552	2.6	551	83	2	1802	20	26	28	23	1.99
22786557--22786606	26	1.9	26	92	8	84	24	24	20	32	1.98
22786765--22786815	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
22787485--22787537	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22787619--22788013	159	2.5	159	79	3	373	20	27	28	23	1.99
22787987--22788039	26	2.0	26	88	0	79	32	22	16	28	1.96
22788354--22788404	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
22789368--22789420	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22790644--22790696	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22789906--22791003	554	2.0	554	84	2	1465	23	26	25	24	2.00
22790670--22791170	159	3.2	157	75	7	483	20	26	29	24	1.99
22791144--22791196	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
22791523--22791575	26	2.0	26	88	0	79	28	24	20	26	1.99
22791865--22791916	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
22792242--22792294	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22792569--22792621	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
22792688--22792975	159	1.8	159	85	1	407	17	28	29	24	1.97
22792657--22792991	159	2.1	159	82	2	404	18	27	31	22	1.97
22793109--22793161	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
22793455--22793504	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22793079--22793832	353	2.2	343	79	5	784	20	27	29	23	1.99
22794261--22794313	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
22794287--22794684	159	2.5	157	74	6	372	23	26	28	21	1.99
22794762--22794814	26	2.0	26	85	7	72	30	22	16	30	1.96
22795515--22795566	25	2.0	26	88	3	79	25	23	21	30	1.99
22795678--22796042	159	2.3	159	79	6	364	19	26	29	24	1.99
22796016--22796067	26	2.0	25	96	3	95	26	23	21	28	1.99
22796958--22797331	159	2.4	156	78	4	408	20	27	29	22	1.98
22796360--22798205	884	2.1	879	82	4	2173	20	27	28	23	1.99
22799058--22799109	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
22799278--22799584	157	1.9	157	79	5	341	19	24	29	26	1.99
22799084--22799584	159	3.2	156	74	7	438	20	25	27	25	1.99
22799559--22799610	26	2.0	26	84	0	68	32	23	15	28	1.95
22799938--22799990	26	2.0	26	92	7	90	28	26	20	24	1.99
22805016--22805073	26	2.2	26	79	11	73	27	27	18	25	1.98
22805240--22805292	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22805968--22806020	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
22806469--22806521	26	2.0	26	92	0	88	24	26	20	28	1.99
22806836--22806888	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22807338--22807390	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22808086--22808138	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
22807275--22808691	541	2.6	546	81	4	1543	21	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22808640--22808690	26	2.0	26	92	0	84	25	27	19	27	1.99
22809362--22809414	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
22809475--22809885	159	2.6	155	76	7	404	19	28	28	22	1.98
22809857--22809909	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
22809938--22810251	171	1.8	170	82	4	409	20	26	28	24	1.99
22810224--22810274	26	2.0	26	88	0	75	25	27	17	29	1.98
22811098--22811148	26	2.0	26	88	7	77	27	21	17	33	1.96
22812338--22812390	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
22812838--22812890	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
22814193--22814245	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22814281--22814615	159	2.1	159	83	3	415	18	27	30	23	1.98
22814733--22814785	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
22815079--22815128	26	1.9	26	92	8	84	24	24	22	30	1.99
22814711--22815458	355	2.1	343	81	5	813	21	26	28	24	1.99
22815888--22815940	26	2.0	26	88	0	79	28	30	18	22	1.98
22816388--22816440	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
22817111--22817162	25	2.0	26	85	3	70	25	23	21	30	1.99
22817136--22817498	159	2.3	157	75	8	349	20	27	29	22	1.98
22817611--22817662	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
22818144--22818197	26	2.1	26	89	6	83	29	20	20	29	1.98
22818527--22818579	26	2.0	26	89	7	81	30	26	16	26	1.97
22818604--22818970	170	2.2	170	81	2	441	21	28	29	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
22818326--22819316	538	1.8	537	85	2	1391	20	27	29	22	1.98
22819065--22819117	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
22820308--22820359	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
22820472--22820836	157	2.3	158	78	7	391	19	24	29	26	1.98
22821358--22821410	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
22828000--22828052	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
22827622--22828712	343	3.2	339	82	5	1184	19	28	29	23	1.98
22828343--22828395	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
22828843--22828895	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
22830606--22830658	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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