genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.302.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  302  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28525134--28525985	159	5.3	159	73	9	506	19	26	30	24	1.98
28525958--28526010	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28526658--28526693	18	2.0	18	94	0	63	16	13	38	30	1.88
28528603--28528659	26	2.2	26	90	6	89	28	29	19	22	1.98
28528616--28528681	26	2.5	26	87	0	87	28	28	15	27	1.96
28528745--28529314	158	3.5	157	72	11	388	19	28	30	21	1.97
28529970--28530022	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
28530642--28530694	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
28528706--28531168	671	3.7	669	79	4	2586	19	27	29	22	1.98
28530668--28531167	157	3.2	155	75	5	491	20	27	29	24	1.99
28532585--28533069	159	3.1	156	74	6	465	18	26	30	24	1.98
28533541--28533939	159	2.5	153	75	10	354	21	26	30	21	1.98
28534015--28534067	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
28540550--28540602	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
28540929--28540981	26	2.0	26	89	7	81	30	24	18	26	1.98
28540955--28541318	159	2.3	156	77	7	365	21	26	28	23	1.99
28541430--28541482	26	2.0	26	92	7	90	28	18	20	32	1.97
28542152--28542203	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
28542495--28542547	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
28542080--28542876	354	2.3	344	79	6	795	20	25	28	24	1.99
28542673--28543055	158	2.4	160	78	8	415	20	25	30	24	1.99
28543192--28543243	26	2.0	25	85	3	68	26	25	19	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28543691--28543743	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
28543534--28543893	196	1.9	190	82	9	459	21	26	28	23	1.99
28544045--28544097	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
28543518--28544161	354	1.8	353	83	3	855	22	26	28	22	1.99
28544280--28544623	159	2.2	159	84	6	450	18	27	30	22	1.98
28544597--28544649	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28545362--28545822	158	2.9	159	80	5	468	20	26	29	23	1.99
28545794--28545846	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
28546163--28546215	26	2.0	26	88	0	79	32	26	16	24	1.97
28546664--28546716	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
28546600--28547265	183	3.5	183	75	14	601	20	26	28	24	1.99
28546850--28546899	26	1.9	26	88	8	75	28	22	18	32	1.97
28547055--28547107	26	2.0	26	88	0	79	30	28	18	22	1.98
28547397--28547449	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
28548118--28548170	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
28549138--28549190	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28551374--28551426	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
28552214--28552266	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
28552570--28552622	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28552124--28552803	356	1.9	343	82	5	815	19	26	29	24	1.98
28552795--28553085	158	1.8	158	79	6	338	20	29	28	20	1.98
28553465--28553517	26	2.0	26	92	0	88	30	26	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28554513--28554889	159	2.4	158	76	6	395	20	26	31	22	1.98
28554943--28554995	26	2.0	26	85	7	72	30	20	16	32	1.95
28555811--28555863	26	2.0	26	82	7	63	22	24	20	32	1.98
28555635--28556173	272	2.0	272	84	2	706	23	24	28	24	2.00
28556464--28556516	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
28556826--28557372	183	3.0	180	80	4	587	19	26	29	23	1.98
28557250--28557688	157	2.8	158	82	3	524	18	29	30	21	1.97
28557660--28557712	26	2.0	26	89	7	81	28	24	15	32	1.95
28558269--28558321	26	2.0	26	89	7	81	24	22	22	30	1.99
28558478--28558530	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
28558441--28558815	197	1.9	197	82	4	470	21	28	25	25	1.99
28559252--28559679	146	2.8	150	78	11	371	17	27	30	24	1.97
28560374--28560426	26	2.0	26	92	0	88	28	28	20	22	1.99
28560876--28560928	26	2.0	26	88	0	79	28	22	18	30	1.98
28561231--28561283	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
28561599--28561651	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
28561783--28561860	26	3.0	26	92	3	131	26	23	19	30	1.98
28563022--28563077	26	2.2	26	84	12	71	30	25	17	26	1.97
28568202--28568853	159	4.1	158	75	6	493	22	30	27	19	1.98
28568834--28568883	26	1.9	26	91	0	82	28	16	26	30	1.96
28569010--28569498	158	3.1	156	75	6	446	24	30	25	19	1.98
28568370--28569806	672	2.1	676	85	2	1934	23	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28569506--28569556	26	2.0	26	92	0	84	27	17	25	29	1.98
28570079--28570131	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28569714--28570618	390	2.3	390	81	4	1054	24	27	25	22	2.00
28569714--28570609	194	4.6	195	82	5	995	24	27	25	22	2.00
28570469--28570521	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28570494--28570840	158	2.2	160	80	6	384	23	30	25	20	1.99
28570814--28570864	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
28571982--28572034	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
28572007--28572417	171	2.4	171	83	4	474	25	31	25	18	1.97
28573733--28573784	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
28573757--28574146	158	2.5	157	79	6	419	24	28	27	19	1.99
28576046--28576098	26	2.0	26	89	7	81	32	18	20	28	1.97
28576550--28576599	26	1.9	26	95	0	91	26	18	30	26	1.98
28576550--28576606	26	2.2	26	90	3	87	28	19	28	24	1.98
28576694--28576719	12	2.2	12	100	0	52	23	42	7	26	1.81
28576904--28576956	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
28576929--28577429	157	3.2	157	78	5	526	22	30	27	19	1.98
28577403--28577455	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
28577769--28577821	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28577609--28577979	185	2.0	185	85	1	492	23	29	27	19	1.98
28577795--28578297	158	3.2	159	74	9	427	24	30	26	19	1.98
28578271--28578323	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28575163--28578846	881	4.2	864	81	5	3929	23	29	27	19	1.98
28578821--28578873	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
28578605--28578947	184	1.9	184	82	4	442	22	27	29	20	1.98
28580264--28580317	26	2.1	26	89	6	83	27	20	22	29	1.98
28580764--28580816	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
28587112--28587164	26	2.0	26	85	0	70	32	16	24	26	1.97
28587305--28587603	159	1.9	158	79	7	338	22	29	28	19	1.98
28587613--28587665	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
28588359--28588860	158	3.2	158	81	3	589	21	28	30	19	1.98
28588836--28588885	25	2.0	26	92	4	84	26	14	28	32	1.94
28590042--28590094	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
28590765--28590817	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
28590793--28591223	159	2.7	158	76	6	379	24	30	27	17	1.97
28591267--28591317	26	2.0	26	92	0	84	27	15	29	27	1.96
28591645--28591697	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
28593394--28593823	159	2.7	159	77	4	409	23	31	27	17	1.97
28593871--28593923	26	2.0	26	85	0	70	26	16	30	26	1.97
28594931--28594983	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
28594769--28595227	196	2.4	192	84	5	569	24	26	27	21	1.99
28595127--28595179	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
28596477--28596530	26	2.1	26	96	0	99	25	18	27	27	1.98
28604328--28604380	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
28604353--28604800	156	2.9	155	75	8	424	22	30	27	19	1.98
28604824--28604880	26	2.2	26	80	0	69	26	22	22	28	1.99
28605193--28605245	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
28605219--28605718	158	3.2	157	75	6	474	24	30	25	19	1.98
28606424--28606476	26	2.0	26	89	7	81	26	20	26	26	1.99
28606768--28606817	25	2.0	26	88	4	75	28	18	28	26	1.98
28607096--28607148	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
28608314--28608817	159	3.2	157	77	8	436	23	29	27	19	1.98
28608791--28608843	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
28609513--28609565	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402