genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.80.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12176602--12176654	26	2.0	26	89	7	81	24	18	26	30	1.98
12177687--12177739	26	2.0	26	85	0	70	26	18	24	30	1.98
12177091--12177985	343	2.6	340	76	10	872	24	29	27	18	1.98
12177843--12178474	159	4.0	156	77	6	564	21	29	29	19	1.98
12178535--12178823	159	1.8	158	81	2	364	22	29	28	19	1.98
12178201--12179225	342	3.0	343	82	4	1116	22	28	27	20	1.99
12178852--12178904	26	2.0	26	85	0	70	24	16	30	28	1.97
12178998--12179549	158	3.5	159	76	4	537	22	29	26	21	1.99
12179523--12179573	26	2.0	26	96	0	93	25	19	27	27	1.99
12179719--12179771	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12179496--12179861	196	1.9	196	82	1	464	25	28	25	20	1.99
12180219--12180270	26	2.0	25	89	10	79	25	17	26	30	1.97
12180219--12180270	25	2.0	26	89	10	81	25	17	26	30	1.97
12178545--12180524	697	2.9	677	76	9	1904	23	28	27	21	1.99
12183530--12183555	13	2.0	13	100	0	52	23	15	7	53	1.67
12188213--12188264	25	2.0	26	92	3	88	26	28	19	25	1.98
12188546--12188596	26	2.0	26	88	0	75	25	25	19	29	1.99
12188104--12188915	343	2.4	333	84	5	1033	18	28	29	23	1.97
12188634--12189073	159	2.8	157	78	6	444	17	27	30	24	1.97
12189046--12189098	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12189937--12190294	159	2.2	159	79	7	377	18	24	29	26	1.98
12190268--12190320	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12190623--12190675	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
12190709--12190971	138	1.9	137	80	5	307	18	28	28	23	1.98
12190430--12191676	480	2.5	483	81	6	1325	20	26	28	24	1.99
12190951--12191314	184	2.0	184	83	4	466	21	26	28	24	1.99
12191129--12191529	159	2.5	157	76	6	394	20	24	30	24	1.99
12191604--12191655	25	2.0	26	89	10	81	28	25	17	28	1.97
12191919--12191974	26	2.2	26	90	6	87	30	25	17	26	1.97
12196390--12196422	15	2.2	15	100	0	66	21	48	12	18	1.80
12198713--12198765	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
12199756--12200108	158	2.2	159	80	4	392	19	26	30	24	1.98
12200252--12200304	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12201091--12201141	26	2.0	26	92	7	86	31	21	15	31	1.95
12201467--12201519	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12201968--12202020	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12202055--12202529	255	1.9	255	81	5	593	17	28	32	21	1.96
12202303--12202603	158	1.9	158	86	2	426	15	30	32	21	1.95
12202576--12202628	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
12203021--12203483	159	2.9	155	77	5	446	18	25	31	24	1.97
12203549--12204533	171	5.8	169	72	11	673	19	27	30	22	1.98
12203822--12203872	26	2.0	26	88	0	75	29	29	15	25	1.96
12202454--12204225	867	2.0	874	83	3	2203	19	26	30	23	1.98
12204057--12204534	169	2.8	171	77	9	467	21	28	28	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12203482--12205378	684	2.8	676	83	4	2345	20	27	29	22	1.98
12204506--12204556	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
12204606--12205194	159	3.7	156	76	5	545	19	27	30	23	1.98
12205164--12205219	26	2.2	26	93	0	94	30	26	17	25	1.97
12205351--12205403	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
12206062--12206740	159	4.2	158	75	9	566	20	26	29	23	1.98
12206443--12206891	159	2.8	157	77	6	451	20	27	27	23	1.99
12206891--12207258	171	2.2	170	82	5	433	20	25	29	24	1.99
12207232--12207283	25	2.0	26	96	3	97	26	26	21	25	1.99
12207256--12207758	158	3.2	155	77	7	494	19	28	30	21	1.97
12207733--12207784	26	2.0	26	88	7	79	26	23	19	30	1.98
12208454--12208506	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
12208517--12208984	159	2.9	157	78	6	469	20	27	29	23	1.99
12209152--12209204	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
12210026--12210397	158	2.3	159	79	4	401	19	26	29	23	1.98
12209895--12210395	159	3.2	158	76	4	490	19	25	30	24	1.98
12210762--12211262	158	3.2	157	72	8	435	18	27	30	23	1.98
12212612--12212920	158	2.0	157	80	4	354	19	27	30	22	1.98
12213739--12213791	26	2.0	26	85	7	72	28	26	18	26	1.98
12213580--12214172	184	3.2	183	80	6	584	22	27	26	23	2.00
12214119--12214171	26	2.0	26	89	7	81	26	26	20	26	1.99
12214916--12215359	159	2.8	158	77	7	470	18	27	30	24	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12215712--12215790	26	3.0	26	94	0	140	26	26	18	27	1.98
12216212--12216264	26	2.0	26	89	7	81	26	18	20	33	1.96
12216403--12216455	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
12217694--12217746	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12217586--12217932	185	1.9	185	84	3	466	21	26	27	24	1.99
12218523--12218575	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12219562--12219614	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
12219904--12219956	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
12220627--12220679	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12220981--12221033	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
12221007--12221402	158	2.5	159	75	9	367	21	26	30	22	1.99
12221481--12221533	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
12221861--12221911	26	2.0	26	96	0	93	25	29	19	25	1.99
12223388--12223440	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
12223414--12223914	159	3.2	156	78	6	508	19	27	29	23	1.98
12223888--12223940	26	2.0	26	85	7	72	28	22	20	28	1.99
12224294--12224346	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
12224063--12224432	197	1.9	197	85	1	508	21	28	26	23	1.99
12225359--12225410	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
12225479--12225888	158	2.6	158	78	6	398	18	26	30	25	1.98
12225860--12225912	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12226372--12226743	159	2.3	160	81	5	441	20	26	29	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12226715--12226767	26	2.0	26	96	0	97	28	20	20	30	1.98
12227074--12227126	26	2.0	26	86	13	74	30	26	18	24	1.98
12228041--12228459	159	2.6	156	79	7	432	18	29	29	22	1.97
12228640--12228692	26	2.0	26	89	7	81	32	20	15	32	1.93
12228825--12228877	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
12228906--12229197	160	1.8	160	88	2	444	17	28	31	22	1.96
12229170--12229222	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12230011--12230383	159	2.3	159	78	5	367	21	26	27	24	1.99
12230355--12230407	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
12230539--12230591	26	2.0	26	89	7	81	30	22	18	28	1.98
12230195--12230632	184	2.4	185	82	3	508	24	25	26	23	2.00
12231447--12231539	26	3.6	26	97	0	177	27	29	19	23	1.98
12231725--12231828	26	4.0	25	85	9	129	29	25	17	27	1.97
12231473--12232024	247	2.2	249	80	8	595	22	25	27	24	2.00
12231972--12232024	26	2.0	26	85	7	72	24	22	22	30	1.99
12232822--12233251	158	2.7	160	76	7	437	19	28	28	23	1.98
12234026--12234078	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
12234406--12234456	25	2.0	26	92	3	86	29	27	17	25	1.98
12234431--12234932	158	3.2	158	74	7	489	20	26	28	24	1.99
12234906--12235010	26	4.0	26	97	2	194	26	23	20	29	1.99
12235155--12235206	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
12235214--12237233	159	12.5	158	69	12	974	19	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12237471--12237523	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
12238379--12238431	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
12238467--12238893	158	2.7	159	80	6	438	18	28	29	23	1.98
12238479--12238946	159	2.9	159	77	6	439	19	28	29	22	1.98
12238467--12238989	159	3.3	158	74	8	425	19	28	29	22	1.98
12239065--12239451	159	2.5	157	74	6	377	20	26	29	22	1.99
12239907--12239959	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
12239933--12240422	158	3.1	157	76	8	465	21	26	29	22	1.99
12239021--12240638	869	1.9	855	81	5	2000	21	26	28	23	1.99
12240408--12240460	26	2.0	26	85	0	70	30	30	16	22	1.96

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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