genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.227.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  227  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23057481--23057919	157	2.8	156	78	5	454	22	29	28	19	1.98
23057796--23058158	184	2.0	184	82	3	444	25	27	25	20	1.99
23058949--23059406	242	1.9	242	81	2	553	22	29	28	19	1.98
23059188--23059805	159	3.9	156	75	6	496	22	28	27	20	1.99
23059191--23059935	314	2.4	316	81	4	824	22	28	27	21	1.99
23059191--23059935	158	4.7	153	73	8	476	22	28	27	21	1.99
23059750--23060112	184	2.0	184	83	5	457	24	28	25	21	1.99
23059934--23060343	159	2.6	158	76	5	389	25	29	27	18	1.98
23059935--23060430	158	3.1	155	74	5	472	24	30	26	19	1.98
23060778--23060830	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
23061269--23061321	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
23062367--23062826	159	2.9	155	75	6	440	24	29	26	19	1.98
23063151--23063546	157	2.5	156	76	5	377	23	29	27	18	1.98
23063622--23063674	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
23063464--23063825	184	2.0	184	86	2	512	24	29	25	19	1.99
23063647--23064031	158	2.4	158	77	4	391	24	30	26	17	1.97
23063647--23064047	159	2.5	158	75	5	389	25	29	27	17	1.97
23063096--23064217	490	2.3	491	82	3	1308	23	28	27	20	1.99
23064480--23064532	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
23065220--23065272	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23065407--23065843	159	2.8	157	74	5	407	24	29	27	18	1.98
23066248--23066300	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23066386--23066438	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
23066194--23066468	138	2.0	138	95	0	496	23	30	21	24	1.99
23067128--23067180	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23067507--23067559	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23067532--23067938	157	2.6	158	79	5	455	24	30	27	17	1.97
23067532--23068032	158	3.2	155	76	6	461	22	30	26	19	1.98
23067847--23068209	184	2.0	184	81	4	437	25	28	25	21	1.99
23067311--23068610	501	2.6	497	81	4	1410	24	29	26	19	1.98
23068875--23068927	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
23068716--23069080	176	2.0	180	81	10	426	24	29	26	20	1.99
23069367--23069419	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
23070124--23070507	158	2.4	158	77	6	375	24	30	25	19	1.98
23071409--23071459	26	2.0	26	84	0	66	27	15	27	29	1.96
23071750--23071802	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
23072129--23072180	26	2.0	26	88	7	79	30	19	19	30	1.96
23072960--23073012	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23072985--23073446	158	2.9	155	75	6	397	22	30	27	18	1.97
23073460--23073512	26	2.0	26	85	0	70	24	18	30	26	1.98
23073981--23074033	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
23074785--23075523	159	4.7	158	80	4	593	24	29	26	18	1.98
23076080--23076132	26	2.0	26	100	0	106	22	20	30	26	1.98
23076461--23076513	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23077170--23077222	26	2.0	26	96	0	97	26	20	24	28	1.99
23076948--23077329	195	2.0	195	86	1	541	22	29	26	20	1.99
23077670--23077720	26	2.0	26	88	0	75	27	13	27	31	1.94
23078050--23078102	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23078247--23078589	158	2.2	157	82	4	404	24	29	26	20	1.99
23079424--23079785	159	2.3	159	81	2	406	24	29	24	20	1.99
23079759--23079811	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
23080586--23081278	171	4.0	171	76	9	605	22	31	26	18	1.97
23082447--23082499	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
23083087--23083111	11	2.3	11	100	0	50	20	32	28	20	1.97
23083679--23083731	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23084059--23084111	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
23083888--23084447	185	3.0	185	81	6	540	23	28	26	20	1.99
23084269--23084763	158	3.1	158	75	6	421	22	30	27	19	1.98
23084745--23084797	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
23085480--23085815	159	2.1	159	79	9	375	24	28	26	19	1.99
23085797--23085849	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
23085954--23086006	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
23086615--23087269	355	1.8	355	81	5	822	23	29	27	19	1.98
23087029--23087510	159	3.0	159	77	6	397	21	29	28	19	1.98
23088089--23088133	18	2.6	18	89	6	67	28	48	11	11	1.73
23088711--23088763	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23088710--23089069	196	1.8	196	83	3	474	25	26	26	21	2.00
23088932--23089434	158	3.2	155	76	8	424	23	27	27	21	1.99
23089408--23089460	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
23094433--23094482	26	1.9	26	92	8	84	30	22	24	24	1.99
23095155--23095207	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23094431--23095279	367	2.4	341	74	13	779	23	29	26	19	1.98
23095532--23095974	159	2.8	159	75	7	425	23	29	25	20	1.99
23096010--23096062	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
23096587--23096639	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
23096219--23096702	196	2.5	195	83	5	598	26	28	23	21	1.99
23097770--23098708	159	5.9	157	77	4	712	23	31	26	18	1.98
23098095--23098705	317	1.9	315	83	3	780	24	31	25	18	1.98
23099449--23099501	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
23099951--23100004	26	2.1	26	89	3	83	24	18	27	29	1.98
23101498--23101552	26	2.1	26	89	0	83	23	16	29	30	1.96
23101376--23101649	149	1.8	149	82	2	352	24	25	28	21	1.99
23101696--23101748	26	2.0	26	92	0	88	35	20	18	24	1.95
23102031--23102089	26	2.3	26	85	5	86	23	18	28	28	1.98
23101879--23102344	184	2.5	184	85	1	585	25	26	27	21	2.00
23102221--23102273	26	2.0	26	89	7	81	26	16	24	32	1.97
23101879--23102423	184	3.0	184	83	3	546	24	26	26	22	2.00
23102260--23102774	158	3.3	157	76	5	482	25	29	24	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23102246--23102822	317	1.8	317	80	2	692	25	28	25	20	1.99
23103416--23103918	158	3.2	155	79	6	546	22	29	28	19	1.98
23103892--23103944	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
23104088--23104140	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
23103860--23104246	196	2.0	196	88	1	569	20	28	28	22	1.99
23105230--23105280	26	2.0	26	88	0	75	25	15	27	31	1.96
23106101--23106154	27	2.0	27	85	3	74	27	18	25	27	1.98
23106797--23106849	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
23106822--23107282	157	2.9	158	76	3	462	22	31	27	18	1.97
23107473--23107914	154	2.8	155	78	7	504	24	32	26	16	1.96
23107968--23108020	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
23108859--23109829	159	6.1	159	75	6	720	24	29	26	19	1.98
23108919--23109697	317	2.5	315	79	5	827	24	30	25	18	1.98
23110191--23110243	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23110216--23110623	159	2.6	158	75	3	408	25	28	27	18	1.98
23110692--23110744	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
23117306--23117358	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
23117332--23117609	149	1.9	149	82	7	350	25	29	26	18	1.98
23118200--23118701	158	3.2	156	77	2	511	24	31	26	18	1.98
23118675--23118727	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
23118516--23118885	184	2.0	184	81	4	433	24	29	26	20	1.99
23117978--23119704	501	3.4	500	81	5	1935	23	29	26	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
23119170--23119229	26	2.4	26	81	10	72	26	16	25	31	1.96
23119041--23119387	184	1.9	184	83	3	457	23	28	26	21	1.99
23119215--23119982	158	4.9	157	74	6	618	23	30	26	19	1.98
23119225--23119982	317	2.4	315	83	4	954	22	30	27	19	1.98
23120719--23120771	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
23121122--23121174	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
23121491--23121543	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
23121701--23121753	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
23122065--23123054	158	6.3	155	75	7	612	22	29	28	19	1.98
23122063--23123189	310	3.6	311	83	5	1227	22	30	27	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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