genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.258.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  258  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25216419--25217708	710	1.8	709	82	2	1685	21	25	28	24	1.99
25217154--25217645	158	3.1	158	73	10	389	19	25	30	24	1.98
25218702--25218754	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25218150--25220107	870	2.3	870	79	6	1967	21	26	27	24	1.99
25224468--25224520	27	2.0	27	92	0	88	13	39	20	26	1.89
25226605--25226654	26	1.9	26	91	0	82	26	22	22	30	1.99
25226628--25227129	158	3.2	156	78	5	542	20	27	30	21	1.98
25227481--25227533	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
25228351--25228403	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
25229017--25229069	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
25228806--25229240	196	2.2	196	82	3	518	21	26	28	23	1.99
25230253--25230305	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
25230279--25230778	159	3.2	157	74	6	499	19	26	30	23	1.98
25230755--25230804	26	1.9	26	88	8	75	26	22	22	30	1.99
25230596--25231504	184	5.0	182	73	9	696	21	26	27	24	1.99
25231108--25231160	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
25231289--25231344	26	2.2	26	87	6	78	30	19	16	33	1.94
25232015--25232516	158	3.2	157	72	7	440	20	26	28	24	1.99
25233183--25233556	158	2.4	159	81	3	421	18	26	29	24	1.98
25233530--25233582	26	2.0	26	85	7	72	30	22	18	28	1.98
25233372--25233741	184	2.0	184	83	3	467	20	25	28	24	1.99
25233596--25234374	159	4.9	157	75	7	601	19	26	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25235067--25235118	25	2.0	26	88	3	79	30	26	17	25	1.97
25235251--25235302	26	2.0	26	88	7	79	28	23	19	28	1.98
25235028--25235400	184	2.0	182	86	4	509	22	27	28	21	1.99
25235592--25235936	159	2.2	158	82	7	421	21	26	29	22	1.99
25236278--25236329	26	2.0	26	88	0	77	34	25	15	25	1.95
25235421--25236999	355	4.5	347	75	9	1022	20	26	29	23	1.99
25236619--25236671	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
25237505--25237867	159	2.3	158	77	9	362	19	26	30	23	1.98
25237839--25237891	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
25238035--25238087	26	2.0	26	89	7	81	30	20	18	30	1.97
25238769--25238821	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25239270--25239322	26	2.0	26	85	0	70	24	24	20	30	1.99
25239356--25240498	502	2.3	502	83	0	1453	19	27	29	23	1.98
25240471--25240523	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
25240863--25240915	26	2.0	26	85	7	72	26	22	20	30	1.98
25241096--25241395	165	1.8	165	85	2	424	19	26	30	23	1.98
25242213--25242675	159	2.9	159	80	4	565	18	28	30	22	1.97
25242647--25242699	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
25243027--25243079	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
25242977--25243422	184	2.4	184	79	3	486	21	26	27	24	1.99
25244139--25244502	158	2.3	157	80	4	390	18	25	30	25	1.98
25244003--25244501	159	3.2	156	76	7	513	19	25	30	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25244475--25244527	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
25244671--25244723	26	2.0	26	92	0	88	28	26	20	24	1.99
25244697--25245057	159	2.3	156	75	4	348	20	27	30	21	1.98
25245264--25245298	13	2.7	13	86	0	52	11	42	17	28	1.83
25245341--25245393	26	2.0	26	92	0	88	26	30	20	22	1.98
25245832--25245884	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
25246005--25246057	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
25245301--25246524	673	1.8	666	83	3	1598	20	27	28	23	1.99
25245301--25246705	673	2.1	662	80	5	1517	20	27	28	23	1.99
25246837--25246889	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
25247560--25247612	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
25248772--25248827	26	2.2	26	90	0	85	37	25	10	26	1.88
25248959--25249011	26	2.0	26	89	7	81	30	22	16	30	1.96
25249486--25249790	158	1.9	157	81	3	353	25	25	26	22	2.00
25249864--25249916	26	2.0	26	85	0	70	32	22	18	26	1.97
25249642--25250064	184	2.3	183	80	4	442	22	26	26	24	2.00
25250018--25250393	159	2.4	159	81	4	463	19	26	29	24	1.99
25250366--25250418	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
25250207--25250590	197	2.0	190	84	7	492	20	27	29	22	1.98
25250746--25250798	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
25251088--25251139	26	2.0	26	92	3	88	28	28	17	25	1.97
25251214--25251614	159	2.5	158	80	5	434	17	26	31	25	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25252306--25252358	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
25252371--25252773	159	2.5	159	80	3	393	18	27	32	21	1.97
25252371--25252825	159	2.9	159	79	3	364	18	26	31	23	1.98
25253542--25253861	170	1.9	169	85	4	439	19	24	32	24	1.97
25254578--25254630	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
25254769--25254821	26	2.0	26	88	0	79	28	26	20	24	1.99
25254795--25255293	159	3.2	155	79	6	529	19	27	30	22	1.98
25255267--25255319	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
25255110--25255917	184	4.3	184	78	9	832	20	26	29	24	1.99
25255660--25255712	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
25255847--25255896	26	1.9	26	92	8	84	24	26	20	30	1.98
25255227--25256253	393	2.6	390	81	4	1116	20	26	28	24	1.99
25255440--25256253	380	2.1	384	81	5	899	21	26	27	23	1.99
25257394--25257877	158	3.1	156	75	9	460	20	26	29	22	1.99
25258319--25258371	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
25258700--25258750	26	2.0	26	88	0	75	31	27	13	27	1.94
25259408--25259458	25	2.0	26	92	7	88	27	27	19	25	1.99
25259743--25259794	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
25260231--25260283	26	2.0	26	85	0	70	33	22	13	30	1.92
25260298--25260563	134	2.0	134	81	7	317	16	27	33	22	1.95
25261533--25261585	26	2.0	26	82	7	63	30	22	18	28	1.98
25261881--25262308	158	2.7	156	82	2	478	21	23	30	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25261934--25262319	158	2.4	158	83	0	504	21	24	31	23	1.98
25262564--25262616	26	2.0	26	85	7	72	33	24	13	28	1.93
25262590--25262958	171	2.2	170	80	5	413	22	28	28	21	1.99
25262931--25262983	26	2.0	26	88	0	79	28	26	16	28	1.97
25266412--25266795	159	2.4	159	76	6	411	19	27	30	22	1.98
25268334--25268362	11	2.6	11	100	0	58	17	31	31	20	1.96
25268950--25268999	26	1.9	26	91	0	82	28	28	18	26	1.98
25269656--25269706	26	2.0	24	88	7	75	29	23	19	27	1.98
25269434--25269876	197	2.3	197	80	5	481	20	23	30	25	1.99
25270005--25270055	26	2.0	26	84	0	66	31	29	13	25	1.94
25270674--25270725	26	2.0	26	92	0	86	26	17	25	30	1.97
25271017--25271066	26	1.9	26	91	0	82	30	18	20	32	1.96
25270483--25271671	343	3.5	342	83	2	1460	22	29	26	20	1.99
25271337--25272005	352	1.9	354	78	4	733	24	28	26	20	1.99
25272108--25272537	158	2.7	159	73	1	405	23	30	25	20	1.98
25272511--25272563	26	2.0	26	88	0	79	24	18	30	26	1.98
25272904--25273410	159	3.2	158	72	8	382	23	28	26	21	1.99
25273384--25273436	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25274122--25274173	25	2.0	26	89	10	81	28	19	25	26	1.98
25274146--25274550	159	2.6	158	79	5	442	23	30	27	18	1.97
25274305--25274954	354	1.9	343	80	5	775	22	29	27	19	1.98
25274988--25275040	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25275013--25275516	158	3.2	158	74	13	467	24	29	25	19	1.99
25275492--25275542	26	2.0	26	88	7	77	27	19	23	29	1.98
25276216--25276277	26	2.4	26	88	0	88	35	20	19	24	1.96
25276228--25276283	26	2.2	26	93	0	94	32	21	23	23	1.98
25276428--25276478	26	2.0	26	88	7	77	31	15	23	29	1.95
25277257--25277309	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
25278130--25278182	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25278851--25278900	26	1.9	26	92	8	84	34	20	20	26	1.96
25279388--25279439	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
25282522--25283022	158	3.2	158	76	4	508	23	29	26	19	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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