genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.157.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  157  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17855304--17855665	184	2.0	184	80	2	413	22	26	27	22	1.99
17855954--17856006	26	2.0	26	92	0	88	26	24	18	30	1.98
17857499--17857546	24	2.0	24	83	0	60	14	31	27	27	1.95
17861839--17861890	25	2.0	26	88	3	79	36	26	9	26	1.87
17861865--17862228	158	2.3	158	74	6	353	20	27	29	22	1.99
17862340--17862410	26	2.7	27	91	4	110	26	25	18	29	1.98
17862360--17862417	26	2.2	26	93	0	98	29	20	18	31	1.97
17862414--17862478	33	2.0	33	93	0	112	30	20	30	18	1.96
17862805--17863463	156	4.2	159	79	5	649	18	27	31	22	1.97
17863435--17863487	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
17864698--17864750	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
17865408--17865459	26	2.0	26	92	0	86	30	26	15	26	1.96
17865433--17865933	159	3.2	157	73	5	481	21	25	28	24	1.99
17865907--17865959	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17866274--17866326	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
17873908--17874333	159	2.7	158	79	5	475	22	29	29	18	1.97
17874383--17874434	26	2.0	26	92	0	86	26	17	28	26	1.97
17875668--17875694	13	2.1	13	100	0	54	22	33	44	0	1.53
17875947--17875999	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17876757--17876809	26	2.0	26	85	7	72	26	20	24	28	1.99
17877255--17877310	26	2.2	26	86	0	76	26	16	26	30	1.96
17877671--17878164	159	3.1	157	73	8	451	24	28	26	20	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17878138--17878190	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17877661--17879150	684	2.2	685	82	3	1771	24	28	26	20	1.99
17879202--17879253	26	2.0	26	96	3	97	26	21	25	26	1.99
17880012--17880064	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17880874--17880926	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
17880900--17881108	111	1.9	111	80	2	249	29	21	30	18	1.97
17881328--17881380	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
17882078--17882607	159	3.3	158	77	7	430	23	29	28	18	1.98
17883214--17883263	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
17883581--17883633	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
17883606--17883975	171	2.2	169	80	6	390	22	30	26	20	1.98
17883949--17884001	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17884375--17884854	158	3.0	157	74	8	443	23	28	26	21	1.99
17884828--17884880	26	2.0	26	85	0	70	26	15	28	30	1.96
17883908--17885794	880	2.1	878	82	4	2264	23	28	26	21	1.99
17885708--17885760	26	2.0	26	92	0	88	26	15	28	30	1.96
17884997--17885981	501	1.9	510	79	7	1103	22	28	28	20	1.98
17885391--17886541	342	3.3	342	79	6	1107	23	28	27	20	1.99
17886050--17886102	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
17886443--17887275	159	5.2	157	71	8	564	23	30	26	19	1.98
17886443--17887275	318	2.6	323	82	5	925	23	30	26	19	1.98
17887972--17888024	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17888124--17888158	12	2.9	12	95	0	61	8	40	22	28	1.84
17888689--17888741	26	2.0	26	85	7	72	30	20	20	28	1.98
17888715--17889057	158	2.2	158	81	3	404	23	29	25	21	1.99
17889912--17889964	26	2.0	26	88	0	79	26	16	28	28	1.97
17890807--17890858	26	2.0	25	88	3	77	32	21	21	25	1.98
17890832--17891334	159	3.2	156	82	4	587	23	31	27	18	1.97
17891149--17891510	184	2.0	184	82	4	453	24	29	25	20	1.99
17890649--17891662	501	2.0	506	82	5	1233	22	29	27	20	1.98
17891870--17891922	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17892211--17892260	26	2.0	25	88	4	73	24	18	24	34	1.96
17892565--17892617	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
17893144--17893195	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
17893643--17893695	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
17894023--17894075	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17894519--17894571	26	2.0	26	89	7	81	32	22	20	24	1.98
17894363--17894721	184	2.0	181	82	4	445	26	29	25	18	1.98
17894544--17895045	158	3.2	156	72	8	397	24	30	26	18	1.98
17895376--17895428	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
17896602--17896662	26	2.4	26	78	8	72	34	19	19	26	1.96
17897111--17897163	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
17897939--17897991	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
17898281--17898333	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17898643--17898694	26	2.0	26	81	7	61	28	17	19	34	1.94
17898490--17898841	182	1.9	184	84	4	471	23	28	26	21	1.99
17899366--17899919	159	3.5	157	77	6	526	23	29	27	19	1.99
17900813--17900865	26	2.0	26	89	7	81	24	13	28	33	1.93
17901226--17901709	159	3.1	156	78	6	515	22	30	28	19	1.98
17902019--17902070	24	2.2	24	92	0	86	15	32	17	34	1.91
17902096--17902145	26	1.9	26	95	0	91	32	20	24	24	1.98
17902122--17902620	157	3.2	158	75	4	497	23	30	27	18	1.98
17903114--17903166	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
17903897--17903947	26	2.0	26	88	0	75	35	15	21	27	1.94
17904079--17904524	158	2.8	158	82	4	465	25	30	26	17	1.97
17904566--17904618	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
17903701--17905060	671	2.0	672	82	3	1612	24	29	25	20	1.99
17905067--17905119	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17905436--17905488	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
17904996--17905817	356	2.3	360	81	5	926	22	30	27	20	1.98
17905704--17905987	147	1.9	147	84	0	379	24	30	24	20	1.98
17906108--17906160	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
17906606--17906658	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
17906975--17907027	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
17908174--17908226	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
17909632--17909682	26	2.0	26	84	7	68	29	17	23	29	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17909827--17909885	26	2.3	26	77	16	68	30	20	22	27	1.98
17910011--17910363	158	2.3	148	77	8	393	22	27	28	21	1.99
17911012--17911064	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17911037--17911479	159	2.8	158	79	6	432	22	30	28	18	1.97
17911514--17911566	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
17911552--17912015	171	2.7	171	80	4	479	22	30	26	20	1.98
17911850--17912248	159	2.5	158	82	3	455	23	28	26	21	1.99
17911861--17912298	158	2.8	159	77	5	438	24	27	27	20	1.99
17912895--17912947	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
17913261--17913313	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
17914637--17914685	26	2.0	24	88	8	71	26	12	30	30	1.92
17915445--17915497	26	2.0	26	89	7	81	28	18	26	26	1.98
17915826--17915876	26	2.0	26	92	7	86	31	21	19	27	1.97
17915852--17916346	159	3.1	160	75	6	416	24	30	26	19	1.98
17916327--17916379	26	2.0	26	85	7	72	28	20	22	28	1.99
17917057--17917109	26	2.0	26	89	7	81	30	18	24	26	1.98
17917539--17917590	26	2.0	26	85	7	70	26	17	21	34	1.95
17917539--17917934	184	2.2	183	87	2	562	21	25	28	23	1.99
17917749--17918111	158	2.3	158	77	5	374	23	26	27	22	1.99
17918225--17918277	26	2.0	26	88	0	79	28	16	26	28	1.97
17918594--17918644	26	2.0	26	92	0	84	31	19	21	27	1.97
17918629--17918924	159	1.9	159	80	2	353	23	31	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
17918779--17919122	159	2.2	158	78	4	361	21	31	27	20	1.98
17919096--17919148	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
17919817--17919869	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
17920230--17920259	11	2.7	11	94	0	51	16	33	33	16	1.92
17920325--17920377	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
17925491--17925543	26	2.0	26	85	0	70	26	15	28	30	1.96
17927911--17927962	25	2.0	26	88	3	79	34	28	11	25	1.91
17928811--17929386	158	3.6	158	77	4	572	18	28	29	22	1.98
17929358--17929410	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
17929807--17930255	159	2.8	158	79	3	492	18	27	30	22	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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