genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.257.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  257  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25140378--25140795	159	2.6	159	75	5	396	22	28	28	19	1.98
25141222--25141272	26	2.0	26	88	7	77	33	15	23	27	1.95
25141724--25141774	26	2.0	26	88	7	77	29	17	23	29	1.97
25142447--25142517	26	2.7	26	91	0	115	33	18	19	28	1.95
25143159--25143209	26	2.0	26	84	7	68	31	17	21	29	1.96
25143526--25143578	26	2.0	26	82	13	65	30	16	22	30	1.96
25144025--25144074	26	1.9	26	87	0	73	28	18	28	26	1.98
25144388--25144437	26	1.9	26	88	8	75	32	20	22	26	1.98
25144864--25144919	26	2.2	26	96	0	103	25	19	26	28	1.99
25145022--25145051	12	2.5	12	94	0	51	10	46	23	20	1.80
25145245--25145297	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25145270--25145686	159	2.6	159	75	3	383	25	27	28	18	1.98
25145747--25145799	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
25145588--25145957	184	2.0	184	83	5	471	23	28	27	20	1.99
25145047--25146332	501	2.5	499	82	5	1429	24	29	26	20	1.99
25145772--25146213	159	2.8	157	82	3	510	23	29	27	19	1.98
25146944--25146996	26	2.0	26	88	0	79	30	20	20	28	1.98
25147668--25147720	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
25148675--25148727	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25149017--25149068	25	2.0	26	88	3	79	23	19	26	30	1.98
25150337--25150903	159	3.6	157	76	5	498	24	29	27	18	1.98
25151499--25151551	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25151842--25151892	26	2.0	26	92	0	84	27	13	25	33	1.94
25152052--25152104	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
25152027--25152726	341	2.0	342	82	2	834	24	29	25	20	1.99
25152419--25152831	159	2.6	158	76	6	422	24	30	27	18	1.98
25152978--25153421	157	2.8	157	76	5	367	24	31	25	18	1.98
25152943--25153338	158	2.5	157	76	6	413	23	31	25	19	1.98
25153463--25153515	26	2.0	26	88	0	79	30	20	24	24	1.99
25153498--25153832	158	2.1	159	81	0	384	24	28	25	21	1.99
25153806--25153858	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
25154512--25154563	26	2.0	27	88	11	81	28	19	23	28	1.98
25154535--25155028	158	3.1	157	75	7	462	24	28	26	20	1.99
25155391--25155442	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
25162555--25162597	22	2.0	22	100	0	86	18	9	32	39	1.83
25162965--25163016	26	2.0	26	85	3	70	28	21	21	28	1.98
25163464--25163513	26	1.9	26	92	8	84	26	24	26	24	2.00
25164147--25164199	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
25164910--25165407	157	3.2	157	74	7	427	22	29	28	19	1.98
25165448--25165501	12	4.5	12	95	0	99	38	18	27	14	1.90
25165865--25166339	158	3.0	158	77	4	388	22	30	28	19	1.98
25166517--25166988	159	3.0	159	74	7	415	22	29	28	19	1.98
25165683--25167931	673	3.3	668	79	5	2310	23	29	27	20	1.99
25167181--25167579	158	2.5	158	78	5	455	23	30	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25167181--25167627	158	2.8	158	74	6	438	23	29	27	18	1.98
25167677--25167705	5	5.8	5	100	0	58	20	20	20	37	1.94
25167678--25167711	15	2.3	15	89	0	50	23	23	14	38	1.92
25170486--25170537	26	2.0	26	85	7	70	28	17	23	30	1.97
25170988--25171040	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
25171343--25171395	26	2.0	26	89	7	81	28	15	24	32	1.95
25171184--25171601	184	2.3	179	81	3	444	25	25	26	22	2.00
25171523--25171574	26	2.0	26	84	0	68	26	15	26	30	1.96
25171672--25172019	158	2.2	158	82	2	421	23	31	23	21	1.98
25172870--25172948	26	3.0	25	92	3	122	25	22	25	26	2.00
25173303--25173797	159	3.1	159	74	10	397	23	30	25	19	1.98
25174266--25174317	26	2.0	25	88	3	77	26	19	25	28	1.98
25174850--25175138	159	1.8	158	79	5	341	22	31	26	20	1.98
25175689--25175741	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
25177013--25177063	26	2.0	26	92	0	84	31	15	25	27	1.96
25177980--25178032	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25178165--25178541	183	2.1	184	86	2	535	23	30	26	19	1.98
25178687--25178738	26	2.0	26	88	7	79	28	19	23	28	1.98
25178579--25178995	184	2.3	183	83	3	523	23	29	27	19	1.98
25178870--25178922	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25185497--25185549	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
25185522--25185883	158	2.3	158	79	7	403	24	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25186515--25186567	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
25186858--25186910	26	2.0	26	85	0	70	24	18	28	28	1.98
25187738--25187790	26	2.0	26	88	0	79	26	22	24	26	2.00
25189191--25189692	158	3.2	156	74	9	444	22	28	27	21	1.99
25190411--25191230	317	2.6	316	83	3	1017	21	30	27	20	1.98
25190412--25191230	158	5.2	157	76	6	749	21	30	27	20	1.98
25191204--25191256	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
25191045--25191414	184	2.0	184	89	1	562	24	30	25	19	1.98
25191229--25191626	159	2.5	158	79	2	422	25	31	25	17	1.97
25192267--25192629	158	2.3	158	78	6	385	24	27	26	21	1.99
25192267--25192697	159	2.7	159	75	6	428	24	27	27	20	1.99
25192742--25192794	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
25193450--25193502	26	2.0	26	85	7	72	32	16	22	28	1.96
25193634--25193686	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25193723--25193750	13	2.2	13	100	0	56	14	17	53	14	1.73
25194001--25194050	26	1.9	26	88	8	75	38	20	16	26	1.92
25194500--25194552	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25195660--25195692	12	2.8	12	82	17	50	0	45	27	27	1.54
25195713--25195765	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
25195542--25196066	197	2.7	194	82	3	631	23	29	27	20	1.99
25196409--25196486	26	3.0	26	81	7	95	26	15	26	30	1.96
25196631--25196683	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25197493--25197545	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25197897--25198400	159	3.2	158	77	6	527	21	29	27	20	1.98
25198374--25198423	26	1.9	26	91	0	82	30	22	22	26	1.99
25200512--25200564	27	2.0	27	92	0	88	26	20	39	13	1.89
25205768--25205825	26	2.2	27	87	9	84	29	20	22	27	1.99
25205793--25206156	159	2.3	158	77	4	365	26	28	24	19	1.99
25206269--25206321	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25206648--25206698	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
25204915--25206921	880	2.3	849	79	5	2110	24	27	26	21	1.99
25206982--25207034	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
25207007--25207321	171	1.8	171	80	4	375	22	28	27	20	1.99
25206266--25207610	702	1.9	705	82	5	1683	23	27	27	21	1.99
25207375--25207813	159	2.8	157	72	13	387	24	29	26	19	1.99
25207851--25207903	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
25208155--25208439	158	1.8	157	79	8	337	23	30	26	18	1.98
25208560--25208638	26	3.0	25	88	3	113	26	18	26	27	1.98
25208244--25208970	381	1.9	367	82	6	877	24	29	27	19	1.98
25208783--25209284	158	3.2	156	75	6	490	22	30	27	20	1.98
25209258--25209310	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
25209952--25210451	158	3.2	157	80	5	544	20	29	30	20	1.98
25210425--25210477	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
25210590--25211084	158	3.1	157	75	7	482	22	31	26	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
25211097--25211149	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
25212147--25212198	26	2.0	26	88	0	77	26	17	25	30	1.97
25212143--25212502	197	1.8	196	83	5	476	22	25	28	23	1.99
25212369--25212733	158	2.3	159	80	4	423	23	29	27	20	1.99
25214868--25214920	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
25215720--25215772	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
25215847--25216273	160	2.7	160	76	10	453	17	24	30	27	1.97
25216393--25216471	26	3.0	26	88	0	122	27	26	18	26	1.98
25216445--25216925	159	3.0	158	75	6	454	19	25	29	24	1.99
25217128--25217180	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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