genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.79.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402   

This is table  79  of  402  ( 48166 repeats found )

Click on indices to view alignment

Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12097558--12098100	158	3.4	158	75	6	479	21	29	27	21	1.98
12104723--12104775	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
12105407--12106217	158	5.1	158	77	7	770	24	30	26	18	1.98
12105396--12106217	317	2.6	316	84	3	1030	23	30	26	18	1.98
12106829--12106861	11	3.0	11	90	0	57	12	36	33	18	1.88
12107275--12107327	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
12107579--12108002	158	2.7	157	75	7	410	22	30	27	19	1.98
12107464--12108603	502	2.3	500	85	2	1500	24	28	26	20	1.99
12108486--12108538	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
12108601--12108628	9	3.1	9	100	0	56	21	21	57	0	1.41
12108895--12108947	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12108920--12109365	159	2.8	159	76	5	427	24	30	26	19	1.98
12109596--12109645	26	1.9	26	88	8	75	30	20	24	26	1.98
12109621--12110280	159	4.2	158	75	6	505	25	30	24	19	1.98
12110530--12110881	159	2.2	157	79	6	365	23	28	28	19	1.99
12111303--12111355	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
12111200--12111614	209	2.0	213	80	5	475	25	26	26	21	1.99
12111535--12112257	370	2.0	370	83	4	915	25	28	25	20	1.99
12111907--12112290	158	2.4	158	77	7	402	24	29	26	19	1.98
12111907--12112315	159	2.6	158	78	7	427	25	29	26	18	1.98
12111907--12112372	158	2.9	158	76	8	340	24	30	26	18	1.98
12112651--12112703	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12112589--12113123	196	2.8	194	82	6	605	22	29	25	22	1.99
12112815--12113155	183	1.9	183	85	2	470	23	28	26	20	1.99
12113560--12113612	26	2.0	26	88	0	79	32	20	20	26	1.98
12113723--12114253	158	3.4	159	75	6	438	23	29	25	22	1.99
12114227--12114279	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
12114541--12114580	21	2.0	20	85	14	55	12	35	22	30	1.91
12114607--12114659	26	2.0	26	85	7	72	28	18	26	26	1.98
12114636--12115042	159	2.6	158	78	2	413	25	28	27	18	1.98
12115108--12115160	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
12115688--12115720	11	3.0	11	95	0	57	18	33	27	21	1.96
12115790--12115842	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
12117023--12117376	156	2.3	159	96	2	662	23	32	27	16	1.96
12117659--12117709	26	2.0	26	92	0	84	33	13	23	29	1.93
12118157--12118209	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
12118539--12118590	26	2.0	26	85	7	70	28	17	26	26	1.97
12119037--12119088	26	2.0	26	88	3	79	25	19	26	28	1.98
12119717--12119769	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
12119742--12120135	157	2.5	158	81	4	422	21	31	28	18	1.97
12120742--12120794	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
12121465--12121517	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
12121809--12121858	25	2.0	26	92	4	84	26	14	28	32	1.94
12122529--12122581	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12122871--12122923	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
12129882--12129934	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
12130595--12130647	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12131096--12131148	26	2.0	26	81	0	61	26	22	28	22	1.99
12131462--12131514	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
12131961--12132013	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
12132552--12132599	16	3.1	16	85	5	64	22	50	18	8	1.74
12132739--12133241	158	3.2	158	77	5	419	22	30	27	18	1.98
12133216--12133267	25	2.0	26	88	3	79	26	19	26	26	1.99
12133380--12133704	158	2.1	158	80	4	361	23	29	28	19	1.98
12133740--12133792	26	2.0	26	89	7	81	30	20	20	28	1.98
12133766--12134264	159	3.2	154	77	9	443	23	32	26	18	1.97
12134240--12134292	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
12134962--12135014	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
12134988--12135488	158	3.2	155	79	5	533	23	30	26	19	1.98
12135659--12136159	158	3.2	158	78	5	564	22	30	27	18	1.98
12135488--12136159	317	2.1	325	85	5	898	22	30	27	19	1.98
12136135--12136185	26	2.0	26	92	0	84	27	15	29	27	1.96
12136841--12137947	501	2.2	501	85	3	1428	24	29	26	19	1.98
12137845--12137896	26	2.0	26	88	3	79	25	19	26	28	1.98
12138352--12138867	159	3.3	158	75	5	457	24	30	25	19	1.98
12138890--12138965	40	1.9	40	94	5	136	31	30	23	14	1.94
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12139201--12139357	26	6.1	26	90	2	228	25	21	27	25	1.99
12139199--12139354	78	2.0	77	91	3	251	25	21	27	25	1.99
12139337--12139821	158	3.1	158	79	3	573	23	31	28	17	1.97
12139803--12139855	26	2.0	26	85	7	72	28	16	26	28	1.97
12140522--12140976	159	2.9	157	83	5	551	22	31	28	17	1.96
12141904--12141956	26	2.0	26	92	7	90	26	16	26	30	1.97
12142405--12142457	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
12143129--12143183	28	2.0	26	86	13	76	25	21	25	27	2.00
12143383--12143765	159	2.4	158	78	4	412	24	31	26	18	1.98
12143790--12143842	26	2.0	26	85	7	72	26	16	26	30	1.97
12144157--12144209	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12143986--12144497	196	2.6	195	84	2	614	25	28	25	20	1.99
12144353--12144405	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
12144379--12144756	159	2.4	158	82	8	448	23	31	26	18	1.97
12144379--12144880	158	3.2	158	76	7	480	23	30	26	19	1.98
12144854--12144906	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
12151532--12151968	158	2.8	158	75	5	434	23	30	27	18	1.97
12152155--12152200	21	2.2	21	88	0	65	15	36	23	23	1.93
12154092--12154646	185	3.0	185	80	4	602	23	27	27	21	1.99
12154937--12154989	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
12156537--12156589	26	2.0	26	92	7	90	26	22	24	26	2.00
12157612--12157664	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12157441--12158501	196	5.5	196	79	6	1000	24	28	25	21	1.99
12157809--12157859	26	2.0	26	92	7	86	29	15	25	29	1.96
12157992--12158044	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
12157781--12158460	184	3.6	187	81	5	697	23	28	25	21	1.99
12158189--12158241	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12158728--12158806	26	3.0	26	90	0	122	26	18	26	27	1.98
12159476--12159526	26	2.0	26	92	7	86	31	19	25	23	1.98
12159510--12160002	159	3.1	159	77	5	424	25	30	24	18	1.98
12160014--12160504	171	2.9	170	83	2	574	23	31	25	19	1.98
12160514--12160566	26	2.0	26	82	7	63	28	20	22	28	1.99
12161645--12161671	11	2.5	11	100	0	54	14	40	25	18	1.89
12161772--12162274	158	3.2	158	78	5	507	23	29	27	19	1.98
12162248--12162300	26	2.0	26	89	7	81	24	16	28	30	1.97
12162443--12162495	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
12162224--12162588	195	1.9	195	86	4	522	24	29	25	20	1.99
12168616--12168668	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
12169365--12169779	159	2.6	159	79	7	488	24	30	26	18	1.98
12169821--12169873	26	2.0	26	89	7	81	28	16	24	30	1.97
12170016--12170068	26	2.0	26	96	0	97	30	18	22	28	1.98
12170042--12170538	159	3.1	158	75	4	473	23	29	27	19	1.98
12172625--12172677	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12172809--12172861	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12172624--12172964	184	1.8	185	86	3	499	24	29	26	19	1.99
12172834--12173148	170	1.9	170	80	4	375	22	31	26	19	1.98
12173201--12173704	159	3.2	157	75	9	439	24	30	25	19	1.98
12173678--12173730	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
12173532--12173888	184	1.9	184	82	3	450	23	28	26	21	1.99
12172973--12174232	501	2.5	501	81	4	1361	24	29	25	21	1.99
12173821--12174111	159	1.8	159	83	5	392	25	30	24	19	1.98
12175037--12175089	26	2.0	26	85	0	70	24	18	24	32	1.97
12175234--12175673	158	2.8	157	79	4	501	24	31	26	17	1.97
12176419--12176471	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
          17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31   32   
          33   34   35   36   37   38   39   40   41   42   43   44   45   46   47   48   
          49   50   51   52   53   54   55   56   57   58   59   60   61   62   63   64   
          65   66   67   68   69   70   71   72   73   74   75   76   77   78   79   80   
          81   82   83   84   85   86   87   88   89   90   91   92   93   94   95   96   
          97   98   99   100   101   102   103   104   105   106   107   108   109   110   111   112   
          113   114   115   116   117   118   119   120   121   122   123   124   125   126   127   128   
          129   130   131   132   133   134   135   136   137   138   139   140   141   142   143   144   
          145   146   147   148   149   150   151   152   153   154   155   156   157   158   159   160   
          161   162   163   164   165   166   167   168   169   170   171   172   173   174   175   176   
          177   178   179   180   181   182   183   184   185   186   187   188   189   190   191   192   
          193   194   195   196   197   198   199   200   201   202   203   204   205   206   207   208   
          209   210   211   212   213   214   215   216   217   218   219   220   221   222   223   224   
          225   226   227   228   229   230   231   232   233   234   235   236   237   238   239   240   
          241   242   243   244   245   246   247   248   249   250   251   252   253   254   255   256   
          257   258   259   260   261   262   263   264   265   266   267   268   269   270   271   272   
          273   274   275   276   277   278   279   280   281   282   283   284   285   286   287   288   
          289   290   291   292   293   294   295   296   297   298   299   300   301   302   303   304   
          305   306   307   308   309   310   311   312   313   314   315   316   317   318   319   320   
          321   322   323   324   325   326   327   328   329   330   331   332   333   334   335   336   
          337   338   339   340   341   342   343   344   345   346   347   348   349   350   351   352   
          353   354   355   356   357   358   359   360   361   362   363   364   365   366   367   368   
          369   370   371   372   373   374   375   376   377   378   379   380   381   382   383   384   
          385   386   387   388   389   390   391   392   393   394   395   396   397   398   399   400   
          401   402