genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.357.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  357  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32671503--32671556	27	2.0	27	89	3	83	29	27	18	24	1.98
32671135--32672534	344	4.2	343	78	6	1381	20	27	28	24	1.99
32671530--32672181	159	4.1	157	74	6	487	18	26	30	23	1.98
32671530--32673059	317	4.7	316	74	10	1089	19	27	29	23	1.98
32671186--32672680	661	2.3	660	81	2	1701	20	27	29	23	1.99
32672255--32672690	159	2.8	159	81	2	468	19	29	28	22	1.98
32672192--32672690	158	3.2	157	78	4	511	20	28	28	23	1.99
32672663--32672716	26	2.1	26	92	0	90	24	25	22	27	2.00
32673540--32673592	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32673573--32674068	159	3.1	159	77	10	471	21	27	27	22	1.99
32674042--32674094	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
32674409--32674461	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32673503--32675829	869	2.7	868	81	4	2546	21	26	28	23	1.99
32675291--32675343	26	2.0	26	96	0	97	26	26	22	24	2.00
32675775--32675827	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
32677334--32677385	26	2.0	26	88	7	79	28	26	17	26	1.97
32677359--32677950	159	3.7	158	75	7	439	21	26	29	22	1.99
32678006--32678084	26	3.0	26	94	0	140	25	29	21	24	1.99
32678132--32678561	159	2.7	158	81	4	481	17	28	30	23	1.97
32678055--32678559	158	3.2	157	78	6	543	19	27	30	23	1.98
32678533--32678585	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32678379--32680379	913	2.2	906	85	3	2750	25	23	23	26	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32680168--32680220	26	2.0	26	88	0	79	32	22	16	28	1.96
32680535--32680587	26	2.0	26	85	7	72	32	28	15	24	1.95
32680719--32680771	26	2.0	26	88	0	79	26	20	20	32	1.98
32680521--32680929	184	2.2	184	80	3	439	21	24	27	25	2.00
32681222--32681271	26	1.9	26	88	8	75	32	18	14	36	1.90
32681064--32681428	183	2.0	184	85	1	491	22	23	27	26	1.99
32682085--32682137	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
32682707--32683265	158	3.5	156	76	5	503	20	28	27	23	1.99
32682222--32684106	841	2.2	838	81	4	2134	20	26	28	24	1.99
32683242--32683291	26	1.9	26	92	8	84	26	24	20	30	1.98
32683712--32684140	157	2.7	157	77	6	404	20	24	27	27	1.99
32684408--32684459	26	2.0	26	88	0	77	30	26	13	28	1.94
32684433--32684830	158	2.5	158	76	7	412	22	26	29	21	1.99
32684902--32684954	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32685628--32685680	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32686835--32686887	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32687424--32688012	159	3.7	159	76	6	539	19	27	30	23	1.98
32687448--32688181	316	2.3	318	83	1	927	19	26	29	23	1.98
32687595--32688180	159	3.7	156	73	9	425	19	26	29	24	1.98
32688154--32688206	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32688887--32688939	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32691549--32691600	26	2.0	26	85	7	70	28	25	15	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32691301--32691682	197	1.9	197	81	1	451	21	26	25	25	2.00
32691892--32691943	26	2.0	26	81	7	61	26	23	21	28	1.99
32692014--32692046	11	3.0	11	90	0	57	18	24	36	21	1.95
32692625--32692674	26	1.9	26	91	0	82	26	32	14	28	1.94
32693190--32693240	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
32697161--32697213	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
32697921--32698413	158	3.1	157	76	4	504	20	27	29	22	1.98
32698562--32698921	158	2.3	158	76	3	366	19	25	29	25	1.98
32697852--32698936	500	2.2	501	82	3	1292	19	25	29	24	1.99
32698896--32698948	26	2.0	26	85	7	72	28	20	20	30	1.98
32699932--32699984	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
32700856--32700907	26	2.0	25	85	10	70	26	25	21	26	1.99
32702032--32702084	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
32702399--32702836	159	2.8	159	76	5	355	19	26	29	24	1.98
32703522--32703571	26	1.9	26	95	0	91	26	24	20	30	1.98
32704221--32704753	158	3.4	158	77	6	592	19	27	29	24	1.98
32704727--32704779	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
32705439--32705491	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32706657--32706709	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32708057--32708109	26	2.0	26	96	0	97	28	18	20	32	1.97
32707624--32708722	355	3.1	339	73	14	881	20	26	29	23	1.99
32708486--32708956	159	3.0	158	77	6	493	19	27	30	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32709638--32709690	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
32709980--32710031	26	2.0	26	88	0	77	28	26	17	26	1.97
32710760--32710810	26	2.0	26	84	7	68	29	25	17	27	1.98
32710420--32711830	501	2.8	500	86	1	1889	21	26	28	23	1.99
32711761--32711813	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
32711832--32711885	21	2.6	21	100	0	108	22	27	24	25	2.00
32712133--32712276	73	2.0	73	82	5	175	27	22	33	17	1.96
32712349--32712401	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
32712554--32712610	26	2.2	26	84	6	80	28	21	19	31	1.97
32713399--32714036	159	3.9	159	75	6	455	18	27	30	22	1.98
32714009--32714061	26	2.0	26	85	7	72	28	24	16	30	1.97
32714651--32715013	171	2.1	171	81	5	421	18	28	29	23	1.98
32715489--32715820	170	1.9	171	84	1	434	21	26	28	23	1.99
32715899--32715948	26	1.9	26	87	0	73	24	26	20	30	1.98
32716005--32716423	158	2.7	158	76	6	429	18	27	28	25	1.98
32717722--32717774	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32717919--32717971	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32717978--32718289	159	2.0	158	83	1	401	19	27	31	21	1.97
32718262--32718314	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
32718983--32719061	26	3.0	26	87	7	108	29	30	15	25	1.96
32719822--32719877	26	2.2	26	93	0	94	28	28	19	23	1.98
32719851--32720337	159	3.1	157	75	4	478	18	27	31	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32720326--32720376	26	2.0	26	84	0	66	27	19	19	33	1.96
32720402--32720429	12	2.3	12	100	0	56	35	32	32	0	1.58
32720607--32720916	159	2.0	158	84	4	410	17	27	32	23	1.96
32721031--32721692	159	4.2	158	77	4	566	19	27	31	22	1.97
32721031--32721633	156	3.8	156	79	4	469	18	26	30	23	1.98
32722344--32722396	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
32722845--32722897	26	2.0	26	85	0	70	22	20	22	33	1.97
32723727--32723805	26	3.0	26	88	3	115	26	22	20	30	1.98
32724466--32724518	26	2.0	26	85	7	72	30	26	16	26	1.97
32724531--32724996	159	2.9	159	78	5	483	18	29	30	21	1.97
32724968--32725020	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
32725360--32725864	158	3.2	157	77	6	527	20	27	29	23	1.98
32726555--32726606	26	2.0	26	92	0	86	26	30	17	25	1.97
32727053--32727105	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
32733563--32733615	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
32734090--32734142	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
32735217--32735269	26	2.0	26	85	7	72	30	24	16	28	1.97
32735443--32735478	12	2.9	12	91	4	54	13	30	16	38	1.88
32735951--32736003	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
32736295--32736346	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
32736412--32736452	19	2.2	19	95	0	73	29	26	17	26	1.97
32737649--32738018	158	2.3	158	82	3	433	21	24	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32738163--32738215	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32738657--32738712	26	2.2	26	87	6	78	30	23	19	26	1.98
32738113--32739237	497	2.2	498	82	5	1338	20	25	28	24	1.99
32738686--32739187	158	3.2	158	77	4	454	20	25	29	24	1.99
32738798--32739189	159	2.5	159	79	5	407	19	26	29	23	1.98
32739161--32739213	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
32740046--32740098	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
32740072--32740573	158	3.2	158	73	7	446	20	27	27	24	1.99
32740915--32740967	26	2.0	26	92	0	88	30	26	16	26	1.97
32740019--32742338	869	2.7	871	80	4	2566	21	26	27	23	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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