genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.321.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  321  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29887746--29887798	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
29887905--29888300	157	2.5	156	78	6	411	22	30	27	20	1.98
29887905--29888400	159	3.1	156	75	5	442	21	30	27	19	1.98
29889447--29889496	26	1.9	26	91	0	82	26	16	30	28	1.96
29889414--29889794	197	1.9	196	79	4	428	24	28	25	22	2.00
29890047--29890074	13	2.2	13	100	0	56	14	25	53	7	1.66
29890168--29890220	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
29890510--29890561	26	2.0	26	84	0	68	25	17	26	30	1.97
29890719--29890771	26	2.0	26	89	7	81	33	18	20	26	1.96
29890744--29891310	159	3.6	158	82	3	611	22	31	28	17	1.97
29891587--29891639	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29890193--29892042	868	2.1	867	84	2	2406	23	30	27	19	1.98
29892464--29892536	26	2.8	26	91	0	119	28	17	23	30	1.97
29892516--29892850	159	2.1	158	81	5	390	23	29	26	20	1.99
29892824--29892876	26	2.0	26	100	0	106	30	20	22	26	1.98
29893554--29893603	26	1.9	26	88	8	75	30	18	24	28	1.97
29893896--29893948	26	2.0	26	82	13	65	26	18	26	28	1.98
29894092--29894141	26	1.9	26	88	8	75	28	20	24	28	1.99
29894255--29894611	158	2.3	158	79	6	359	22	29	25	22	1.99
29894592--29894643	26	2.0	26	92	3	88	25	21	26	26	1.99
29894971--29895023	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29895472--29895524	26	2.0	26	92	0	88	28	18	26	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29896197--29896249	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29896746--29896801	26	2.2	26	90	6	87	32	19	19	28	1.97
29896771--29897201	159	2.7	160	75	5	406	24	30	25	19	1.98
29897250--29897302	26	2.0	26	88	0	79	26	20	24	28	1.99
29897656--29898071	159	2.6	159	75	7	398	25	28	26	19	1.99
29898842--29899259	159	2.6	159	80	6	474	25	29	26	18	1.98
29899330--29899381	25	2.0	26	85	10	72	28	19	23	28	1.98
29900737--29900789	26	2.0	26	88	0	79	32	20	22	24	1.98
29900762--29901067	158	1.9	158	80	5	350	23	31	27	17	1.97
29901080--29901132	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29902864--29902914	26	2.0	26	84	7	68	35	17	17	29	1.93
29902890--29903231	157	2.2	157	83	4	422	24	28	25	21	1.99
29903205--29903257	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29902325--29903638	550	2.4	550	81	3	1415	24	27	26	22	2.00
29903439--29903942	159	3.2	158	74	6	428	23	27	27	22	1.99
29903916--29903968	26	2.0	26	92	0	88	24	16	30	28	1.97
29904626--29905336	342	2.1	342	78	5	722	23	28	25	21	1.99
29904993--29905421	159	2.7	157	78	4	470	24	29	27	19	1.98
29905480--29905532	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
29905823--29905873	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
29905286--29906568	364	3.6	360	77	9	1127	22	29	26	20	1.99
29906768--29907107	184	1.8	184	86	3	497	23	28	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29908673--29908723	26	2.0	26	92	7	86	31	19	21	27	1.97
29914866--29914918	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
29915759--29916138	170	2.2	170	80	3	397	20	32	27	19	1.97
29915986--29916665	158	4.3	157	78	4	605	23	31	27	17	1.97
29915812--29916665	317	2.7	316	74	7	797	23	31	27	18	1.97
29916639--29916691	26	2.0	26	85	7	72	26	20	26	26	1.99
29917532--29917584	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29917558--29918059	158	3.2	157	74	7	442	24	28	26	20	1.99
29918033--29918085	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29917716--29918451	343	2.1	343	83	2	931	24	29	26	19	1.99
29918376--29918428	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29919232--29919284	26	2.0	26	92	0	88	22	20	30	26	1.98
29919955--29920007	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29920456--29920508	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29920139--29920824	343	2.0	342	84	1	908	23	30	27	18	1.98
29920481--29920875	157	2.5	159	80	3	438	23	30	28	18	1.97
29921187--29921680	159	3.1	158	76	7	412	23	30	26	19	1.98
29921654--29921706	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
29922378--29922430	26	2.0	26	85	0	70	28	20	24	26	1.99
29924039--29924090	21	2.5	21	90	0	77	42	25	30	1	1.66
29929476--29929528	26	2.0	26	85	0	70	26	13	26	33	1.93
29930559--29930611	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29930938--29930993	26	2.2	26	87	12	80	28	16	23	32	1.96
29930963--29931783	317	2.6	313	85	4	1054	22	30	28	19	1.98
29930963--29931783	158	5.2	159	78	5	777	22	30	28	19	1.98
29932155--29932204	26	1.9	26	88	8	75	34	16	22	28	1.95
29932485--29932537	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
29933988--29934058	26	2.7	26	95	0	124	26	18	28	26	1.98
29934119--29934662	159	3.4	156	76	5	543	23	31	27	18	1.97
29934762--29934811	26	1.9	26	92	8	84	34	20	22	24	1.97
29935118--29935170	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29935603--29935655	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
29935457--29935805	184	1.9	184	79	3	389	22	30	27	19	1.98
29935628--29936374	159	4.7	159	77	4	704	22	29	29	18	1.97
29936433--29936485	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
29936774--29936829	26	2.2	26	90	0	85	26	17	26	28	1.98
29937560--29937612	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
29938047--29938099	26	2.0	26	85	0	70	26	15	28	30	1.96
29938224--29938829	159	3.8	156	76	6	551	22	30	29	18	1.97
29938888--29938940	26	2.0	26	86	13	74	28	18	26	26	1.98
29939229--29939281	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
29939636--29940135	158	3.2	157	74	5	418	23	28	27	20	1.99
29940831--29940883	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
29941040--29941096	26	2.2	26	84	6	80	31	17	21	29	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29942603--29942655	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
29942812--29942863	26	2.0	25	92	3	86	28	19	23	28	1.98
29941858--29943395	704	2.2	701	82	4	1812	24	28	25	21	1.99
29943308--29943359	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
29943161--29943578	183	2.3	182	85	4	529	25	27	25	20	1.99
29943490--29943542	26	2.0	26	88	0	79	28	18	26	26	1.98
29942444--29944298	888	2.1	887	89	3	2856	24	27	26	20	1.99
29944196--29944247	26	2.0	26	88	7	79	25	15	28	30	1.96
29944563--29944615	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29944953--29945318	159	2.3	159	79	3	396	25	29	25	19	1.98
29944963--29945374	159	2.6	159	78	1	378	24	29	27	18	1.98
29946142--29946220	26	3.0	26	92	3	133	30	21	22	25	1.99
29946194--29946695	158	3.2	158	75	5	467	23	28	27	20	1.99
29946669--29946721	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
29947427--29947910	158	3.1	153	77	7	443	21	30	27	20	1.98
29948614--29948691	26	3.0	26	83	5	88	32	17	21	28	1.96
29948675--29949166	158	3.1	155	74	7	452	22	30	26	20	1.98
29949140--29949192	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
29949862--29949915	26	2.0	27	86	10	76	29	18	24	27	1.98
29950046--29950395	159	2.2	159	78	6	395	24	30	26	18	1.98
29950369--29950426	26	2.2	27	90	9	93	24	20	25	29	1.99
29950749--29950801	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
29951426--29951476	26	2.0	26	88	7	77	31	15	23	29	1.95
29951269--29951732	185	2.5	183	81	5	515	25	28	27	18	1.98
29952856--29952906	25	2.0	25	92	7	86	29	17	23	29	1.97
29953353--29953405	26	2.0	26	82	7	63	30	18	20	30	1.97
29954680--29954732	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
29956277--29956624	159	2.2	159	82	2	405	23	30	27	18	1.98
29956336--29956696	159	2.3	159	81	1	429	22	31	29	16	1.96
29956755--29956807	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
29957097--29957150	26	2.1	26	89	6	83	25	14	27	31	1.95
29957526--29957575	26	1.9	26	83	0	64	32	18	22	28	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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