genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.202.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  202  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21201648--21201700	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21202344--21202396	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
21202369--21202870	159	3.2	158	78	5	505	22	28	27	21	1.99
21202844--21202896	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21202660--21203178	277	1.9	279	83	4	690	23	28	27	20	1.99
21202980--21203385	184	2.2	182	82	3	476	25	30	25	18	1.98
21203039--21203478	184	2.4	183	80	4	481	24	31	25	19	1.98
21203777--21203827	26	2.0	26	84	0	66	23	11	31	33	1.91
21204132--21204184	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21203586--21204274	356	1.9	356	84	2	927	23	26	28	20	1.99
21204341--21204392	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
21204366--21204866	158	3.2	155	75	8	404	25	28	25	20	1.99
21204840--21204892	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
21205222--21205722	158	3.2	157	77	9	513	23	29	27	19	1.98
21206418--21206469	26	2.0	25	88	3	77	30	19	23	26	1.98
21206760--21206837	26	3.0	26	92	0	129	24	16	29	29	1.97
21207495--21207546	25	2.0	26	92	3	88	25	15	26	32	1.95
21208217--21208266	26	1.9	26	84	8	66	28	24	26	22	1.99
21208594--21208646	26	2.0	26	82	7	63	28	20	22	28	1.99
21208619--21209393	329	2.4	329	79	3	826	24	28	26	20	1.99
21209301--21209961	354	1.9	354	80	3	774	23	28	27	21	1.99
21211971--21212023	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21211997--21212497	159	3.2	157	72	11	349	23	27	27	21	1.99
21212472--21212524	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21212852--21212904	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
21213571--21213623	26	2.0	26	92	7	90	30	18	24	26	1.98
21213755--21213808	27	2.0	26	92	3	90	27	20	24	27	1.99
21213539--21214160	185	3.3	180	76	9	566	23	27	25	22	2.00
21213473--21214160	379	1.8	378	83	4	927	23	27	25	22	2.00
21214448--21215368	517	1.8	501	80	6	1114	23	27	26	22	1.99
21217387--21217437	26	2.0	26	92	0	84	27	15	29	27	1.96
21219892--21219944	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
21219804--21220275	184	2.6	182	82	4	552	23	26	27	22	2.00
21220577--21220629	26	2.0	26	88	0	79	26	16	24	32	1.97
21220674--21220713	15	2.7	15	92	0	62	25	25	45	5	1.73
21220938--21220990	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21221354--21222346	355	2.8	356	76	9	995	23	29	25	21	1.99
21222041--21222661	159	3.8	165	74	10	503	23	30	26	18	1.98
21222213--21222695	159	3.0	159	76	7	505	22	31	27	19	1.98
21223243--21223289	24	2.0	24	100	0	94	23	42	17	17	1.88
21223415--21223467	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
21223440--21223868	159	2.7	157	80	4	495	22	31	29	17	1.96
21231632--21231684	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21231990--21232042	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21233220--21233649	159	2.7	156	77	4	421	24	30	28	16	1.97
21233698--21233750	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21233723--21234091	171	2.2	171	80	3	404	22	27	26	23	1.99
21234065--21234117	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
21234091--21234592	158	3.2	157	75	3	515	22	30	27	19	1.98
21235288--21235778	157	3.1	157	79	6	483	23	30	26	18	1.98
21235760--21235810	26	2.0	26	88	7	77	27	13	25	33	1.94
21235981--21236412	159	2.7	158	80	3	458	22	31	28	17	1.97
21236458--21236513	26	2.2	26	93	0	94	26	19	25	28	1.99
21235267--21236905	698	2.4	694	80	5	1634	23	29	26	20	1.99
21237874--21237926	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
21238171--21239055	354	2.5	341	80	5	929	22	30	26	19	1.98
21238171--21239407	354	3.5	346	77	8	926	23	30	26	19	1.98
21239116--21239582	161	2.9	155	76	10	433	24	30	27	18	1.98
21239593--21239645	26	2.0	26	92	0	88	26	20	28	24	1.99
21240319--21240765	159	2.8	159	76	6	451	23	31	26	18	1.97
21240795--21240847	26	2.0	26	96	0	97	26	18	26	28	1.98
21240478--21241561	343	3.1	339	81	6	1146	22	30	27	19	1.98
21241138--21241190	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
21241691--21241988	160	1.9	158	82	4	375	22	30	28	18	1.97
21241998--21242047	26	1.9	26	91	0	82	30	20	26	24	1.98
21242486--21243889	343	4.1	341	74	12	1238	22	28	28	20	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21243358--21243850	158	3.1	157	78	5	517	20	28	29	21	1.98
21250456--21250506	26	2.0	26	84	7	68	29	19	21	29	1.98
21250652--21250704	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
21252259--21252309	26	2.0	26	88	7	77	29	19	21	29	1.98
21252475--21252574	50	2.0	50	96	0	182	35	19	25	21	1.96
21252839--21252891	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
21254516--21255019	159	3.2	159	76	5	378	24	31	25	19	1.98
21254993--21255044	26	2.0	26	92	0	86	26	19	26	26	1.99
21255361--21255411	26	2.0	26	84	7	68	31	13	23	31	1.93
21255387--21255885	158	3.2	158	76	8	460	24	29	26	19	1.99
21255861--21255910	25	2.0	26	88	4	75	32	14	22	32	1.93
21256581--21256633	26	2.0	26	96	0	97	32	20	20	26	1.98
21256798--21256850	26	2.0	26	92	0	88	26	16	26	30	1.97
21258226--21258278	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21258578--21258630	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
21258059--21258909	355	2.4	352	80	6	907	24	28	26	20	1.99
21258603--21258922	171	1.9	170	80	3	383	23	28	26	21	1.99
21258900--21258946	24	2.0	24	91	0	76	6	31	23	38	1.80
21258994--21259496	158	3.2	155	74	10	408	23	28	26	21	1.99
21259470--21259522	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
21261370--21261422	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21261395--21261921	156	3.3	156	77	7	483	23	29	26	19	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21262566--21262616	26	2.0	26	88	7	77	29	19	21	29	1.98
21263096--21263148	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21263477--21263529	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
21265398--21265450	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
21265752--21266070	171	1.9	170	82	3	399	23	28	26	21	1.99
21266040--21266095	24	2.3	24	81	0	67	7	33	25	33	1.83
21266618--21266670	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
21268519--21268571	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21268544--21269070	156	3.3	156	77	7	442	23	30	26	19	1.98
21269713--21269765	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
21270194--21270272	26	3.0	26	92	0	131	27	21	25	25	1.99
21270968--21271384	158	2.6	158	76	5	446	24	29	27	18	1.98
21271444--21271496	26	2.0	26	88	0	79	24	20	28	26	1.99
21271812--21271864	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
21271262--21272093	368	2.3	361	83	4	966	23	28	26	20	1.99
21272179--21272232	26	2.1	26	82	6	65	29	20	22	27	1.98
21272363--21272415	26	2.0	26	92	0	88	26	16	24	32	1.97
21273083--21273161	26	3.0	26	90	7	117	29	18	24	27	1.98
21273296--21273343	25	1.9	25	91	0	78	25	20	29	25	1.99
21273453--21273788	158	2.1	158	82	2	397	22	30	27	19	1.98
21274382--21274434	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
21274223--21274618	184	2.2	184	84	2	510	22	27	27	22	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
21274566--21274644	26	3.0	26	94	0	131	27	18	25	27	1.98
21275313--21275365	26	2.0	26	85	7	72	33	20	20	24	1.97
21275800--21275853	27	2.0	27	89	3	83	27	20	25	25	1.99
21275957--21276266	159	2.0	158	83	3	374	22	29	29	18	1.98
21276316--21276366	26	2.0	26	92	0	84	25	15	29	29	1.96
21277560--21277612	26	2.0	26	96	0	97	33	22	18	24	1.97
21277586--21278085	159	3.2	155	73	8	445	24	29	26	19	1.99
21278601--21278905	159	1.9	159	79	1	342	23	29	30	16	1.96
21278910--21278960	26	2.0	26	92	0	84	25	19	25	29	1.99
21279276--21279328	26	2.0	26	88	0	79	30	18	24	26	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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