genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.375.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  375  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34159360--34159412	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
34159471--34159852	171	2.2	170	83	4	482	19	23	30	26	1.98
34159911--34159963	26	2.0	26	88	0	79	26	26	18	28	1.98
34160681--34160733	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34161867--34161919	26	2.0	26	82	13	65	30	22	18	28	1.98
34163320--34163372	26	2.0	26	85	7	72	26	20	22	30	1.98
34163383--34163849	159	2.9	160	74	7	378	22	28	26	22	1.99
34163821--34163873	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
34164494--34164922	184	2.3	184	84	4	535	21	25	27	25	1.99
34164850--34165442	158	3.8	156	75	4	490	20	27	29	22	1.98
34165703--34166075	158	2.4	158	78	8	371	20	26	28	24	1.99
34166284--34166309	13	2.0	13	100	0	52	15	38	15	30	1.88
34166900--34166952	26	2.0	26	88	0	79	26	24	18	30	1.98
34167452--34167851	213	1.9	213	82	0	512	20	23	29	26	1.99
34168886--34169247	158	2.3	157	78	7	365	20	25	28	25	1.99
34169216--34169268	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34169939--34169991	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
34170158--34170429	146	1.9	147	83	2	359	21	28	27	22	1.99
34170787--34170839	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
34171548--34171598	25	2.0	26	92	3	86	33	27	13	25	1.94
34171701--34171990	159	1.8	159	78	3	332	20	25	31	22	1.98
34173056--34173107	26	2.0	25	92	3	86	26	21	21	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34173436--34173488	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
34173500--34173962	158	2.9	158	77	4	380	19	26	30	24	1.98
34173935--34173993	26	2.3	26	96	0	109	28	20	22	28	1.98
34174127--34174179	26	2.0	26	89	7	81	26	22	22	28	1.99
34174153--34174521	171	2.2	170	76	4	366	20	24	29	24	1.99
34174659--34174849	95	2.0	95	96	0	355	24	22	34	18	1.97
34174754--34175113	159	2.3	159	79	2	373	20	26	28	24	1.99
34175087--34175139	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34177200--34177251	26	2.0	26	88	7	79	25	15	28	30	1.96
34177932--34177984	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
34177957--34178389	159	2.7	157	75	7	399	24	29	27	18	1.98
34179336--34179388	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
34179177--34179539	184	2.0	184	84	0	483	25	28	25	19	1.99
34179840--34180132	159	1.8	159	78	4	331	23	28	29	18	1.98
34180172--34180222	26	2.0	26	84	7	68	31	17	23	27	1.97
34179783--34180454	356	1.9	356	81	4	818	23	28	27	20	1.99
34180198--34180584	159	2.4	159	79	5	397	24	30	27	18	1.98
34180482--34180661	100	1.8	100	90	0	288	25	31	23	18	1.98
34180482--34180682	100	2.0	100	87	0	285	24	31	25	18	1.98
34180773--34180825	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34181506--34181558	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
34180578--34181975	368	3.8	367	81	4	1502	23	27	27	21	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34181886--34181938	26	2.0	26	85	7	72	32	20	20	26	1.98
34184007--34184059	26	2.0	26	92	7	90	30	16	22	30	1.96
34184874--34184926	26	2.0	26	85	7	72	32	16	24	26	1.97
34185692--34185741	26	1.9	26	91	0	82	26	20	28	26	1.99
34186680--34186732	26	2.0	26	89	7	81	26	15	26	32	1.95
34187386--34187437	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
34187727--34188096	184	2.0	184	84	1	481	22	29	25	21	1.99
34187912--34188260	158	2.2	158	84	6	465	23	29	25	21	1.99
34187970--34188276	159	1.9	158	86	3	438	23	29	26	20	1.99
34187912--34188422	158	3.2	158	79	7	423	25	28	25	20	1.99
34188946--34188976	11	2.8	11	95	0	53	19	35	25	19	1.95
34189773--34190146	158	2.4	158	79	2	401	23	29	27	19	1.98
34190986--34191424	158	2.8	158	76	6	440	23	29	28	18	1.98
34191974--34192026	26	2.0	26	92	0	88	24	22	28	24	2.00
34192696--34192748	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
34193675--34193727	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34200092--34200141	26	1.9	26	87	0	73	26	18	28	28	1.98
34200810--34200862	26	2.0	26	89	7	81	28	20	22	28	1.99
34201003--34201753	355	2.1	355	81	1	860	25	29	25	20	1.99
34200999--34201841	355	2.4	352	77	6	849	24	29	25	20	1.99
34201519--34202018	185	2.7	184	81	2	554	25	28	26	20	1.99
34203083--34203135	26	2.0	26	89	7	81	28	22	22	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34203583--34203635	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
34203697--34203990	159	1.8	159	89	2	457	23	30	27	18	1.98
34203689--34204052	159	2.3	159	82	2	453	23	29	28	18	1.98
34204098--34204150	26	2.0	26	88	0	79	28	20	22	28	1.99
34204774--34205158	159	2.4	158	79	5	402	24	30	26	18	1.98
34205513--34205879	183	2.0	182	82	4	436	23	27	26	22	1.99
34205697--34206195	157	3.2	155	71	6	396	22	29	27	20	1.99
34206169--34206224	26	2.2	26	93	6	96	26	17	23	32	1.97
34207168--34207223	26	2.2	26	93	0	94	28	17	23	30	1.97
34207509--34207561	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
34206852--34207613	341	2.2	340	82	3	888	23	28	27	20	1.99
34210482--34210775	159	1.8	159	86	2	430	24	28	26	20	1.99
34210473--34210827	159	2.2	159	82	3	419	25	27	28	19	1.99
34210883--34210935	26	2.0	26	96	0	97	28	16	24	30	1.97
34211573--34211981	159	2.6	159	80	3	414	23	30	27	18	1.97
34212346--34212396	26	2.0	26	88	7	77	27	11	25	35	1.91
34213875--34213927	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
34214400--34214452	26	2.0	26	88	0	79	22	18	28	30	1.98
34214593--34214873	155	1.8	155	82	5	363	25	29	26	17	1.98
34215066--34215118	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
34215434--34215486	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
34221995--34222047	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34222526--34222891	182	2.0	182	84	3	477	23	27	27	22	1.99
34223182--34223237	26	2.2	26	90	6	87	28	17	21	32	1.96
34223686--34224206	157	3.3	153	77	8	465	23	29	26	19	1.98
34224180--34224236	26	2.2	26	93	0	96	28	17	24	29	1.97
34222520--34224462	499	3.9	495	73	10	1526	23	29	27	20	1.99
34224206--34224548	158	2.2	158	78	5	361	21	28	28	20	1.98
34224522--34224574	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
34223865--34224647	342	2.3	342	83	3	968	22	28	28	20	1.98
34225219--34225268	26	1.9	26	91	0	82	32	20	22	26	1.98
34225242--34226059	158	5.2	157	74	6	655	23	29	27	19	1.98
34225241--34226056	316	2.6	318	84	2	1000	23	29	27	19	1.98
34226033--34226085	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
34226902--34226954	26	2.0	26	88	0	79	26	15	26	32	1.95
34227624--34227676	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34227649--34228014	159	2.3	159	74	4	353	25	27	26	20	1.99
34228126--34228181	26	2.2	26	90	0	85	25	21	25	28	1.99
34229633--34229685	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34229658--34230157	159	3.2	154	78	6	470	23	31	26	19	1.98
34230131--34230196	26	2.5	26	92	4	98	24	18	28	28	1.98
34230524--34230593	26	2.7	26	100	0	140	30	20	24	25	1.99
34232264--34232316	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
34232852--34233346	159	3.1	156	75	7	467	23	29	27	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34233320--34233372	26	2.0	26	85	7	72	24	15	28	32	1.95
34233699--34233751	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
34233725--34234219	159	3.1	157	78	4	501	22	30	26	19	1.98
34234203--34234253	26	2.0	26	88	0	75	25	15	29	29	1.96
34235536--34235588	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34236769--34236821	26	2.0	26	82	13	65	22	15	28	33	1.94
34237400--34237432	11	3.0	11	95	0	57	15	36	30	18	1.91
34237502--34237554	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
34237823--34238765	196	4.8	195	72	12	667	24	27	26	21	1.99
34238420--34238472	26	2.0	26	85	0	70	24	15	28	32	1.95

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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