genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.391.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  391  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35428587--35430523	502	3.8	503	79	5	1890	24	30	25	20	1.99
35430167--35430952	158	4.9	158	74	5	589	23	29	26	20	1.99
35428616--35430617	501	3.9	514	77	6	1224	24	30	25	20	1.99
35430167--35430917	319	2.4	314	81	4	833	24	29	26	19	1.99
35430962--35431014	25	2.1	26	85	3	72	22	16	28	32	1.96
35431692--35431744	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35431718--35432219	158	3.2	157	78	4	544	23	30	27	19	1.98
35431717--35432124	159	2.6	158	81	2	480	24	29	27	18	1.98
35432193--35432245	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
35432934--35433345	159	2.6	157	78	5	382	23	28	29	17	1.97
35434129--35434179	26	2.0	26	92	7	86	29	15	27	27	1.96
35434155--35434646	157	3.1	158	78	5	530	23	29	27	18	1.98
35435007--35435059	26	2.0	26	82	7	63	26	20	24	28	1.99
35435736--35436094	158	2.3	158	81	4	413	24	30	25	19	1.98
35435736--35436176	158	2.8	158	78	4	363	24	29	26	19	1.98
35436213--35436265	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
35435543--35436815	512	2.5	507	82	5	1432	23	28	26	20	1.99
35436238--35436739	159	3.2	157	74	8	406	23	28	27	20	1.99
35437776--35437826	26	2.0	26	92	0	84	27	21	23	27	1.99
35437973--35438399	157	2.7	157	75	7	402	25	30	26	17	1.97
35437971--35438472	158	3.2	156	73	8	426	24	29	25	19	1.98
35440113--35440165	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35440138--35440554	159	2.6	159	77	6	432	25	28	27	18	1.98
35440615--35440667	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
35440981--35441032	26	2.0	26	92	7	88	28	15	21	34	1.94
35442389--35442843	170	2.7	168	80	5	495	22	29	27	20	1.98
35442727--35443188	160	2.9	156	78	5	453	24	30	26	17	1.97
35441886--35443531	843	2.0	841	79	4	1789	24	29	26	20	1.99
35445597--35445647	26	2.0	26	92	7	86	31	13	27	27	1.94
35445623--35446038	159	2.6	159	77	6	430	25	28	27	18	1.98
35446097--35446175	26	3.0	26	90	0	131	26	15	26	31	1.95
35446492--35446544	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
35446675--35446727	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35447424--35447890	159	2.9	158	78	3	382	22	29	28	18	1.98
35448268--35448319	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
35448586--35449288	355	2.0	354	82	3	851	23	28	27	20	1.99
35448968--35449336	185	2.0	184	83	4	465	24	27	26	21	1.99
35447396--35449731	869	2.7	862	81	3	2762	24	28	26	20	1.99
35449153--35449597	159	2.8	157	74	7	423	24	28	27	19	1.98
35449627--35449679	26	2.0	26	89	7	81	26	20	28	24	1.99
35449826--35449878	26	2.0	26	85	0	70	30	20	24	24	1.99
35450168--35450220	26	2.0	26	92	0	88	28	20	22	28	1.99
35450891--35450943	26	2.0	26	85	7	72	28	18	22	30	1.98
35451374--35451452	26	3.0	26	94	0	131	25	16	27	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35452258--35452308	26	2.0	26	92	0	84	25	13	31	29	1.94
35453942--35453994	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
35454334--35454697	158	2.3	158	76	7	355	25	28	25	21	1.99
35454811--35454862	26	2.0	26	92	0	86	25	9	32	32	1.88
35455626--35455678	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
35456004--35456056	26	2.0	26	85	7	72	32	22	18	26	1.97
35456493--35456545	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
35458380--35458432	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35459272--35459324	26	2.0	26	89	7	81	30	22	22	24	1.99
35459773--35459825	26	2.0	26	85	0	70	28	15	24	32	1.95
35460492--35460570	26	3.0	26	94	3	133	29	18	24	27	1.98
35460544--35461045	158	3.2	158	75	6	462	23	29	26	20	1.99
35461019--35461071	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
35461574--35461874	159	1.9	159	81	2	372	19	27	30	22	1.98
35461861--35461910	26	1.9	26	88	8	75	26	20	22	32	1.98
35462409--35462772	158	2.3	159	78	3	367	21	25	28	24	1.99
35462744--35462796	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
35462942--35462992	26	2.0	26	92	7	86	29	27	19	23	1.98
35463281--35463333	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
35464470--35464521	26	2.0	26	84	0	68	25	21	21	32	1.98
35465194--35465243	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
35465904--35465956	26	2.0	26	85	7	72	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35466026--35466058	11	3.0	11	100	0	66	18	27	36	18	1.94
35466632--35466680	25	2.0	24	88	4	71	32	26	18	22	1.97
35467132--35467182	26	2.0	26	92	0	84	27	23	21	27	1.99
35467779--35468106	170	1.9	170	81	3	392	19	27	29	24	1.98
35468707--35468757	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
35469101--35469152	26	2.0	26	88	3	79	26	23	23	26	2.00
35469566--35469634	26	2.7	26	86	4	104	30	18	17	33	1.94
35472052--35472477	159	2.7	159	78	2	381	17	28	30	23	1.97
35472451--35472503	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
35472814--35472868	26	2.1	27	89	3	85	23	25	18	32	1.97
35472841--35473504	158	4.2	157	78	5	563	21	26	28	24	1.99
35473127--35473504	159	2.4	158	84	4	460	20	25	28	24	1.99
35473478--35473530	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
35474234--35474293	26	2.3	26	94	0	102	25	23	21	30	1.99
35476371--35476866	158	3.1	159	74	5	439	18	25	30	25	1.98
35476840--35476892	26	2.0	26	85	7	72	26	26	16	30	1.97
35477670--35477722	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
35477868--35477918	26	2.0	26	92	7	86	29	23	15	31	1.95
35478598--35478649	26	2.0	25	85	3	68	28	28	17	25	1.97
35478657--35478968	159	2.0	159	80	5	344	19	28	30	21	1.97
35478941--35478993	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
35478558--35480899	344	6.9	341	73	10	1541	20	27	29	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35479285--35479336	25	2.0	26	96	3	97	30	26	17	25	1.97
35479384--35480315	159	5.7	161	72	12	614	18	28	30	23	1.97
35479786--35479838	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
35479106--35480543	502	2.9	501	89	2	2121	19	27	30	23	1.98
35480288--35480340	26	2.0	26	82	13	65	32	26	15	26	1.95
35480624--35480676	26	2.0	26	88	0	79	32	30	15	22	1.94
35480724--35481152	158	2.7	157	81	4	497	17	28	29	24	1.97
35481412--35481440	11	2.6	11	100	0	58	34	34	20	10	1.87
35482019--35482071	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
35482045--35482564	157	3.3	155	77	7	517	20	26	28	24	1.99
35483179--35483257	26	3.0	26	100	0	158	26	22	20	30	1.98
35483205--35484216	380	2.7	378	80	4	1081	22	25	28	24	1.99
35483966--35484018	26	2.0	26	85	7	72	28	24	20	26	1.99
35484892--35485258	158	2.3	158	75	6	366	20	26	30	22	1.98
35485384--35485436	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
35486301--35486353	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
35486802--35486854	26	2.0	26	85	7	72	28	20	18	32	1.97
35486746--35487222	197	2.4	196	85	2	634	20	26	28	24	1.99
35487468--35487906	159	2.8	158	78	7	365	18	26	30	24	1.98
35487880--35487932	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
35488602--35488654	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
35488628--35489026	159	2.5	157	74	5	388	21	26	31	21	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35489457--35489509	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
35489480--35489987	159	3.2	159	79	3	515	20	26	28	24	1.99
35489959--35490011	26	2.0	26	89	7	81	24	20	22	32	1.98
35490626--35491029	159	2.5	159	75	4	402	20	26	27	25	1.99
35491001--35491053	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
35491367--35491419	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
35490937--35491608	366	1.9	353	82	5	835	19	27	29	23	1.98
35491866--35491918	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
35492599--35492651	26	2.0	26	85	0	70	28	28	16	26	1.97
35492547--35493305	342	2.2	342	83	1	921	20	27	27	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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