genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.389.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  389  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35262572--35264030	795	1.8	794	86	1	2141	23	27	26	22	2.00
35263820--35263872	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
35264004--35264056	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35267393--35268153	317	2.4	315	81	4	819	25	27	26	20	1.99
35267417--35267953	158	3.4	158	74	7	478	25	27	26	21	1.99
35267528--35268139	159	3.9	158	76	5	495	23	28	26	20	1.99
35267592--35268139	159	3.5	158	77	4	512	24	28	27	19	1.99
35267732--35268187	159	2.9	159	76	7	437	23	27	27	20	1.99
35269397--35269447	26	2.0	27	88	7	79	27	17	25	29	1.98
35269899--35269951	26	2.0	26	96	0	97	28	20	26	24	1.99
35271506--35271557	26	2.0	26	82	14	63	34	15	23	26	1.94
35271531--35271836	170	1.8	170	82	4	393	25	29	24	20	1.99
35271951--35272399	159	2.8	155	75	6	445	23	31	26	18	1.98
35272373--35272425	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
35272866--35272944	26	3.0	26	96	3	142	29	20	24	26	1.99
35273155--35273237	26	3.2	26	89	6	132	30	18	24	27	1.98
35273681--35273733	26	2.0	26	92	7	90	26	15	24	33	1.95
35273818--35274187	184	2.0	184	84	3	485	23	26	26	23	2.00
35274464--35274516	26	2.0	26	92	0	88	28	22	22	26	1.99
35273536--35274982	783	1.8	790	86	4	2078	23	26	26	23	2.00
35274772--35274824	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
35274956--35275008	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35274751--35275082	184	1.8	184	84	2	461	27	25	25	21	1.99
35276310--35276765	184	2.5	182	88	2	655	25	28	27	19	1.99
35279355--35279407	26	2.0	26	85	7	72	32	20	22	24	1.98
35279380--35279723	158	2.2	157	81	4	379	24	29	27	18	1.98
35279697--35279748	25	2.0	26	96	3	97	25	21	26	26	1.99
35280792--35280843	26	2.0	26	85	7	70	26	17	25	30	1.97
35280423--35281003	184	3.2	183	79	3	648	24	28	25	20	1.99
35280817--35281181	158	2.3	158	79	7	375	24	30	25	19	1.98
35281293--35281341	26	1.9	26	87	4	73	26	20	24	28	1.99
35281600--35281639	12	3.3	12	82	0	53	5	32	27	35	1.79
35281692--35282098	159	2.6	156	77	6	408	25	28	27	19	1.99
35282081--35282521	170	2.7	155	72	16	361	23	30	26	19	1.98
35282495--35282547	26	2.0	26	92	7	90	28	22	22	26	1.99
35282336--35282705	184	2.0	184	85	5	507	22	28	27	20	1.99
35282521--35283022	158	3.2	159	79	5	561	23	31	27	18	1.97
35282996--35283048	26	2.0	26	88	0	79	28	20	24	26	1.99
35283652--35283705	27	2.0	27	85	3	74	20	20	31	27	1.97
35283826--35284678	158	5.4	158	77	6	771	23	31	26	18	1.98
35283826--35284678	318	2.7	314	83	3	1016	23	31	26	18	1.98
35284653--35284704	26	2.0	25	88	3	77	28	21	21	28	1.98
35285179--35285229	26	2.0	26	88	7	77	31	19	19	29	1.97
35284335--35285431	527	2.1	527	80	3	1213	26	29	24	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35286240--35286292	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35286738--35286788	26	2.0	26	84	7	68	27	15	25	31	1.96
35286910--35287205	159	1.9	159	80	0	349	22	30	28	19	1.98
35287611--35287663	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
35288787--35288839	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
35288955--35289262	158	1.9	157	83	5	388	24	32	27	15	1.96
35289299--35289351	26	2.0	26	92	0	88	26	18	28	26	1.98
35290518--35290570	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
35297098--35297150	26	2.0	26	89	7	81	30	16	22	30	1.96
35297123--35297624	158	3.2	157	78	5	503	21	29	28	20	1.98
35297959--35298017	26	2.4	25	83	13	77	27	20	25	27	1.99
35298162--35298213	26	2.0	26	96	3	97	28	17	23	30	1.97
35297943--35298317	195	1.9	195	85	2	520	21	29	28	20	1.98
35298186--35298601	159	2.6	158	80	3	478	22	28	30	18	1.97
35298661--35298713	26	2.0	26	88	0	79	30	18	20	30	1.97
35299413--35299904	159	3.1	157	71	8	424	23	28	26	21	1.99
35299878--35299930	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
35299903--35300212	171	1.8	171	84	1	424	21	29	28	20	1.98
35300047--35300355	159	1.9	158	82	7	385	22	29	30	18	1.97
35300394--35300444	26	2.0	26	88	0	75	27	19	25	27	1.99
35301126--35301579	159	2.9	158	77	4	394	22	30	27	19	1.98
35301929--35301981	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35301407--35302372	354	2.7	344	81	9	984	23	29	25	20	1.99
35303521--35303573	26	2.0	26	100	0	106	26	20	26	26	1.99
35303362--35303908	185	3.0	182	83	3	693	24	30	26	18	1.98
35303731--35304177	159	2.8	156	75	6	405	21	29	29	19	1.97
35304208--35304262	26	2.1	26	89	0	83	27	16	25	30	1.96
35304496--35304548	26	2.0	26	85	7	72	30	20	22	26	1.98
35305005--35305056	26	2.0	25	92	3	86	25	21	26	26	1.99
35305664--35305714	26	2.0	26	88	0	75	25	19	25	29	1.99
35306028--35306080	26	2.0	26	92	0	88	24	22	26	26	2.00
35312270--35312322	26	2.0	26	85	7	72	32	18	22	26	1.97
35312296--35313117	159	5.1	157	74	9	593	22	29	27	20	1.99
35312295--35313117	329	2.6	316	81	4	914	22	29	27	20	1.99
35313253--35313305	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
35313278--35313595	170	1.9	170	80	3	381	20	28	29	21	1.98
35313620--35313671	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
35313644--35314145	159	3.2	158	77	4	537	22	30	28	18	1.97
35312613--35314223	506	3.2	507	76	10	1543	22	28	27	20	1.99
35314122--35314174	26	2.0	26	92	7	90	28	15	26	30	1.96
35313806--35314576	343	2.3	341	83	3	944	24	28	27	19	1.99
35314461--35314512	26	2.0	26	88	3	79	26	17	25	30	1.97
35315243--35315988	157	4.7	156	77	6	678	21	30	28	19	1.97
35315962--35316014	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35315647--35316505	355	2.4	343	77	8	913	22	30	26	19	1.98
35317551--35317603	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
35319815--35319866	26	2.0	26	96	0	95	32	15	17	34	1.91
35320711--35320763	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
35320527--35320854	181	1.8	182	81	5	414	27	26	25	20	1.99
35320807--35321098	157	1.9	159	85	7	418	26	33	23	15	1.95
35320807--35321161	157	2.3	159	79	9	388	26	33	23	16	1.96
35321198--35321250	26	2.0	26	89	7	81	26	24	24	24	2.00
35321863--35321915	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
35322730--35322782	26	2.0	26	89	7	81	32	15	22	30	1.94
35322825--35323250	159	2.7	157	79	5	455	21	31	28	18	1.97
35324627--35324679	26	2.0	26	89	7	81	26	22	24	26	2.00
35324652--35325058	159	2.6	156	76	8	387	24	30	27	17	1.97
35325705--35325757	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35329698--35330115	159	2.7	157	77	6	373	26	30	26	16	1.97
35330170--35330220	26	2.0	26	84	0	66	29	23	21	25	1.99
35331774--35331799	11	2.4	11	100	0	52	19	23	30	26	1.98
35331869--35331921	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
35332947--35333437	159	3.1	159	75	7	377	24	28	24	23	1.99
35332322--35334455	502	4.2	502	76	6	1835	24	29	25	20	1.99
35333950--35334731	159	4.9	157	74	6	581	25	30	25	18	1.98
35333950--35334634	320	2.2	317	81	4	788	25	30	25	18	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
35334084--35334728	320	2.0	320	82	3	780	25	31	24	18	1.98
35334746--35334798	26	2.0	26	85	0	70	22	16	30	30	1.96
35335467--35335519	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
35335492--35335866	158	2.4	158	78	4	407	25	29	26	18	1.98
35335492--35335893	159	2.5	157	77	5	407	26	28	26	18	1.98
35336391--35336443	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
35336340--35336897	184	3.0	183	80	6	582	25	28	25	21	1.99
35336555--35336909	197	1.8	197	81	3	455	26	28	24	20	1.99
35338165--35338215	26	2.0	26	84	7	68	31	9	23	35	1.87
35341213--35341569	184	1.9	184	83	2	457	24	29	24	21	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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