genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.352.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  352  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32260091--32260912	159	5.2	159	74	8	647	19	26	29	23	1.99
32261968--32262318	159	2.2	160	81	6	410	20	27	29	23	1.99
32261816--32262319	158	3.2	156	78	6	478	21	27	28	22	1.99
32262969--32263365	158	2.5	157	84	4	476	20	26	30	22	1.99
32263195--32263550	189	1.9	191	81	5	445	19	27	32	21	1.97
32263661--32263713	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
32263687--32264066	154	2.5	154	80	6	444	18	28	31	21	1.97
32263687--32264182	159	3.2	154	75	11	474	18	27	31	22	1.97
32264156--32264208	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
32264542--32264593	26	2.0	25	92	3	86	26	28	19	25	1.98
32272277--32272329	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32272303--32272797	159	3.1	157	75	6	505	22	30	28	18	1.97
32272778--32272831	27	2.0	27	89	3	83	25	16	27	29	1.97
32272963--32273016	26	2.1	26	92	0	90	33	20	20	25	1.97
32272621--32273175	185	3.0	184	79	6	616	24	29	26	20	1.99
32272989--32273415	159	2.7	159	78	5	450	25	30	26	17	1.97
32273466--32273518	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
32273636--32274037	158	2.5	158	75	7	357	25	29	26	18	1.98
32272302--32274520	685	3.3	670	78	7	1995	23	29	27	19	1.98
32274151--32274203	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
32274494--32274544	26	2.0	26	88	0	75	23	17	29	29	1.97
32273990--32274617	343	1.8	343	82	2	812	23	29	28	18	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32275113--32275165	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
32275809--32276347	158	3.4	156	72	7	408	25	28	25	19	1.99
32276630--32276682	26	2.0	26	88	0	79	28	18	24	28	1.98
32277111--32277160	26	2.0	24	88	7	73	26	12	34	28	1.92
32277118--32277173	26	2.2	26	86	0	76	25	16	30	28	1.96
32277498--32277550	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
32277644--32278014	159	2.3	159	78	5	401	22	30	25	21	1.99
32277988--32278040	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
32278870--32278918	25	1.9	26	91	4	82	28	20	24	26	1.99
32280434--32280486	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
32281940--32281991	26	2.0	26	92	7	88	28	19	25	26	1.98
32281965--32282323	159	2.3	159	78	3	391	24	30	26	19	1.98
32282441--32282493	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
32282805--32282883	26	3.0	26	96	3	142	29	20	24	26	1.99
32283015--32283067	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
32283395--32283447	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
32283591--32283643	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32283225--32283744	196	2.6	196	81	2	612	24	26	26	22	2.00
32284057--32284109	26	2.0	26	85	7	72	30	15	24	30	1.95
32284779--32284831	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
32285318--32285680	158	2.3	159	79	2	397	23	29	26	20	1.99
32285538--32285797	142	1.8	143	82	2	335	20	31	28	19	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32286777--32287278	159	3.2	156	77	8	451	23	29	26	19	1.99
32287961--32288012	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
32289539--32290030	158	3.1	158	75	9	401	23	30	27	18	1.97
32290735--32291233	159	3.1	158	76	4	511	24	28	25	20	1.99
32291324--32291651	170	1.9	171	83	5	423	22	30	26	20	1.98
32291358--32291723	170	2.1	170	80	3	405	21	31	26	20	1.98
32292577--32292628	26	2.0	26	88	0	77	25	15	28	30	1.96
32293324--32293700	157	2.4	156	78	6	375	24	28	26	20	1.99
32293798--32293850	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
32294202--32294597	159	2.5	159	76	3	393	22	29	28	19	1.98
32294679--32294731	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
32295060--32295112	26	2.0	26	85	0	70	24	20	26	28	1.99
32296489--32296541	26	2.0	26	85	7	72	30	18	24	26	1.98
32296516--32297014	157	3.2	153	76	6	430	23	30	26	19	1.98
32298057--32298108	26	2.0	26	92	0	86	34	15	23	26	1.94
32298450--32298499	26	1.9	26	91	0	82	26	20	28	26	1.99
32298830--32298881	26	2.0	26	88	7	79	26	19	23	30	1.98
32298861--32299352	159	3.1	157	77	8	496	23	29	27	19	1.98
32306909--32306961	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
32307265--32307317	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32307106--32307475	184	2.0	184	82	2	447	24	29	26	19	1.98
32307290--32307719	159	2.7	156	77	6	454	24	31	26	16	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32308488--32308539	26	2.0	26	88	7	79	32	17	23	26	1.96
32308512--32309051	159	3.4	158	73	7	389	24	30	26	19	1.98
32309159--32309211	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32309184--32309685	158	3.2	158	78	3	535	23	30	27	18	1.98
32309660--32309711	26	2.0	26	88	3	79	25	19	28	26	1.98
32310392--32310444	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
32310579--32310633	26	2.1	27	86	3	76	30	18	27	23	1.97
32311870--32311922	26	2.0	26	85	0	70	30	20	22	26	1.98
32312262--32312663	158	2.5	156	78	5	396	24	29	25	19	1.99
32312775--32313155	158	2.4	157	77	5	392	25	29	25	18	1.98
32312059--32313150	513	2.1	512	82	3	1318	24	29	25	20	1.99
32314360--32314412	26	2.0	26	92	7	90	26	26	20	26	1.99
32315202--32315254	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
32315399--32315451	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
32316461--32316513	26	2.0	26	82	7	63	33	24	13	28	1.93
32316805--32316857	26	2.0	26	85	7	72	32	28	13	26	1.93
32316089--32317152	344	3.1	340	81	3	1161	21	27	28	22	1.99
32316964--32317575	159	3.7	158	74	11	568	21	27	29	21	1.98
32316617--32317575	502	1.9	495	84	2	1276	21	28	28	22	1.99
32317307--32317359	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
32317761--32317813	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
32318487--32318539	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32319288--32319661	162	2.3	159	81	5	396	21	23	28	26	1.99
32320003--32320055	26	2.0	26	89	7	81	28	26	20	24	1.99
32319604--32320689	377	2.9	364	79	7	1171	22	26	28	23	1.99
32320893--32320945	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
32321650--32321705	24	2.3	24	87	0	85	23	21	42	12	1.86
32321813--32321862	26	1.9	26	87	0	73	28	30	18	24	1.97
32322710--32322761	26	2.0	26	84	0	68	30	28	13	26	1.94
32324560--32324943	159	2.4	157	82	3	448	19	28	30	22	1.98
32325061--32325112	26	2.0	26	96	0	95	26	28	19	25	1.98
32325077--32325534	237	1.9	237	83	2	589	21	27	29	21	1.99
32325640--32325692	26	2.0	26	92	0	88	28	20	20	30	1.98
32325768--32325794	11	2.5	11	100	0	54	37	18	29	14	1.91
32326080--32326131	26	2.0	26	88	3	79	32	28	13	25	1.93
32326030--32326699	356	1.9	355	80	1	777	21	27	26	23	1.99
32328397--32328448	26	2.0	26	88	7	79	28	17	25	28	1.97
32328899--32328950	26	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
32329259--32329318	26	2.4	26	83	5	70	28	18	25	28	1.98
32329990--32330041	26	2.0	26	88	7	79	30	19	23	26	1.98
32330497--32330551	26	2.1	27	86	3	76	30	18	27	23	1.97
32332044--32332096	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
32332413--32332465	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
32332756--32332808	26	2.0	26	88	0	79	22	18	30	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
32333801--32333853	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
32339729--32339780	25	2.0	26	92	3	88	25	19	26	28	1.98
32341411--32341445	11	3.2	11	100	0	70	17	37	25	20	1.94
32342881--32342930	26	1.9	26	91	0	82	26	14	32	28	1.94
32342732--32343188	184	2.5	184	83	0	529	24	26	28	20	1.99
32343062--32343114	26	2.0	26	88	0	79	24	18	26	30	1.98
32344242--32344292	26	2.0	26	84	0	66	23	15	29	31	1.95
32344411--32344758	159	2.2	158	80	2	367	21	30	27	20	1.98
32344769--32344821	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
32345119--32345171	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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