genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.109.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  109  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14413586--14413894	171	1.8	170	81	8	394	20	27	28	22	1.99
14413867--14413919	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14415036--14415088	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14415062--14415562	157	3.2	159	78	7	520	18	27	31	22	1.97
14415916--14415968	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14416411--14416468	26	2.2	27	84	12	84	29	25	18	25	1.98
14416258--14416672	184	2.3	184	82	3	478	21	26	27	23	1.99
14414965--14416627	881	1.9	861	82	5	2064	19	27	29	23	1.98
14418139--14418189	26	2.0	26	84	0	66	31	25	17	25	1.97
14418999--14419049	26	2.0	24	85	7	66	25	29	19	25	1.99
14419158--14419508	159	2.2	157	78	6	361	18	25	31	24	1.98
14419493--14419545	26	2.0	26	88	0	79	26	22	20	30	1.98
14420205--14420257	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14420810--14420859	26	1.9	26	87	0	73	10	34	24	32	1.88
14421118--14421170	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14421863--14422514	158	4.1	159	76	4	570	17	27	31	22	1.97
14421863--14422514	317	2.1	316	84	2	842	17	27	31	22	1.97
14421919--14422515	159	3.8	158	77	4	560	17	27	31	23	1.97
14424087--14424139	26	2.0	26	92	0	88	24	28	20	26	1.99
14424241--14424617	159	2.4	160	79	5	415	19	28	28	23	1.98
14424589--14424641	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
14424798--14424850	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14425139--14425191	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
14426486--14426987	158	3.2	158	74	7	451	20	26	30	22	1.99
14426961--14427013	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
14427633--14427658	11	2.4	11	100	0	52	19	30	30	19	1.96
14428410--14428751	184	1.9	182	83	3	445	21	27	28	22	1.99
14428899--14428977	26	3.0	26	96	3	142	26	24	20	29	1.99
14429641--14429693	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14429717--14430041	170	1.9	170	83	3	422	19	26	32	22	1.97
14431489--14431541	26	2.0	26	86	13	74	30	24	16	28	1.97
14432210--14432260	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
14432236--14432612	156	2.4	156	78	5	382	19	26	31	22	1.98
14432236--14432653	158	2.7	155	76	6	392	18	26	32	22	1.97
14432707--14432759	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
14432548--14432919	185	2.0	185	84	3	480	19	26	29	25	1.98
14433063--14433114	26	2.0	26	88	0	77	30	28	15	25	1.96
14433563--14433615	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
14433404--14433775	185	2.0	185	84	3	480	20	26	28	24	1.99
14432135--14434147	856	2.4	856	93	0	3406	19	26	30	23	1.98
14433919--14433970	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
14434392--14434441	26	1.9	26	88	8	75	28	24	18	30	1.97
14435110--14435162	26	2.0	26	85	7	72	30	30	16	22	1.96
14435387--14435439	26	2.0	26	96	0	97	16	32	16	33	1.92
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14435807--14435864	26	2.3	25	82	8	73	27	25	20	25	1.99
14435832--14436200	158	2.3	157	77	7	379	19	26	31	23	1.98
14436306--14436358	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14436436--14436460	11	2.3	11	100	0	50	20	24	40	16	1.91
14437040--14437092	26	2.0	26	88	0	79	30	28	16	24	1.97
14437153--14437569	159	2.6	159	82	3	534	17	30	30	21	1.97
14437541--14437593	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14438289--14438789	157	3.2	157	78	5	560	18	29	30	21	1.97
14438825--14439144	171	1.9	170	82	1	408	18	26	33	21	1.96
14439130--14439182	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14439213--14439658	159	2.8	157	79	6	434	20	27	28	24	1.99
14446234--14446285	25	2.0	26	88	3	79	26	21	23	28	1.99
14446259--14446633	159	2.4	157	81	4	459	20	28	31	20	1.97
14447146--14448088	158	6.0	158	80	3	910	17	27	31	23	1.97
14447112--14448089	316	3.1	314	80	4	1036	18	27	31	23	1.97
14448061--14448113	26	2.0	26	92	0	88	28	24	20	26	1.99
14451883--14451935	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14451949--14452571	159	3.9	158	77	2	552	20	26	30	22	1.99
14451909--14453556	330	5.1	317	73	10	816	20	25	30	23	1.98
14452544--14452595	26	2.0	26	96	0	95	26	25	19	28	1.98
14452926--14453544	171	3.7	171	75	10	612	19	25	32	22	1.97
14453093--14453548	159	2.8	159	77	11	451	20	25	31	22	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14452871--14453548	330	2.1	329	88	1	1011	19	25	31	22	1.98
14453830--14454466	158	3.9	156	72	7	436	20	27	29	22	1.98
14454439--14454491	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14455608--14455660	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14455634--14456132	157	3.2	158	77	7	530	20	26	30	22	1.98
14456487--14456539	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
14456982--14457039	26	2.2	27	84	12	84	29	25	18	25	1.98
14456829--14457243	184	2.3	184	82	3	478	22	26	27	23	1.99
14457171--14457223	26	2.0	26	86	13	74	26	22	20	30	1.98
14458707--14458757	26	2.0	26	88	0	75	29	25	19	25	1.99
14459398--14459450	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14459515--14459927	159	2.6	157	76	6	413	18	27	29	24	1.98
14459899--14459951	26	2.0	26	85	0	70	28	22	18	30	1.98
14460609--14460661	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14463299--14463351	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
14463460--14463510	26	2.0	26	92	7	86	27	23	19	29	1.98
14464180--14464232	26	2.0	26	88	0	79	32	26	15	26	1.95
14465325--14465375	26	2.0	26	88	0	75	31	27	15	25	1.96
14465436--14465851	159	2.6	159	77	3	435	17	29	30	22	1.97
14465827--14465902	26	2.9	25	92	3	116	26	26	19	27	1.99
14467440--14467492	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
14467667--14467958	158	1.8	159	80	3	356	19	26	28	25	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14467523--14467967	159	2.8	157	76	6	432	19	26	28	25	1.99
14467943--14467993	26	2.0	26	92	7	86	27	17	19	35	1.94
14474540--14474592	26	2.0	26	92	0	88	26	22	20	30	1.98
14474566--14475065	158	3.2	156	76	9	471	20	27	29	23	1.98
14475039--14475091	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14474881--14475251	185	2.0	184	89	0	562	19	26	30	23	1.98
14476187--14476239	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
14482559--14482939	157	2.4	157	74	6	374	20	27	29	22	1.99
14482457--14482960	159	3.2	157	73	8	430	21	27	29	21	1.98
14483065--14483114	26	1.9	26	91	0	82	24	28	20	28	1.99
14483231--14483633	159	2.5	159	73	5	400	18	26	30	24	1.98
14483688--14483738	26	2.0	26	88	7	77	25	25	19	29	1.99
14484183--14484535	158	2.2	159	82	6	405	20	25	30	24	1.99
14485067--14485119	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
14485407--14485462	26	2.2	26	90	6	87	30	23	19	26	1.98
14486396--14486448	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
14487119--14487171	26	2.0	26	85	0	70	28	28	18	24	1.98
14487303--14487355	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
14487045--14487721	197	3.5	186	85	4	648	21	27	26	24	1.99
14487500--14487552	26	2.0	26	85	7	72	30	24	15	30	1.95
14487216--14487721	197	2.6	196	90	1	764	21	27	27	23	1.99
14487867--14487919	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
14487932--14487973	21	2.0	21	90	0	66	16	16	50	16	1.79
14488438--14488490	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
14490173--14490225	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
14490687--14490739	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
14490083--14491055	514	1.9	514	81	4	1203	20	27	27	24	1.99
14491029--14491081	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
14491842--14491894	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
14492052--14492104	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
14492727--14492779	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
14492853--14493257	159	2.5	160	79	3	431	20	27	27	24	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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