genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.78.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  78  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12032113--12032165	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12032138--12032641	159	3.2	157	77	6	478	22	28	27	20	1.99
12032615--12032667	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
12033337--12033389	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
12033679--12033731	26	2.0	26	92	0	88	24	20	26	28	1.99
12033913--12034360	159	2.8	157	72	7	384	21	28	29	20	1.98
12034757--12034809	26	2.0	26	92	0	88	22	20	28	28	1.99
12034598--12035160	196	3.0	183	74	11	533	22	28	26	22	1.99
12035455--12035533	26	3.0	26	86	0	122	26	17	24	31	1.97
12036219--12036562	158	2.2	158	83	3	424	23	30	27	18	1.98
12036536--12036614	26	3.0	26	98	0	149	24	20	29	26	1.99
12036758--12036810	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12038298--12038353	26	2.2	26	96	0	103	23	17	28	30	1.97
12038495--12038544	26	1.9	26	92	8	84	32	18	22	28	1.97
12038996--12039048	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
12039375--12039427	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
12039404--12039862	159	2.9	158	76	4	406	26	30	24	18	1.98
12040630--12041092	159	2.9	157	77	6	461	24	32	26	16	1.96
12041865--12042374	158	3.2	157	71	7	429	25	30	24	18	1.98
12041865--12042445	158	3.7	156	71	7	427	24	31	25	18	1.98
12042891--12043305	159	2.6	155	74	5	377	23	28	28	18	1.98
12043409--12043823	159	2.6	157	78	7	408	23	30	28	17	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12042610--12043853	517	2.4	508	83	4	1536	22	29	27	20	1.98
12044899--12044951	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
12045705--12045754	26	2.0	25	88	4	73	34	18	22	26	1.96
12046080--12046132	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
12046289--12046341	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
12046791--12046841	26	2.0	26	88	0	75	27	13	29	29	1.94
12047773--12047825	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
12048010--12048507	159	3.1	159	74	7	427	23	29	27	20	1.99
12048484--12048533	26	1.9	26	95	0	91	26	22	28	24	1.99
12048852--12048904	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
12050073--12050125	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
12050441--12050493	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
12050466--12050901	159	2.8	156	78	6	407	24	31	27	16	1.97
12051636--12051695	26	2.3	26	100	0	120	28	21	23	26	1.99
12053263--12053315	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
12054388--12054440	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
12055136--12055553	159	2.6	159	79	3	437	25	27	27	20	1.99
12055614--12055666	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
12056006--12056502	159	3.1	158	76	3	386	23	30	27	18	1.98
12057067--12057362	159	1.9	157	82	2	369	21	30	28	18	1.97
12058092--12058144	26	2.0	26	92	7	90	28	16	24	30	1.97
12058435--12058490	26	2.2	26	90	0	85	30	17	21	30	1.96
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12058656--12059062	159	2.6	158	78	4	444	22	31	29	16	1.96
12058628--12059961	456	3.0	455	81	3	1375	23	28	28	19	1.98
12059543--12059595	26	2.0	26	86	13	74	28	16	24	30	1.97
12060030--12060080	26	2.0	26	88	7	77	27	17	27	27	1.98
12061289--12061341	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
12060775--12061595	355	2.3	359	80	7	901	23	29	27	19	1.98
12061446--12061742	158	1.9	159	84	2	400	23	29	28	18	1.98
12061803--12061854	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
12062688--12062989	159	1.9	157	78	8	326	25	30	26	18	1.98
12063025--12063076	26	2.0	26	92	0	86	25	17	28	28	1.97
12063219--12063575	184	1.9	184	84	0	480	24	29	26	19	1.99
12063877--12063929	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
12064574--12064626	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12064930--12064982	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
12066135--12066187	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12066319--12067069	184	4.0	185	78	8	667	24	28	26	21	1.99
12066674--12066723	26	1.9	26	84	8	66	36	16	22	26	1.94
12067043--12067385	158	2.2	158	78	6	361	22	30	27	19	1.98
12068408--12068460	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
12068093--12069478	684	2.0	683	83	2	1724	24	29	25	19	1.98
12069677--12069749	26	2.8	26	97	0	137	30	17	23	28	1.97
12070221--12070273	26	2.0	26	92	7	90	32	20	20	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12070247--12070747	158	3.2	158	74	8	437	24	29	25	20	1.99
12070721--12070773	26	2.0	26	85	7	72	28	18	24	28	1.98
12071709--12071760	26	2.0	26	88	0	77	30	17	23	28	1.97
12072377--12072812	158	2.8	158	76	4	484	22	29	27	20	1.99
12072377--12072817	159	2.8	158	75	6	471	22	28	27	20	1.99
12073729--12073781	26	2.0	26	85	7	72	28	22	24	24	2.00
12073570--12074082	184	2.8	184	81	2	546	23	30	27	18	1.98
12073913--12073965	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
12074424--12074476	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
12076333--12076385	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
12078260--12078310	26	2.0	26	88	7	77	31	13	25	29	1.94
12078756--12078806	26	2.0	26	92	0	84	25	13	29	31	1.94
12077928--12079743	508	3.5	506	73	13	1232	23	29	27	19	1.98
12079111--12079163	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
12078951--12079508	185	3.0	184	85	4	732	24	29	26	19	1.98
12079331--12079887	159	3.5	157	78	4	510	24	30	26	18	1.98
12079481--12079887	158	2.6	159	79	5	464	24	30	26	18	1.98
12080495--12080547	26	2.0	26	89	7	81	30	18	22	28	1.98
12081046--12081098	26	2.0	26	89	7	81	32	22	20	24	1.98
12082142--12082194	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
12082359--12082699	157	2.2	156	83	3	425	22	27	26	22	1.99
12082674--12082725	26	2.0	26	92	0	86	25	21	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12082882--12082934	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
12083079--12083131	26	2.0	26	86	13	74	30	16	22	30	1.96
12082785--12083240	197	2.3	196	84	4	578	22	28	26	21	1.99
12083105--12083607	159	3.2	157	76	5	445	21	29	29	20	1.98
12083581--12083633	26	2.0	26	81	0	61	28	20	22	28	1.99
12084608--12084660	26	2.0	26	89	7	81	24	15	26	33	1.95
12084765--12085272	158	3.2	157	73	4	430	22	31	26	19	1.98
12085283--12085339	26	2.2	26	93	0	96	29	19	21	29	1.97
12085938--12085990	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
12086292--12086344	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
12086764--12086816	26	2.0	26	85	0	70	30	20	24	24	1.99
12087539--12087978	159	2.8	157	77	5	370	21	32	27	18	1.97
12088148--12088173	12	2.2	12	100	0	52	7	50	26	15	1.71
12089010--12089065	26	2.2	26	93	0	94	30	19	23	26	1.98
12089206--12089258	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
12088991--12089367	196	1.9	196	82	4	465	25	26	24	23	2.00
12089232--12089669	159	2.8	157	77	8	422	24	28	27	19	1.99
12089231--12089967	305	2.4	309	82	5	873	24	28	27	19	1.98
12090965--12091406	159	2.8	157	80	3	503	21	30	30	18	1.97
12090744--12091959	501	2.4	500	81	4	1384	23	29	27	19	1.98
12091465--12092283	159	5.2	157	75	6	616	24	29	26	19	1.99
12091464--12092283	316	2.6	314	83	4	1013	24	29	26	19	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
12092997--12093489	159	3.1	156	74	8	433	21	28	28	20	1.98
12093471--12093523	26	2.0	26	85	7	72	28	16	24	30	1.97
12093839--12093891	26	2.0	26	85	7	72	32	16	22	28	1.96
12093864--12094303	159	2.8	158	81	3	481	23	32	27	16	1.96
12094341--12094393	26	2.0	26	92	0	88	24	15	28	32	1.95
12095088--12095589	158	3.2	158	77	7	403	23	29	27	19	1.98
12095563--12095615	26	2.0	26	89	7	81	26	20	24	28	1.99
12095860--12095912	26	2.0	26	89	7	81	26	18	26	28	1.98
12096569--12096937	185	2.0	185	82	3	447	25	30	25	18	1.98
12096754--12097380	158	4.0	158	80	3	650	23	31	26	17	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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