genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.379.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  379  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34500542--34500594	26	2.0	26	92	0	88	22	22	28	26	1.99
34500739--34500789	26	2.0	26	92	0	84	33	17	25	23	1.96
34500510--34500897	195	2.0	196	83	3	496	22	28	27	22	1.99
34500772--34501256	158	3.1	156	77	4	522	21	32	27	18	1.97
34501238--34501290	26	2.0	26	85	0	70	26	16	26	30	1.97
34502632--34502684	26	2.0	26	85	7	72	28	20	24	26	1.99
34504325--34504377	26	2.0	26	96	0	97	24	16	28	30	1.97
34504358--34504718	170	2.1	172	78	5	383	22	31	26	19	1.98
34504721--34505171	159	2.8	158	80	3	492	24	29	27	19	1.98
34505194--34505246	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
34510714--34510766	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
34511632--34511682	25	2.0	26	88	3	77	27	15	27	29	1.96
34511919--34511971	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
34511954--34512447	159	3.1	159	72	7	414	23	31	26	19	1.98
34512420--34512480	28	2.2	29	77	16	67	24	19	27	27	1.99
34514527--34514572	24	1.9	24	100	0	92	30	19	13	36	1.90
34520719--34520771	26	2.0	26	96	0	97	26	24	20	28	1.99
34520903--34520954	26	2.0	25	92	3	86	26	25	21	26	1.99
34521635--34521687	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
34521660--34522162	158	3.2	156	74	6	492	20	26	30	23	1.98
34522137--34522188	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
34522868--34522920	26	2.0	26	88	0	79	24	28	20	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34523052--34523104	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
34522795--34523262	184	2.6	183	85	1	614	18	28	28	23	1.98
34523919--34523971	26	2.0	26	92	0	88	26	26	22	24	2.00
34523762--34524113	183	1.9	183	82	3	440	20	27	29	22	1.99
34524279--34524331	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
34525012--34525064	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
34525466--34525518	26	2.0	26	88	0	79	32	24	16	26	1.97
34524786--34525680	454	2.0	454	87	1	1283	25	25	24	24	2.00
34525964--34526019	26	2.2	26	93	6	96	28	23	19	28	1.98
34526515--34526564	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
34526542--34527042	158	3.2	157	74	5	481	19	26	30	23	1.98
34527016--34527068	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
34526859--34527410	184	3.0	183	85	3	743	20	28	29	21	1.98
34526451--34527754	684	1.9	686	84	1	1731	19	27	29	23	1.98
34527226--34527729	159	3.2	159	77	5	475	18	27	30	23	1.98
34527701--34527753	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
34528423--34528475	26	2.0	26	88	0	79	24	26	22	26	2.00
34529565--34529620	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
34530577--34530632	26	2.2	26	87	6	78	35	25	12	26	1.91
34530606--34531099	159	3.1	159	73	8	378	19	27	30	22	1.98
34530748--34531110	159	2.3	159	79	6	394	18	25	31	24	1.97
34531082--34531134	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34531788--34531840	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
34532307--34532359	26	2.0	26	89	7	81	24	24	20	30	1.99
34534463--34534515	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
34535364--34535416	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
34535391--34535893	158	3.2	158	73	7	469	20	24	29	25	1.99
34535868--34535919	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
34536528--34536995	184	2.6	183	83	1	578	19	27	28	24	1.98
34536551--34536995	183	2.4	184	84	1	570	19	27	28	24	1.98
34537994--34538046	26	2.0	26	89	7	81	28	20	20	30	1.98
34538731--34538783	26	2.0	26	92	7	90	30	26	16	26	1.97
34539185--34539237	26	2.0	26	85	0	70	33	22	16	26	1.96
34539583--34539947	171	2.1	170	80	7	384	22	26	29	20	1.99
34540208--34540257	26	1.9	26	88	8	75	24	28	20	28	1.99
34540234--34540735	158	3.2	157	75	5	483	19	26	30	23	1.98
34540709--34540761	26	2.0	26	89	7	81	24	24	22	28	2.00
34540551--34541104	184	3.0	183	83	4	688	20	27	29	22	1.98
34541395--34541447	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
34542116--34542168	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
34542142--34542651	159	3.2	160	76	7	396	20	25	28	24	1.99
34542618--34542669	25	2.0	26	88	3	79	28	25	19	26	1.98
34543292--34543347	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99
34543543--34543894	179	2.0	177	86	1	488	20	24	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34544307--34544362	26	2.2	26	87	6	78	32	25	16	26	1.96
34544336--34544827	158	3.1	156	74	9	433	19	27	29	22	1.98
34544810--34544862	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34545528--34545580	26	2.0	26	100	0	106	26	30	20	22	1.98
34545554--34545937	159	2.4	158	80	3	389	19	26	31	22	1.98
34546053--34546105	26	2.0	26	92	0	88	24	24	20	30	1.99
34546205--34546580	156	2.4	157	77	6	377	20	25	28	25	1.99
34547270--34547322	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
34548229--34549145	158	5.7	157	79	5	874	17	29	31	21	1.96
34548414--34549145	317	2.3	316	88	1	1047	17	29	30	22	1.97
34549118--34549170	26	2.0	26	86	13	74	28	26	16	28	1.97
34548960--34549329	184	2.0	184	87	1	526	18	26	30	24	1.98
34549082--34549724	340	1.9	340	87	1	950	18	25	31	23	1.98
34549492--34549987	159	3.1	157	77	7	491	17	25	31	24	1.97
34550741--34551176	159	2.7	158	77	7	436	18	27	30	24	1.98
34551148--34551200	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
34551871--34551921	26	2.0	26	88	0	75	31	27	15	25	1.96
34552110--34552391	155	1.8	157	80	4	347	17	26	29	26	1.97
34552367--34552419	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
34552218--34552565	184	1.9	182	83	5	452	19	26	29	24	1.99
34551829--34552733	498	1.8	498	81	2	1118	20	25	28	25	1.99
34553044--34553096	26	2.0	26	89	7	81	26	26	22	24	2.00
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34553070--34553465	159	2.5	158	76	4	418	20	26	30	22	1.98
34553443--34553489	20	2.3	21	88	3	69	25	19	44	10	1.82
34553291--34553630	179	1.9	179	88	0	518	20	27	29	22	1.98
34553576--34553948	196	2.0	188	81	9	436	21	27	27	23	1.99
34554089--34554144	26	2.2	26	90	0	85	30	25	17	26	1.97
34554568--34554656	26	3.4	26	92	4	135	24	23	21	30	1.99
34555392--34555728	159	2.1	158	83	3	435	18	29	32	19	1.96
34555853--34555905	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
34555931--34556435	158	3.2	158	74	6	459	20	25	30	23	1.99
34556410--34556452	21	2.0	21	95	0	77	27	20	44	6	1.77
34556739--34557081	171	2.0	169	83	3	429	20	26	30	22	1.98
34557151--34557594	159	2.8	159	80	3	471	20	27	28	24	1.99
34557566--34557619	26	2.1	26	93	6	92	25	25	20	27	1.99
34558374--34558426	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
34558704--34558756	26	2.0	26	92	0	88	28	24	18	28	1.98
34559205--34559257	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
34559927--34559979	26	2.0	26	96	0	97	24	28	22	24	2.00
34560710--34560762	26	2.0	26	89	7	81	28	22	24	24	2.00
34560735--34561136	159	2.5	159	74	7	359	25	28	26	19	1.98
34561580--34561657	26	3.0	25	90	7	120	25	19	28	26	1.99
34562352--34562852	157	3.2	157	78	5	420	24	30	25	18	1.98
34562826--34562878	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
34563858--34564358	159	3.2	158	77	5	449	23	30	26	19	1.98
34564332--34564384	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
34564016--34564791	355	2.2	342	82	3	897	23	29	27	19	1.98
34565402--34565454	26	2.0	26	92	7	90	30	20	22	26	1.98
34565595--34565936	157	2.2	158	80	4	377	25	30	24	19	1.98
34565910--34565962	26	2.0	26	92	0	88	28	18	24	28	1.98
34566632--34566691	26	2.4	26	80	5	70	26	16	26	30	1.97
34565733--34567099	368	3.7	366	77	7	1317	23	27	27	21	1.99
34567007--34567059	26	2.0	26	96	0	97	28	20	24	26	1.99
34570567--34570621	26	2.1	26	86	3	74	21	25	20	32	1.97

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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