genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.170.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  170  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18805271--18806021	311	2.4	310	81	5	823	23	29	26	20	1.99
18805385--18805901	158	3.3	157	72	9	451	24	30	25	18	1.98
18805398--18805966	158	3.6	157	71	10	446	24	30	26	18	1.98
18806003--18806055	26	2.0	26	92	7	90	24	16	26	32	1.97
18806675--18806724	26	1.9	26	88	8	75	28	20	24	28	1.99
18807017--18807069	26	2.0	26	88	0	79	24	16	28	30	1.97
18806358--18807435	343	3.1	340	79	5	1022	24	28	25	21	1.99
18810645--18810702	26	2.2	27	81	9	75	27	20	25	25	1.99
18812265--18812317	26	2.0	26	85	7	72	32	18	20	28	1.97
18810488--18814280	903	4.2	901	91	1	5788	26	24	24	25	2.00
18813168--18813220	26	2.0	26	89	7	81	32	20	20	26	1.98
18814097--18814527	159	2.7	159	80	2	463	23	30	27	18	1.97
18814415--18814784	184	2.0	184	82	4	442	22	27	26	22	1.99
18814069--18815127	500	2.1	502	83	2	1326	22	29	27	20	1.99
18815654--18816393	159	4.7	155	73	10	514	23	29	26	20	1.99
18815554--18816392	316	2.6	313	80	3	939	23	29	26	20	1.99
18816366--18816418	26	2.0	26	85	0	70	28	18	24	28	1.98
18819412--18819464	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
18820074--18820126	26	2.0	26	89	7	81	30	22	20	26	1.98
18820600--18820652	26	2.0	26	86	13	74	26	15	28	30	1.96
18820254--18821761	343	4.4	339	74	13	1128	23	29	27	20	1.99
18821272--18821324	26	2.0	26	88	0	79	24	16	30	28	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18821624--18821676	26	2.0	26	89	7	81	30	16	24	28	1.97
18821090--18821726	352	1.8	340	83	6	821	22	29	28	19	1.98
18821649--18822148	159	3.2	155	77	6	495	23	31	26	18	1.97
18822122--18822174	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18820795--18823051	850	2.6	842	82	4	2571	23	29	26	20	1.98
18822478--18822527	26	1.9	26	92	8	84	32	20	24	24	1.98
18823716--18823768	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
18823900--18824262	159	2.3	157	81	2	395	24	28	26	19	1.99
18824005--18824336	158	2.1	158	80	3	371	23	31	26	17	1.97
18824585--18825087	160	3.2	160	77	5	473	23	27	26	22	1.99
18825061--18825113	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18831719--18832271	158	3.5	157	78	4	538	23	31	26	18	1.98
18832548--18832600	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18834465--18834517	26	2.0	26	85	7	72	30	18	22	28	1.98
18834929--18834981	26	2.0	26	85	7	72	24	16	26	32	1.97
18835295--18835346	25	2.0	26	89	10	81	28	17	25	28	1.97
18835125--18835651	197	2.7	195	83	2	619	23	27	27	22	1.99
18835517--18835955	159	2.8	157	75	6	415	23	29	28	18	1.98
18835993--18836043	26	2.0	26	92	7	86	27	15	27	29	1.96
18836717--18836769	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18836742--18837044	158	1.9	156	81	7	362	21	31	28	18	1.97
18837059--18837111	26	2.0	26	89	7	81	30	18	20	30	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18836900--18837464	196	3.0	187	80	9	553	24	28	25	21	1.99
18837255--18837307	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18837665--18838001	184	1.8	184	83	1	442	24	29	24	21	1.99
18837665--18838040	184	2.0	184	81	2	441	24	28	26	20	1.99
18838345--18838759	158	2.6	157	75	6	372	26	30	25	17	1.98
18839188--18839240	26	2.0	26	89	7	81	30	20	22	26	1.98
18840433--18841367	159	5.8	157	73	9	557	23	31	26	18	1.98
18840924--18841423	158	3.2	156	76	7	508	23	30	27	19	1.98
18841397--18841449	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18840409--18842020	499	3.3	494	83	4	1893	23	30	26	19	1.98
18841238--18841606	184	2.0	183	83	3	456	23	28	26	21	1.99
18841422--18841922	158	3.2	157	80	6	575	22	31	26	19	1.98
18841896--18841948	26	2.0	26	92	0	88	24	18	28	28	1.98
18842617--18842669	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18842642--18843093	158	2.9	158	75	7	416	22	31	28	17	1.97
18844314--18844366	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18844495--18844904	159	2.6	159	73	3	360	22	30	27	19	1.98
18845709--18845761	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18845737--18846235	158	3.2	158	77	6	445	24	31	26	18	1.97
18846209--18846261	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18845893--18846678	342	2.3	343	82	3	969	24	29	27	18	1.98
18847255--18847307	26	2.0	26	89	7	81	30	20	24	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18847449--18847742	159	1.9	158	79	2	338	25	30	27	17	1.97
18847440--18848250	343	2.4	343	85	1	1088	23	29	28	18	1.98
18848100--18848152	26	2.0	26	88	0	79	26	18	26	28	1.98
18847940--18848499	184	3.0	183	77	11	515	24	28	27	20	1.99
18848958--18849427	159	3.0	158	74	6	409	24	29	26	19	1.98
18847795--18850235	696	3.6	672	79	6	2201	23	29	27	20	1.99
18849464--18849513	26	1.9	26	95	0	91	26	20	28	26	1.99
18849685--18850104	159	2.6	159	76	10	437	24	30	28	17	1.97
18850566--18851067	158	3.2	158	75	4	463	24	29	26	19	1.98
18851041--18851093	26	2.0	26	88	0	79	24	20	26	28	1.99
18851763--18851815	26	2.0	26	89	7	81	28	20	26	24	1.99
18851762--18852051	153	1.9	154	86	3	415	24	25	30	20	1.99
18852258--18853100	158	5.3	157	74	5	633	22	30	27	19	1.98
18852291--18853093	317	2.5	316	82	1	937	22	30	27	18	1.98
18853074--18853126	26	2.0	26	85	7	72	24	18	28	28	1.98
18853442--18853894	171	2.7	164	76	8	415	21	31	28	19	1.97
18853773--18854135	186	2.0	184	86	5	509	23	30	26	20	1.98
18853959--18854458	159	3.2	158	75	6	431	23	31	26	19	1.98
18854432--18854484	26	2.0	26	88	0	79	26	15	28	30	1.96
18855328--18855380	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18855525--18855577	26	2.0	26	89	7	81	28	18	24	28	1.98
18856024--18856076	26	2.0	26	88	0	79	28	20	26	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18855352--18856982	880	1.9	880	83	3	2176	23	29	26	20	1.99
18856905--18856957	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99
18857810--18857887	26	3.0	25	88	5	120	26	19	25	28	1.99
18859206--18859525	159	2.0	157	82	2	390	21	32	29	16	1.96
18859562--18859611	26	2.0	25	92	7	84	26	18	28	28	1.98
18859947--18859999	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
18859404--18860182	387	2.0	387	85	3	1046	22	28	28	20	1.99
18860115--18860656	157	3.4	156	77	5	577	21	29	27	21	1.98
18860156--18860656	159	3.2	157	77	5	443	22	28	27	20	1.99
18860721--18860768	13	3.7	13	94	0	87	18	22	52	6	1.68
18860861--18860913	26	2.0	26	88	0	79	32	18	22	26	1.97
18861843--18861895	26	2.0	26	92	7	90	26	20	26	26	1.99
18861755--18862538	197	4.0	196	78	6	785	25	27	26	20	1.99
18862435--18862487	26	2.0	26	82	13	65	28	16	24	30	1.97
18863683--18863733	26	2.0	26	88	7	77	31	19	21	27	1.97
18866558--18866608	26	2.0	26	85	14	70	31	15	25	27	1.96
18867225--18867274	26	1.9	26	84	8	66	28	14	30	28	1.95
18867956--18868032	26	3.0	26	94	1	138	31	18	22	28	1.97
18869144--18869195	26	2.0	26	88	0	77	26	13	28	30	1.94
18869870--18869919	26	1.9	26	92	8	84	32	20	22	26	1.98
18870211--18870260	26	1.9	26	91	0	82	28	20	26	26	1.99
18870421--18870473	26	2.0	26	96	0	97	30	20	20	28	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
18870446--18870877	159	2.7	155	77	7	395	23	28	27	20	1.99
18870921--18870973	26	2.0	26	92	0	88	26	20	26	26	1.99
18871484--18871536	26	2.0	26	85	0	70	28	18	26	26	1.98
18872107--18872150	11	4.0	11	87	0	70	15	34	29	20	1.94
18872220--18872272	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18872561--18872613	26	2.0	26	92	0	88	26	22	24	26	2.00
18873295--18873347	26	2.0	26	92	7	90	28	20	24	26	1.99
18874365--18874419	27	2.0	27	89	6	85	27	18	25	29	1.98
18874711--18874762	26	2.0	26	88	7	79	26	17	26	28	1.97
18875442--18875494	26	2.0	26	89	7	81	28	20	24	26	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402