genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.72.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  72  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11587232--11587773	159	3.4	158	77	6	488	19	27	30	22	1.98
11587892--11587944	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11586925--11589118	686	3.2	679	81	6	2436	19	27	29	23	1.98
11587918--11588419	158	3.2	157	77	6	512	20	27	28	23	1.99
11588291--11588674	197	1.9	197	82	4	470	21	25	28	24	1.99
11587869--11589133	697	1.8	699	84	2	1727	20	26	29	23	1.99
11588687--11589118	159	2.7	158	77	7	428	17	28	31	23	1.97
11589822--11590326	159	3.2	160	76	6	465	19	28	30	22	1.98
11590297--11590349	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11597864--11597916	26	2.0	26	92	0	88	26	28	18	26	1.98
11598028--11598391	159	2.3	157	80	3	417	18	28	29	23	1.98
11598364--11598416	26	2.0	26	82	7	63	28	24	18	28	1.98
11598554--11598607	26	2.1	26	92	0	90	27	25	20	25	1.99
11598207--11598766	183	3.0	182	77	12	598	20	26	28	24	1.99
11599594--11599646	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
11599654--11600161	159	3.2	157	78	5	486	18	27	31	22	1.97
11600191--11600243	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11600692--11600742	26	2.0	26	84	7	68	29	21	13	35	1.92
11600826--11600896	34	2.1	34	97	0	133	42	22	15	19	1.89
11601337--11601691	157	2.2	157	81	4	410	19	24	29	25	1.98
11602046--11602096	26	2.0	26	92	0	84	27	29	17	25	1.98
11602072--11602572	158	3.2	157	79	7	489	20	26	28	24	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11602546--11602598	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
11609134--11609184	26	2.0	26	96	0	93	27	27	19	25	1.99
11609292--11609663	158	2.3	159	80	4	399	19	25	28	25	1.99
11609158--11609661	160	3.2	157	75	6	439	20	26	28	24	1.99
11610183--11610479	157	1.9	159	85	4	413	18	25	31	24	1.97
11610188--11610862	159	4.3	158	77	5	560	18	26	30	24	1.98
11610344--11610863	158	3.3	157	76	8	473	19	26	30	23	1.98
11610835--11610887	26	2.0	26	88	0	79	26	28	18	26	1.98
11610935--11611377	159	2.8	159	76	4	374	18	28	30	22	1.98
11611352--11611402	26	2.0	26	84	7	68	29	25	13	31	1.94
11611247--11611628	194	2.0	196	80	7	447	22	26	28	22	1.99
11612095--11612550	159	2.9	158	74	6	438	21	28	28	22	1.99
11612890--11612942	26	2.0	26	92	0	88	26	30	18	24	1.98
11613370--11613422	26	2.0	26	92	7	90	26	24	18	30	1.98
11613472--11614222	159	4.8	158	76	5	581	17	27	31	23	1.97
11613462--11614222	317	2.4	315	80	6	863	18	26	31	23	1.97
11615628--11615680	26	2.0	26	88	0	79	30	26	18	24	1.98
11615777--11616130	159	2.2	159	83	1	440	18	27	31	22	1.97
11615777--11616198	159	2.7	159	78	2	364	20	26	31	22	1.98
11616288--11616340	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11616634--11616686	26	2.0	26	85	7	72	24	26	22	26	2.00
11616251--11616880	333	1.9	341	84	6	859	19	25	31	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11616660--11617161	158	3.2	157	79	5	537	18	27	30	23	1.98
11617135--11617187	26	2.0	26	82	13	65	30	22	16	30	1.96
11617292--11617676	159	2.4	159	77	6	348	19	27	29	23	1.98
11617650--11617702	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11617966--11617990	13	1.9	13	100	0	50	4	40	32	24	1.73
11619607--11619659	26	2.0	26	85	0	70	30	20	20	28	1.98
11619210--11619902	356	1.9	355	86	2	987	19	27	29	23	1.98
11620643--11620693	26	2.0	26	96	0	93	27	25	19	27	1.99
11620300--11620851	183	3.0	182	74	8	501	21	26	28	23	1.99
11620593--11621306	368	1.9	369	83	4	922	19	28	29	22	1.98
11621009--11621061	26	2.0	26	85	7	72	24	24	20	30	1.99
11621352--11621404	26	2.0	26	89	7	81	28	24	16	30	1.97
11622039--11622469	159	2.7	161	75	7	403	21	25	30	21	1.98
11623942--11623994	26	2.0	26	88	0	79	30	28	15	26	1.96
11623968--11624468	158	3.2	158	76	8	477	18	26	31	23	1.98
11624442--11624494	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
11625311--11626059	184	4.0	185	82	6	764	20	26	28	23	1.99
11625836--11625887	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
11625311--11625914	184	3.3	182	85	3	773	21	25	28	24	1.99
11626216--11626268	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11626923--11626976	26	2.1	26	86	6	74	25	27	18	27	1.98
11627963--11628015	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11628306--11628358	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11627911--11628675	343	2.2	343	85	1	1023	18	27	29	24	1.98
11628332--11628676	159	2.2	158	80	4	374	17	25	31	25	1.97
11629779--11629831	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11629741--11630184	183	2.4	188	82	5	540	20	25	29	25	1.99
11630315--11630367	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
11631395--11631447	26	2.0	26	85	7	72	30	24	18	26	1.98
11631923--11631973	26	2.0	26	88	7	77	29	23	17	29	1.97
11632643--11632695	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11632984--11633036	26	2.0	26	88	0	79	26	24	22	26	2.00
11633010--11633429	159	2.7	159	74	5	384	20	27	31	20	1.97
11633485--11633537	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
11633865--11633917	26	2.0	26	88	0	79	26	24	20	28	1.99
11633891--11634394	159	3.2	160	74	7	393	19	26	29	24	1.99
11634366--11634418	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
11635089--11635139	26	2.0	26	88	0	75	27	27	17	27	1.98
11636087--11636135	23	2.1	23	100	0	98	22	12	38	26	1.89
11636125--11636177	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
11637582--11637634	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
11638645--11638697	26	2.0	26	92	7	90	30	24	16	28	1.97
11639377--11639427	26	2.0	26	92	7	86	25	27	19	27	1.99
11639403--11639894	158	3.1	156	77	5	508	19	27	29	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11641017--11641069	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
11642082--11642133	25	2.0	26	88	3	79	26	23	21	28	1.99
11643101--11643153	26	2.0	26	89	7	81	28	22	20	28	1.99
11644008--11644060	26	2.0	26	85	7	72	26	20	20	32	1.98
11646342--11646394	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11646686--11646738	26	2.0	26	85	7	72	33	24	15	26	1.95
11647936--11647988	26	2.0	26	89	7	81	26	24	20	28	1.99
11648900--11649253	158	2.2	158	83	5	439	17	29	31	22	1.97
11650586--11651256	159	4.2	158	76	8	614	19	29	30	20	1.97
11650560--11651248	316	2.2	316	82	3	832	19	28	30	21	1.98
11650560--11651256	157	4.4	157	75	9	594	19	28	29	21	1.98
11651452--11651479	12	2.3	12	100	0	56	35	25	32	7	1.83
11651918--11651967	26	1.9	26	88	8	75	30	24	16	30	1.96
11653142--11653193	26	2.0	26	88	7	79	26	23	21	28	1.99
11659616--11659665	26	1.9	26	95	0	91	24	30	20	26	1.98
11660328--11660380	26	2.0	26	92	7	90	24	26	20	28	1.99
11660499--11661164	157	4.2	157	73	10	495	19	25	30	25	1.98
11660354--11661164	315	2.6	317	85	1	1092	19	26	29	24	1.98
11661523--11661575	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
11661866--11661918	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
11661472--11662235	343	2.2	343	84	1	994	19	27	29	23	1.98
11661892--11662384	158	3.1	157	78	6	512	19	27	30	23	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
11663093--11663400	171	1.8	171	81	4	388	23	26	26	22	2.00
11663502--11663532	12	2.6	12	94	0	53	16	22	45	16	1.85
11663635--11663690	26	2.2	26	93	6	96	28	25	19	26	1.99
11663980--11664032	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
11663613--11664349	343	2.2	342	83	2	890	19	25	29	24	1.98
11665373--11665425	26	2.0	26	92	0	88	24	28	22	24	2.00
11665399--11666227	158	5.2	158	78	4	628	18	27	30	23	1.98
11666358--11666471	58	2.0	58	92	0	192	22	19	26	31	1.98
11666430--11666482	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
11666456--11666955	158	3.2	158	79	6	456	18	26	30	25	1.98

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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