genome.fa.s1.2.7.7.80.10.50.1000.365.html

Tandem Repeats Finder Program written by:

Gary Benson
Program in Bioinformatics
Boston University
Version 4.09

Please cite:
G. Benson,
"Tandem repeats finder: a program to analyze DNA sequences"
Nucleic Acid Research(1999)
Vol. 27, No. 2, pp. 573-580.

Sequence: NW_019167826.1 Durio zibethinus cultivar Musang King isolate D1 unplaced genomic scaffold, Duzib1.0 scaffold_1, whole genome shotgun sequence
Parameters: 2 7 7 80 10 50 1000
Length:  36299135

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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          401   402   

This is table  365  of  402  ( 48166 repeats found )

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Table Explanation

Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33355295--33355348	26	2.0	27	82	3	65	25	18	24	31	1.97
33355959--33356011	26	2.0	26	96	0	97	24	20	28	26	1.99
33357111--33357163	26	2.0	26	85	7	72	30	20	24	24	1.99
33359110--33359165	26	2.2	26	87	12	80	28	23	17	30	1.97
33359726--33360034	159	1.9	159	79	7	342	22	26	29	21	1.99
33360008--33360060	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33360218--33360269	26	2.0	26	92	0	86	26	26	19	26	1.99
33360402--33360454	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33361520--33361616	26	3.7	26	92	0	158	26	26	18	27	1.98
33361590--33361968	159	2.4	158	77	3	393	20	23	30	25	1.98
33361876--33362263	171	2.3	171	79	4	399	21	26	28	23	1.99
33363166--33363217	25	2.0	26	92	3	88	26	23	21	28	1.99
33362765--33363717	341	2.8	339	81	4	1000	20	27	28	24	1.99
33363191--33363533	158	2.2	157	82	3	411	20	27	29	22	1.99
33365123--33365174	26	2.0	26	88	7	79	28	25	17	28	1.97
33365489--33365541	26	2.0	26	85	0	70	28	24	18	28	1.98
33366369--33366421	26	2.0	26	89	7	81	30	28	16	24	1.97
33366870--33366922	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
33367237--33367289	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33364403--33367794	868	3.9	869	78	5	3291	20	25	29	24	1.99
33367263--33367765	159	3.2	159	75	6	410	19	25	30	24	1.98
33367739--33367791	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33368536--33369079	159	3.4	157	72	7	481	19	26	30	23	1.98
33368619--33369176	159	3.5	156	72	7	446	19	28	29	22	1.98
33369553--33369606	28	2.0	26	85	7	72	27	25	20	25	1.99
33370175--33370227	26	2.0	26	85	7	72	28	24	18	28	1.98
33371866--33371898	11	3.0	11	100	0	66	27	27	27	18	1.98
33372159--33372254	26	3.7	26	78	2	111	28	29	15	27	1.96
33372170--33372254	27	3.2	26	75	6	91	28	27	17	27	1.98
33372226--33372574	160	2.2	160	81	3	400	20	23	30	26	1.99
33373830--33373881	25	2.0	26	88	3	79	26	21	21	30	1.98
33374171--33374221	26	2.0	26	88	0	75	25	25	21	27	1.99
33373435--33374380	341	2.8	338	80	5	825	20	26	28	24	1.99
33374672--33374723	25	2.0	26	89	10	81	26	21	21	30	1.98
33375830--33375882	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33375896--33376223	170	1.9	170	79	6	369	19	28	29	22	1.98
33376196--33376248	26	2.0	26	85	0	70	26	22	18	32	1.97
33377075--33377126	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
33377574--33377626	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33377940--33377992	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
33375128--33378493	865	3.9	860	78	6	3248	20	26	28	23	1.99
33378440--33378490	26	2.0	26	88	7	77	29	23	15	31	1.95
33379324--33379844	159	3.3	159	74	7	520	20	26	28	24	1.99
33379185--33379955	159	4.9	156	71	12	491	21	26	28	23	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33381303--33381355	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33383418--33383470	26	2.0	26	85	0	70	30	26	16	26	1.97
33383516--33383947	158	2.7	159	80	5	460	19	27	28	23	1.99
33383919--33383971	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
33390199--33390251	26	2.0	26	96	0	97	30	28	16	24	1.97
33390699--33390751	26	2.0	26	88	0	79	26	28	20	24	1.99
33391041--33391093	26	2.0	26	89	7	81	28	20	18	32	1.97
33391765--33391817	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33394312--33394364	26	2.0	26	92	7	90	26	20	20	32	1.98
33398474--33399293	421	1.9	421	94	0	1426	25	28	19	26	1.99
33401355--33401407	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
33401813--33402252	159	2.8	159	82	3	582	17	29	31	22	1.96
33401756--33402250	158	3.1	157	80	5	584	17	27	32	22	1.97
33402224--33402276	26	2.0	26	85	7	72	26	24	18	30	1.98
33403164--33403456	158	1.9	158	80	1	345	19	25	29	26	1.98
33403439--33403491	26	2.0	26	89	7	81	28	24	18	28	1.98
33404539--33405041	158	3.2	158	75	7	446	21	26	28	24	1.99
33405013--33405065	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33405836--33405888	26	2.0	26	89	7	81	26	22	20	30	1.98
33405862--33406363	158	3.2	157	77	7	514	20	27	29	22	1.98
33406337--33406389	26	2.0	26	92	7	90	26	22	20	30	1.98
33406917--33407395	158	3.0	158	79	4	543	18	28	30	22	1.97
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33408108--33408160	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
33409833--33409885	26	2.0	26	86	13	74	30	26	16	26	1.97
33409985--33410359	158	2.4	158	80	5	391	20	27	27	24	1.99
33410853--33410905	26	2.0	26	85	7	72	26	22	22	28	1.99
33411355--33411407	26	2.0	26	89	7	81	26	24	18	30	1.98
33413567--33414125	158	3.5	159	73	6	483	20	27	28	23	1.99
33414098--33414150	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
33414818--33414870	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33414894--33415331	157	2.8	155	79	4	464	18	28	30	23	1.97
33416589--33417069	158	3.0	156	73	8	432	18	25	32	23	1.97
33417043--33417095	26	2.0	26	89	7	81	26	26	18	28	1.98
33417754--33417832	26	3.0	26	96	0	140	27	29	18	24	1.98
33418269--33418321	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33418372--33418421	26	1.9	26	91	0	82	24	26	22	28	1.99
33418398--33418792	159	2.5	157	76	4	409	21	26	29	22	1.99
33419094--33419146	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33419120--33419938	158	5.2	159	75	7	716	18	27	30	23	1.98
33419120--33419939	317	2.6	314	88	2	1156	18	27	30	23	1.98
33419912--33419964	26	2.0	26	86	13	74	32	22	16	28	1.96
33426511--33426563	26	2.0	26	92	0	88	28	28	18	24	1.98
33426537--33427037	157	3.2	158	78	6	548	19	28	29	22	1.98
33427011--33427063	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33427378--33427429	25	2.0	26	92	3	88	28	26	19	25	1.98
33426953--33427609	354	1.8	360	83	4	876	19	29	28	22	1.98
33427403--33427895	158	3.1	154	76	7	472	18	29	30	22	1.97
33428600--33428651	26	2.0	26	92	0	86	28	28	17	25	1.97
33428956--33429008	26	2.0	26	89	7	81	28	26	18	26	1.98
33428562--33429256	356	2.0	356	87	1	1016	19	28	30	22	1.98
33428982--33429482	159	3.2	155	77	4	516	18	27	30	22	1.98
33429456--33429507	26	2.0	25	88	3	77	26	23	21	28	1.99
33430704--33430756	26	2.0	26	88	0	79	28	26	18	26	1.98
33431283--33431335	26	2.0	26	92	0	88	28	22	20	28	1.99
33431777--33431829	26	2.0	26	89	7	81	24	26	20	28	1.99
33432498--33432550	26	2.0	26	92	0	88	26	26	20	26	1.99
33432524--33432913	159	2.5	158	78	4	435	21	28	28	20	1.98
33432951--33433003	26	2.0	26	85	7	72	26	26	18	28	1.98
33433672--33433724	26	2.0	26	92	0	88	28	30	16	24	1.97
33434788--33434840	26	2.0	26	88	0	79	28	28	20	22	1.99
33434899--33435317	159	2.6	158	78	5	434	19	28	29	22	1.98
33435289--33435341	26	2.0	26	92	7	90	26	24	20	28	1.99
33436511--33436563	26	2.0	26	92	7	90	28	22	20	28	1.99
33437502--33437554	26	2.0	26	89	7	81	28	24	20	26	1.99
33439531--33440000	159	3.0	157	77	4	426	20	27	29	23	1.99
33439974--33440026	26	2.0	26	85	7	72	28	22	18	30	1.98
Indices	Period Size	Copy Number	Consensus Size	Percent Matches	Percent Indels	Score	A	C	G	T	Entropy (0-2)
33440384--33440440	28	2.0	29	83	6	73	28	24	21	26	1.99
33441241--33441293	26	2.0	26	88	0	79	33	26	15	24	1.95
33441739--33441791	26	2.0	26	92	7	90	30	22	16	30	1.96
33441582--33441949	183	2.0	183	84	3	481	19	25	29	25	1.99
33441175--33442097	499	1.8	498	80	6	1107	19	25	28	26	1.99
33442081--33442133	26	2.0	26	85	7	72	26	26	20	26	1.99
33444365--33444416	26	2.0	25	96	3	95	30	23	17	28	1.97
33445085--33445137	26	2.0	26	96	0	97	26	28	20	24	1.99
33445424--33445476	26	2.0	26	89	7	81	28	22	18	30	1.98
33445777--33445832	26	2.2	26	96	0	103	28	26	19	25	1.99

Tables:   1   2   3   4   5   6   7   8   9   10   11   12   13   14   15   16   
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